戰後，黃來福與麻貴統計結果，經過蔚山與島山苦戰，還有随後的潰散等，明軍共傷亡有三千七百餘人，朝鮮軍共傷亡有四千六百餘人。
在糧草辎重方面，經過收攏，基本沒有遺失，而且還奪了日軍的一部分糧草辎重。
幾戰後，明軍除占了島山與蔚山外，還共殺死殺傷了日軍有八千餘人，另還俘虜了日軍一千餘人，黃來福下令将日軍俘虜全部斬首，湊成了一萬顆的首級。然後快馬向王京及大明京師報捷，同時間，一份彈劾楊鎬的奏本也快馬向京師傳遞。
奏本彈劾楊鎬罔顧将士安危，喪師棄衆等罪名，以黃來福爲首，聯名者有麻貴，高策等一幹的明軍将領，楊鎬不通軍務，臨敵潰敗等，差點斷送了幾萬大明将士的性命，也是讓一幹大明将領們憤怒非常，黃來福都願意跳出來作出頭鳥了，他們也就順水推舟地應這個人情了。
眼下日軍己經退回西生浦倭城及釜山倭城嚴陣以待，在兩城中約有三萬餘人。此外，小西行長領一萬餘人回據順天，島津義弘率一部分人回據泗川，幾路兵馬遙相呼應，以爲聲援。餘者的日軍将領，就是據着沿海大大小小的倭城，緊防死守。
而在明軍這邊，黃來福領軍據島山城，麻貴領軍據蔚山城，餘者明軍分據城外一些險要之地，具體軍務由黃來福與麻貴等衆人一起商議。而經過一場血戰後，雙方要再發動下一場大戰，起碼也是要幾個月以後的事了。
在戰後平靜的這幾天内，黃來福就是與麻貴忙着布置軍務，再不就是爲前線戰死的将士們招魂，作戰這些天裏，餘部明軍及朝鮮軍的傷亡較多，不過此次山西軍傷亡者不多，就是随後的江大忠守島山時，面對萬餘日軍潮水般的進攻，有傷亡一百餘人。
萬曆二十六年正月初八這天，島山倭城外一處高坡上密密麻麻的白幡随風舞動，無數牌位前香火茔繞，數萬明朝将士都在爲戰死的将士招魂設祭，以黃來福，麻貴爲首，所有的将領都在墳前吊唁，人人披麻帶孝，各人依次上香禱告，許多将士都是号啕大哭。
或許除了一部分将領們可以将屍身送歸家鄉外，餘者普通士兵的遺體隻能就地安葬了，大明将士的英魂，永留在這片異國的土地上。
不過山西軍中則是将戰死的将士遺體火化，戰後會将他們的骨灰衣冠一起運回五寨堡安葬。
而在戰後，各軍上下都對山西軍犀利的火器羨慕不己，很多人千方百計找山西軍借燧發火铳來看，各人都是愛不釋手。麻貴也是表達出了自己的羨慕之意，言道己方有這樣犀利的火器就好了。各将都道定要上報兵部，讓他們也配發這樣犀利的火器，到時兵部問黃來福要樣品時，希望黃來福可不要将利器藏私。
黃來福道：“我自然不會藏私，隻要工部的軍匠與各鎮的軍匠能造出來，黃某是求之不得。”
衆人都是苦笑，如果工部及各地衛所造出來的火铳能用，他們就不會抛棄鳥铳，而大部分又用回三眼铳了。很多人心裏都是轉了念頭，以後有機會，便向山西鎮購買這種犀利的自發火铳。
……
而在楊鎬這邊，他在正月初四時下令全軍撤退，狂奔到慶州後，當時跟随他到慶州的隻有區區幾千騎兵，一直到幾天後，還是一人不來，也沒有消息傳來，這讓楊鎬吓得魂飛魄散，連朝鮮軍在内，共有五萬大軍，難道最後隻剩下這麽幾千人了？如果真是這樣，那自己腦袋難保。
而且明軍全軍覆沒後，日軍可能很快會殺到慶州，那自己應該再退到王京去才是。
正在楊鎬決定派出敢死隊去蔚山看看，又決心自己繼續逃跑時，好在很快捷報傳來，山西軍大敗來援日軍，又斬首數千級，形式轉危爲安，而且黃來福與麻貴二人己經取散了撤退令，繼續将大軍駐紮在島山倭城一帶。楊鎬不由又喜又怒，喜的是如此大勝，捷報傳入京師後，自己加官進爵是免不了了。
怒的是黃來福與麻貴等人自作主張，絲毫不将自己這個經略大人的命令放在眼裏，特别是這黃來福，嚣張跋扈，實在可恨。當下他定下心來，上書朝廷的大捷奏報，他将功勞全部歸于自己，麻貴等人的功勞也随便提一提，而對黃來福與山西軍則是一字不提。
作爲一個高級文官，寫文章自然不在話下，一份捷報是寫得花團錦簇，不但如此，他還修書一封，彈劾黃來福嚣張難制，不聽将令等罪名，言罷他得意洋洋地撫須而笑。畢竟眼下麻貴等人雖不尊從自己的命令，然後自己是一個文官，打仗還是要靠武将的，全部得罪了不好，就殺雞儆猴，拿黃來福開刀好了。
