深海栖艦

遊戲中的主要敵人。在官方出版的作品中，據說是被擊沉的艦船的怨靈，由于怨氣無法消失而形成反抗人類勢力的暗黑生物。深海栖艦的等級或排水量越高，越接近于人形。有些關卡中會出現紅色的精英級（elite）栖艦和金色的旗艦級（flagship）栖艦。在2014年3月14日更新之後，出現了圍繞金色光芒，左眼放出藍色火焰的旗艦改級（flagship改）。普通深海栖艦的艦級命名是按先後順序以伊呂波歌命名的。

最強Boss之一——戰艦栖姬

驅逐艦：驅逐イ級、驅逐ロ級、驅逐ハ級、驅逐二級

輕巡洋艦：輕巡ホ級、輕巡ヘ級、輕巡ト級、輕巡ッ級

重雷裝巡洋艦：雷巡チ級

重巡洋艦：重巡リ級、重巡ネ級

戰艦：戰艦ル級、戰艦タ級、戰艦レ級

航空戰艦：戰艦レ級

輕空母：輕母ヌ級

正規空母：空母ヲ級

輸送船：輸送ワ級

潛艇：潛艇カ級、潛艇ヨ級、潛艇ソ級

浮炮台：浮遊要塞、護衛要塞

鬼姬型深海栖艦：

《艦Colle》中，具有鬼、姬、戰鬼、戰姬爲銘牌的深海栖艦爲深海栖艦的上位個體，具有超乎普通深海栖艦的能力。分爲海基型與陸基型，海基型與普通深海栖艦相似，陸基型則免疫一切雷擊，但三式彈可對其造成2.5倍的傷害。

除了裝甲空母鬼與裝甲空母姬之外的鬼姬型深海栖艦具有CV配音。

陸基型：港灣栖姬、飛行場姬、離島栖鬼、北方栖姬、中間栖姬

驅逐艦：驅逐栖姬

輕巡洋艦：輕巡栖鬼

正規空母：空母栖鬼、空母栖姬、空母水鬼

航空戰艦：泊地栖鬼、泊地栖姬、裝甲空母鬼、裝甲空母姬、南方栖鬼、南方栖戰鬼、南方栖戰姬

戰艦：戰艦栖姬、戰艦水鬼;