爲了到達華藍市，經過月見山是最快的捷徑。而此時，小智一行人正在去月見山的路上。當然訓練還是繼續中的。
“啊啊————”，突然一聲慘叫吸引了小智等人的注意，小智一行人立刻往那邊跑去。在趕到時，就看到一群超音蝠正在襲擊一個人。
“皮丘，使用電擊”，小智立刻對着皮丘說道，“皮丘~”，皮丘也立即使用了電擊，不過“好麻好麻啊”，連人也一起電了。
“你沒事吧”，看到超音蝠都飛走後，小智走上前去問道。
“謝謝你展示了我理想中人類與神奇寶貝之間的溫馨友情，我是尼比市科學博物館愛與勇氣的研究員，我叫李科”，而那個人在小智上前後，立刻握着小智的手激動的說。
“這人好奇怪啊”，小霞看到後說道。
“這些超音蝠爲什麽要攻擊你呢”，小剛這時問出了他好奇的問題。
“那就要從洞窟說起了”，李科說完就向洞窟走去。
小智等人随後跟着李科也走進了洞窟，“你們來看看這個洞窟吧，是不是很亮啊，就和白天一樣，一些奇怪的人把洞窟搞成這個樣子，結果害得神奇寶貝的生活就失去了平衡”，李科邊走邊解釋道。
“你的意思是，超音蝠是被這些光線害得失常的了”，小剛聽後說道。
“其他的像是派拉斯，居然忍不住一再的種植香菇，穿山鼠則是幹燥快脫水了”，在走到一個開闊地，李科指着一邊的帕拉斯和穿山鼠說道。而小智這時則是向脫水的穿山鼠扔出了神奇寶貝球，成功收服了他的第四隻神奇寶貝。
“而我爲了保護月見山不受壞人破壞，才這樣到處巡邏的”，繼續向前走，李科也繼續說道。
“哦，你在巡邏啊，可是這裏爲什麽受到破壞呢？”這時小霞不解的問。
“因爲月亮石太出名了”，李科說出了重要的原因。
“原來如此啊”，小剛聽後恍然大悟的說。
“就是這樣，來自宇宙的浪漫産物，月亮石，傳說沉眠在這座山上，到今天卻除了碎石之外，什麽也沒有找到，傳說來自宇宙的禮物，自從月亮石可以加強神奇寶貝的力量這篇研究報告問世之後，越來越多的人爲了得到月亮石，跑到月見山來搜索”，李科繼續解釋說。
“原來是這樣啊”，雖然小智早就知道了，但還是說道，剛說完，一隻皮皮抱着一塊月亮石蹦蹦跳跳的過去了。
“那個是…皮皮”，李科看到後立刻不确定的說。
“啊，好可愛啊”，對于可愛的神奇寶貝，小霞還是那樣的沒有自制力。
“皮————”，這時一聲叫聲吸引了小智一行人的注意力。
“那邊”，小智說完就跑了過去，大家也在後面跟着。
剛跑到那裏就看到了一隻喵喵正在盯着皮皮，“你們怎麽在這裏啊喵”。
“原來是你們這些壞蛋把這個洞窟搞成這樣的”，小霞當然認出了這隻喵喵，然後氣憤的說。
“他們是什麽人”，小剛還不知道火箭隊，于是問道。
“…………（火箭隊經典台詞）”，武藏和小次郎出現了。
“什麽火箭隊啊”，研究員不解的問。
“我們的目标是身價高的珍稀神奇寶貝，而這次，我們需要月亮石來加強神奇寶貝的力量”，小次郎聽後說道。
“這麽一來，很快就可以征服世界了，呵呵呵呵”，武藏接着自戀的說。
“我們不會讓你們得逞的”，知道了火箭隊原來是壞人，小剛立刻說道。
“李科、小霞，你們到後面保護好皮皮，小剛我們上”，小智這時也說道。
“好”，小霞同意道，然後就到後面護住了皮皮。
“去吧，阿柏蛇，瓦斯彈”，武藏和小次郎當然派出的是阿柏蛇和瓦斯彈了。
“巴大蝴就決定是你啦”，“用這個來決鬥吧，上”，小智和小剛也派出了神奇寶貝。
“啊，超音蝠”，看到小剛的派出的神奇寶貝，小霞吃驚的說道。
“嘿嘿，這是我在洞窟的入口收服的”，小剛看着超音蝠有點高興的解釋說。
“瓦斯彈，使用煙幕”，小次郎一上來還是讓瓦斯彈使用了煙幕來幹擾。
“巴大蝴，用烈暴風把煙吹散”，但小智有對策解決。
“超音蝠也一起幫忙”，小剛也讓超音蝠用翅膀來幫忙，瓦斯彈的煙幕被吹向了火箭隊那邊。
“咳咳咳，什麽嗎，阿柏蛇，瓦斯彈，使用撞擊”，武藏和小次郎又下令說。
“巴大蝴，使用念力”，“超音蝠，使用超音波”，小智和小剛當然也要使用絕招來應對了。超能系對毒系效果拔群，阿柏蛇和瓦斯彈就這樣失去了戰鬥能力。
“怎麽會這樣，怎麽會這樣，怎麽會這樣啊喵”，武藏、小次郎和喵喵同時不敢相信的說。