奏報寫好後，楊鎬吩咐快馬上報京師，自己則是耐心等待，而在這幾天中，他連續發出幾道命令，讓麻貴，黃來福等軍将來慶州議事，不過都是如泥牛入海般消失不見，沒有一個人前來聽令，這讓楊鎬更是怒極！什麽時候大明的武将們如此嚣張，公然将他這個經略大人不放在眼裏了？
原本楊鎬要放過麻貴等人，眼下他是決定以後也将麻貴等人一起收拾了。
……
蔚山大勝的消息先是傳到王京，在這裏的朝鮮君臣都是歡呼雀躍，百姓們也是載歌載舞，歡慶勝利。
黃來福的捷報與彈劾折書比楊鎬先傳到大明京師，萬曆帝朱翊鈞雖覺由黃來福發來捷報有些奇怪，不過見捷報後也是大喜，明軍占據倭人兩個城池不說，還斬首一萬級，這是非常難得的大勝啊。消息傳出，大臣們紛紛上表稱賀，京師百姓們也是陷入狂歡。
不過随後黃來福等前線武将聯名集體彈劾楊鎬，這就讓他大怒了，這楊鎬膽敢如此？而前線武将集體彈劾一個高級文官，這是非常罕見的，消息傳出，不由引起了暄然大波。楊鎬在朝中有許多知交，而且首輔趙志臯更是其當年會考時的大座師，算是師生情分，他們自然是爲楊鎬分說。
而且這還涉及到了文武相争的敏感話題，不但是百官們，連幾個閣臣們都是紛紛指責黃來福嚣張跋扈，身爲下首武将，竟敢彈劾上官，這是徹底的不知禮法。
而幾天後，楊鎬報捷與彈劾黃來福的折子到了後，更是鬧成了一團糟。前方文武不和到如此境地，而且事情如何，要查個水落石出，萬曆皇帝朱翊鈞下令徹查。
當然了，不是每個官員都與楊鎬交好的，兵部贊畫主事丁應泰，就與楊鎬交惡，他自告奮勇地到朝鮮，他在島山等地連繼盤查後，當日之事如何，己經有了詳細的判斷。而這個時候，楊鎬才知道黃來福竟先下手爲強，後下手遭殃，搶先彈劾了他。
他氣得吐血的同時，也是與朝中同僚書信頻繁，暗中謀劃此事，最後丁應泰到慶州面責楊鎬，并問他今後如何打算。楊鎬拿出内閣大臣張位，沈一貫兩人的手書，揚揚自得。丁應泰憤而彈劾楊鎬二十八條罪狀、又十條羞恥之事。并劾張位、沈一貫與楊鎬通同作奸。
萬曆皇帝得疏，大爲震怒，革其職責令回家聽勘，接到旨令後，楊鎬心中的憤恨失落就可以體會了，特别是對黃來福恨之入骨，不過也沒有辦法，隻好恨恨上路。
不過丁應泰過于奮勇了些，見彈劾奏效，又接連彈劾了麻貴、李如梅、高策等人在當日撤退時軍紀不嚴，縱兵劫掠朝鮮國百姓财物與子女。而且當日之潰，他們也有責任。
不過這時萬曆皇帝卻是不以爲然，隻是責令麻貴等人戴罪立功。而楊鎬被聽勘後，朝鮮的軍務需要人負責，萬曆皇帝想到了黃來福，要不是此次他山西軍表現出色，大明在朝鮮的軍隊，便要造成難以形容的災難，雖說黃來福确實年輕，不過他表現實在太出色了，如果統領軍務的話，那想必将來在朝肯定一切軍務順利。而且萬曆皇帝也相信黃來福的忠心。
而且萬曆皇帝還想到了一件事，此次的軍饷籌備，是他與黃來福爲主的，蔚山大勝傳來後，黃來福的東征債券又賣出去了一百多萬兩，總記東征債券己經賣出了四百萬兩的銀子。這些銀子，保障了朝戰的順利進行，不過這也是一筆極爲沉重的負擔。
如果沒有朝戰之勝，迫使日本國接受一系列的條件，将來怎麽還？雖說這事是以黃來福爲明面，就算将來有什麽事，也是黃來福頂出去，不過造成的一系列後果同樣是要萬曆皇帝承受的。
其實爲了這個事情，萬曆皇帝也做了一系列的準備，爲了迫使日本接受各樣條件，或是将來占領日本國的石見銀山，萬曆帝己經下令廣東總兵童元鎮率領着一支龐大的艦隊，集結在浙閩沿海一帶，如果朝鮮戰事吃緊，即直接殺向日本，開辟第二戰場。
所以反複思量後，萬曆皇帝決定任命黃來福爲提督朝鮮備倭讨逆軍務總兵官，大明所有在朝鮮的軍隊由他統領，如此一來，黃來福也成爲繼李如松後明末第二個由武臣擔任提督者。
萬曆皇帝這個任命，自然是讓衆大臣們吃驚不己，一時朝中震動，不過不理會他們的拼命反對，萬曆皇帝還是下了旨令。
萬曆二十六年三月初五日，在楊鎬被免職當日，黃來福在數萬大明将官的矚目中，在山西軍上下的一片歡呼中，叩拜宣旨的中官天使，接過聖旨，走馬上任，就任提督官。
同時間，因爲蔚山大捷，萬曆帝還随行頒賜了好多金銀财貨，獎賞此役中的立功兵将。