公元1402年，明朝建文帝四年，六月。

南京城内外喊殺震天，燕王朱棣的十萬大軍正在和守城的建文帝大軍拼命厮殺，城上城下，亂箭齊發，炮火連天，南京城牆上密密麻麻的雲梯在攻城，城牆上的守兵或用石頭，或用火器，或用短刀，或用長槍，斬殺來犯之敵，燕王大軍一**的攻勢都被守兵打下去，有好多小部隊已經登上了城牆，終于寡不敵衆還是被守軍殺死，屍體扔下城頭。

靖難之役已經打了四年，鐵铉死守濟南，燕王無法攻入，正進退不得，姚廣孝書信建議繞開濟南，直取南京。朱棣繞開濟南，過山東境，在安徽境内與追來的山東兵馬作戰被打得大敗，雙方相持于淝水。建文帝知道燕王要直取南京，不知道聽了誰的馊主意，緊急調朝廷大軍回防，燕王趁勢大破山東兵馬，長驅南下，揚州不戰而降，大軍直到南京金川門下。

朱棣與随從在高處觀戰，北京信使快馬前來，交給朱棣書信，朱棣面色沉重打開，上面姚廣孝所書：“南京城破，方孝孺必不肯降，願王能不殺，以留天下讀書種子。”朱棣看完書信，看着南京城鏖戰正酣的雙方，良久不語，最後轉身對信使說：“回去告訴少師，就說本王知道了，會按少師的意思做。”信使躬身答應：“是！”上馬飛奔離去。

北方信使才走，前方探馬來報：“報大王！曹國公李景隆已經打開金川門迎降！”朱棣大喜，說：“進城！”三軍紛紛高呼不已。

大軍進入南京城内，道路兩側文武大臣和百姓跪地迎接，個個滿臉惶恐。朱棣端坐馬上，偶爾遙望遠處高高的皇城，臉色複雜，對左右說：“發安民告示！叫吏民不必驚慌。”

朱棣安民告示：“本藩受太祖之命，固守北平，以禦外寇。聖上受奸臣挑唆，殘害骨肉，本藩不得已起兵靖難，以保我大明江山社稷，全聖上與衆藩骨肉之情。今入南京，秋毫無所犯，百姓宜各安其所，勿傳謠言！唯奸臣當道，有罪者本藩不敢赦免，然無罪者本藩亦不敢加誅，如有誤傷遇禍，絕非靖難本意。”百姓看到，都相互稱幸，有好多百姓紛紛說：“這下可以太平了，燕王說不會亂殺人了。”有個花白胡子的老者暗暗搖頭。

朱棣大軍駐在金川門，大帳内，朱棣将一封信交給一個随從，說：“将這封信馬上送交聖上。”随從答應離去。大将軍張輔說：“大王，爲什麽不派人攻打皇城？南京都拿下了，小小一個皇城，還不是手到擒來？”朱棣說：“不可，本王爲靖難而來，一切要看聖上怎麽做。”張輔說：“他還能怎麽做？乖乖讓位，免傷和氣！如果不從，我們就大軍攻城了。”朱棣不語。良久沒回信，朱棣着急，在大帳内走來走去，旁邊衆将都焦急的看着他。

突然外面有人喊：“大王！大王！皇城失火！”朱棣大驚，一起出門觀看，隻見皇城一股黑煙直沖雲霄，朱棣說：“快！速速前去救火！”有将領得令而去。朱棣帥衆将趕到皇城，經過太廟、社稷壇，眼前大火熊熊，奉天殿被火海籠罩。

殘缺不全的奉天殿中，一大一小兩具燒焦的屍體擺在地上，朱棣注視良久，問：“這是聖上和太子嗎？”從人說：“讓衆人都認了，燒的太厲害，看不出來。”

朱棣登基之後，并非象安民告示所言就此罷手，而是大肆株連，大殺不屈從舊臣，手段殘酷，花樣翻新，其中齊泰、黃子澄、方孝孺、鐵铉、景清、卓敬、暴昭、練子甯、毛泰、郭任、盧植、戴德彜、王艮、王叔英、謝升、丁志方、甘霖、董镛、陳繼之、韓永、葉福、劉端、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪，大部分被淩遲，家人族人男丁被誅殺流放，女子入教坊司爲娼爲奴。

其中以方孝孺鐵铉景清遇禍最慘，方孝孺被誅十族，曆史僅有。鐵铉被吃自己肉，問甜不甜，鐵铉答，忠臣孝子肉，甜！被淩遲油炸。景清上朝行刺朱棣未遂，被割去舌頭，淩遲剝皮。

朱棣又廣招錦衣衛，尋找漏網之人，大肆株連殺戮。

但建文帝和太子生死不明，那兩具燒焦的屍體到底是不是，誰也不敢說，此事始終不讓朱棣放心，錦衣衛全國暗中搜捕之外，又密令大臣胡濙離朝暗訪。