“巴大蝴，最後的烈暴風吹飛他們”，
“啊————，我們還會回來的”，飛走天上的火箭隊喊道。
這時皮皮又開始繼續前進了，而小智一行人則是跟在皮皮後面。
“嗯？走到外面了，”在出了洞後，小霞率先說道。
大家繼續向前走，傍晚時分走到了一條河邊，于是就坐下休息了。
“這是什麽？”小霞看到小剛在拿東西喂超音蝠，于是問道。
“這是神奇寶貝食物，是我針對各種神奇寶貝的胃口，特别調制的食品”。
“哦，對了，出來吧，穿山鼠，小剛能不能幫我的穿山鼠恢複一下啊”，小智想起剛收服的穿山鼠，然後問小剛道。
“沒問題，隻要補充一下水分，再吃點東西就會恢複活力了”，在看了看穿山鼠的情況後，小剛自信地說。
不一會兒，穿山鼠恢複健康了，雖然小智沒有和它對戰就收服了它，不過這樣可以恢複健康，穿山鼠還是很感激小智的，于是就跑到了小智的身邊，高興地叫道“布叽~，布叽~”。
“呵呵，穿山鼠，你好啊，以後就請多關照了”，小智也很高興地說道。
“皮丘~，皮丘~”，“皮皮~，皮皮~”，而這邊，皮丘也和皮皮在交流着。
吃完晚飯，大家又跟着皮皮前進了，大家一直走到了一個洞口，進洞後，就看到一塊巨大的岩石在月光的照射下閃閃發光。
“這個就是月亮石的本尊哎”，李科看到後，立刻感慨道。
“想不到這麽漂亮哎”，小霞也接着說道。
“看着有種不可思議的感覺”，小剛也發表了他的言論。
而皮皮此時則把手中的月亮石放到了大的月亮石下方，剛好使下方的小塊月亮石連成一個圈，把大月亮石圍起來，剛放好，月亮石就發出啦璀璨的光芒，好多皮皮也跳了出來。
“你們看”，看到好多皮皮圍着月亮石跳舞，小霞激動的叫道。
“太驚人了，原來皮皮們是自組一個社會生活的，”李科也激動的說。
“皮丘~，皮丘~”，“皮皮~，皮皮~”，這邊的皮丘和皮皮交流也使小智等人知道了，原來月亮石是保護皮皮們的神。
“喵，被我發現了”，就在小智等人沉浸在皮皮的舞蹈中時，喵喵的聲音傳來了。
“你們幾個真是陰魂不散哎”，轉過頭看到是火箭隊一行人，所以小霞吐槽地說。
“月亮石，我是絕對不會交給你們的”，李科雙腿打顫的表明态度說。
“這個男人幹嘛這麽激動啊”，武藏聽到後，則調侃的問道。
“這個石頭是屬于皮皮它們的，我絕對不會讓你們奸計得逞的”，李科強裝鎮定的說。
“你以爲這樣說就會有效嗎，喵，你看他的腳在發抖呢，喵”，喵喵繼續說道。
“既然這樣，就用神奇寶貝決勝負吧，皮丘，就決定是你了”，小智率先派出了皮丘。“皮丘~”。
“你也去吧，大岩蛇”，小剛則派出了大岩蛇。
“阿柏蛇，瓦斯彈，上”。
“阿柏蛇，挖洞”，“瓦斯彈，用煙幕”，這一次武藏和小次郎好像要速戰速決一樣。
“咳咳，比比鳥，就決定是你了”，小智立刻又派出了比比鳥，“用烈暴風”，“比~，比~”，煙幕散後，小智等人發現月亮石的位置隻剩下一個大洞了，原來中了火箭隊的奸計。
“大岩蛇，從地底追蹤”，小剛立刻下令說。
“我們也追吧”，小智等人則從路上追蹤。
“啊——啊——”，就在火箭隊非常高興地帶着月亮石下山的路上，一隻大岩蛇從地底鑽了上來，把火箭隊撞翻了。
“找到啦”，小霞看到了火箭隊後說道。
“做得好，大岩蛇，把他們所有人都捆起來”，小剛則是立刻下令道，“嗚啊——”。
“瓦斯彈，快反擊”，“瓦斯——，瓦斯——”，瓦斯彈聽到了小次郎的命令後，立刻撞上了大岩蛇，兩隻神奇寶貝就這樣失去了戰鬥能力。
而此時從大岩蛇挖的坑裏，李科和皮皮跳了出來。皮皮們一起揮動手指，使用了揮指功，然後産生了爆炸，“今天就到這裏吧，好讨厭的感覺啊”，火箭隊也被炸飛了，但月亮石也被炸成了碎片開始下落，那些碰到月亮石碎片的皮皮進化成了皮可西。大家又一起到山頂看皮皮們對着月亮跳舞。
第二天早上，“我決定和皮皮他們一起生活下去，神奇寶貝它們要是過的幸福，我也就跟着幸福，将來有一天我會跟皮皮它們一起去宇宙的”，李科最後下定決心的說。
而小智則帶着皮皮們給的幾塊月亮石和小霞、小剛一起離開了月見山，朝着下一個道館前進了。