理查德·帕克與柯蒂斯·康納斯博士共同産生跨物種基因理論，跨物種基因理論不止外面公衆，就連奧斯公司内部所嘲笑，倆人都被稱爲科學怪人，直到理查德·帕克培育出了變種蜘蛛取得令人震驚的成果，但就在這時，理查德·帕克夫妻雙雙神秘失蹤，留下兒子彼得·帕克從小寄居于本叔夫妻家中。

彼得從小到大都由本叔叔和梅嬸嬸撫養長大，彼得自己也孜孜不倦的尋找和自己身世相關的線索。

地下室漏水事故，彼得整理地下室時，無意間發現了父親留下的公文包，在公文包裏找到一張理查德和柯蒂斯合影報紙的剪切，同時還有父親奧斯公司的證件和眼鏡等雜物，彼得取下隐形眼鏡換上了父親遺留下來的眼鏡，還從公文包夾層裏發現關于衰變率演算法的資料，叔叔本也告訴彼得和他父親合影的人叫：柯蒂斯·康納斯。

彼得上網查詢查詢相關資料發現舊時的報道父母空難緻死的新聞，不相信父母死亡這麽簡單的彼得看到奧斯公司實習參觀已經停止報名了還是決定要去，彼得冒名領取了一張實習證，第一次和柯蒂斯接觸留下了映像。

彼得尾随博士的助手進入潛入生物纖維研發部，發現裏面在提取變種蜘蛛的蜘蛛網制作纖維，好奇心促使下觸動了機器出現意外，他離開時卻沒發現有隻活的變種蜘蛛在他身上，當他的實習證被格溫·史黛西沒收後被咬，在回家的地鐵上就出現了變異……

回家後先是饑餓異常，接着近視恢複，力氣倍增，種種意外讓彼得搜索被蜘蛛咬的後果，無果後找到柯蒂斯家中，經過交流，柯蒂斯對彼得刮目相看，邀請他到公司。

彼得受邀到奧斯公司時發現了加納利設備，并且知道這設備隻要裝上抗原就能夠覆蓋一片區域，但正因爲這樣，設備被禁止。

彼得參與了柯蒂斯關于蜥蜴斷肢重生的研究。

晚上與叔叔本鬧矛盾的彼得在超市遇到了搶劫，本就心情不好的他并沒有理會，意外的搶劫者槍殺了不放心彼得跟出來的叔叔本。

不甘心的彼得晚上開始自己蒙面尋找兇手，并利用奧斯公司的生物電纜發射器制作自己的手腕蜘蛛網噴射器，同時還制作了監聽警方通訊的裝置，兩相結合更有利于他尋找殺死叔叔的兇手，結果兇手沒抓到壞人抓到不少，随着不斷的暴光，彼得又給自己設計了專用的服飾，因爲非警員的原因還與警察産生一次追逐。

柯蒂斯不想做人體實驗與奧斯公司産生矛盾，結果被奧斯公司開除，不甘的柯蒂斯用自己做人體實驗，昏暈醒來發現自己斷肢重生，但還沒等他高興多久意外就産生了，初次變身成蜥蜴人的柯蒂斯在大橋上大肆破壞，剛與格溫告白的彼得不得不趕往現場阻止意外，彼得此次的見義勇爲确定了自己的名号：‘蜘蛛俠’！

蜘蛛俠剛出名就被警方通緝，彼得去找柯蒂斯正好碰到柯蒂斯收拾東西離開，當柯蒂斯離開後意外發現實驗鼠突變吞食另一隻實驗鼠，這讓如有所感。

彼得将自己的發現告訴格溫的父親喬治·史黛西警官，喬治并不信彼得所說，但以防萬一還是要了柯蒂斯的資料。

彼得意外發現蜥蜴動向，找到城市地下隧道，結果發現自己不是蜥蜴人的對手，卻不想留下的設備讓蜥蜴人追查到蜘蛛俠的身份。

蜥蜴人大鬧彼得學校，彼得追蹤逃離的蜥蜴人發現了隧道裏的實驗室，發現蜥蜴人既然計劃把全城的人都變成蜥蜴人。

蜘蛛俠離開隧道受到警察的圍捕，被喬治發現了他的真正身份，彼得向喬治講明事态及其格溫的安危，喬治決定暫時妥協放行。

蜥蜴人奪取了加納利設備，蜘蛛俠在大家的幫助下趕到阻止瘋狂的蜥蜴人，不是蜥蜴人對手的蜘蛛俠在喬治的協助下釋放了解藥。

喬治傷重不治犧牲，蜥蜴人被解藥恢複人身柯蒂斯……

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