破城後，魏兵“屠丸都”，殺死八千餘人，唯獨對昔日曾死谏國王莫犯魏國的沛者得來一家網開一面，不加處罰。“儉令諸軍不壞其墓，不伐其樹，得其妻子，皆放遣之。”平叛之後，在當地穿山鑿渠，援助居民農業灌溉及交通建設，恩威并濟，加強魏國影響力。
正始六年（245年），流亡的位宮遷都複辟，意圖再次反叛，毋丘儉率軍再征高句麗。位宮望風而逃，奔買溝（今朝鮮鹹北會甯）。魏軍摧毀其陪都不耐城（又稱國内城，今吉林集安市境内。
毋丘儉決心掃蕩遠東，将高句麗經營數百年的勢力連根拔除，同時震懾四夷，于丸都城墟兵分兩路，一路派玄菟太守王颀帶兵繼續北上寒地，奪取句骊北部地區，順帶搜捕東川王，另一路由樂浪太守劉茂、帶方太守弓遵率軍南下，掃蕩朝鮮半島，清除高句麗的同盟、附庸勢力。自領餘部，坐鎮丸都，降服周邊地區。
毋丘儉遣王颀出使扶餘國（高句麗北），獲得扶餘王位居支持。位居向來親善魏國，遣人運送軍糧供給魏軍。王颀率北路遠征軍繼續追擊位宮，于竹嶺大破高句麗殘部。位宮軍死傷慘重，潰不成軍，位宮本人僥幸突圍，再度攜妻女親信北逃。王颀軍乘勝追擊，于東沃沮（南沃沮）境内再敗高句麗仆從軍，将收留、協助過高句麗王的邑落攻破、清算，斬首三千餘級，以此警告東胡各國（部）。東沃沮降。位宮亡命至北沃沮（置溝婁）境内，已無人敢施以援助，唯恐招來魏軍報複。魏軍仍然窮追不舍，位宮繼續北逃，遠走肅慎，于次年病死。王颀軍亦深入苦寒，過北沃沮再度追擊千餘裏，經挹婁國，一直抵達肅慎南界，（今俄羅斯濱海地區）臨海問島（一說今北海道島），方才罷休。至此，高句麗在毋丘儉和王颀等人的打擊下，名存實亡，領土悉數并入玄菟郡。
而另一支南征魏軍也是連戰連捷。弓遵、劉茂先是協力擊潰濊貊各邑聯軍并逼迫不耐濊侯舉邑投降，與高句麗斷交，勒令其定期至郡城向魏國官員宣誓效忠，并接收濊貊當地居民戶籍、稅賦、勞役。從而将東漢初年廢棄的臨屯郡（在今朝鮮半島中東部）故地也再次收入版圖。魏軍傳檄布告半島，要求南部的辰韓等八國歸并魏國樂浪郡。因翻譯有誤，招緻諸韓起兵反抗，攻擊帶方郡。弓遵、太守劉茂一同帶兵南下平叛，合帶方、樂浪、新地（臨屯）三郡之力，徹底打垮韓軍，并滅亡辰韓，成功鎮壓韓人起義，結束了半島戰争。中原王朝對朝鮮半島的實際統治版圖、控制力度達到了空前的規模。
整個征服戰争至正始六年（245年）年初基本結束，毋丘儉、王颀、寇婁敦等遠征軍指揮官于國内城遺址立下石碑，傳于後世。并于正始六年（245年）五月班師凱旋，王颀、劉茂等地方官留守當地。将士們論功受賞，封侯的人達到百人以上。（注：據《三國史記》載，高句麗以詐降計刺殺王颀，打敗魏追兵。此事不見于中國史籍，且王颀亦領帶方太守、後參與鄧艾伐蜀，應爲其吹噓之語，或者誤認他人）魏軍兩次征讨，每次均俘獲高句麗人口數千，并将他們遷入内地。
毋丘儉領導的東征，是中原王朝對東北地區有史以來最遠的一次征讨。經過征讨，魏之勢力遠至今俄羅斯濱海地區，不但将句骊絕大部分領土并入幽州玄菟郡，還将朝鮮半島嶺東濊貊地區，東南辰韓國領土，也歸入了樂浪、帶方二郡，收複漢四郡全境，另拓地數千裏。
此後，毋丘儉被調爲左将軍，假節、領豫州刺史，轉鎮南将軍，監豫州諸軍事，在南方參與對吳戰争。嘉平三年（252年），魏軍在東興之戰中大敗，元氣大傷。吳國趁勢興兵，大舉入侵。
爲了挽救東線頹勢，時任魏國執政、大将軍司馬師轉毋丘儉爲鎮東将軍，都督揚州諸軍事，以抵擋吳軍。毋丘儉到任後恪盡職守，整頓邊防，調和兵、吏矛盾，提拔了一些身份地位不受重視的人才，如牙門張特爲合肥新城守将。
之後，吳國太傅諸葛恪舉全國之力，興兵二十萬大舉北伐。面對吳軍的來犯，毋丘儉采取守勢，指揮各部堅守城、寨，固守待援，其中部将張特防守的合肥新城，吸引了大批吳軍。戰線漫長，毋丘儉兵力有限，分身乏術，好在張特帶着少量士兵成功堅守，防線才沒被沖出缺口，探知吳兵軍營起了瘟疫，士兵戰鬥力嚴重下滑，太尉司馬孚的洛陽援軍業已抵達後，指使諸将反攻，魏軍化守爲攻，沖擊吳軍大營，吳軍經過連日消耗，士氣低迷，在魏軍猛攻之下潰不成軍，或掉到壕溝，或繳械投降，或流竄奔逃，或哭喊求饒，光文欽所部就斬首萬餘級，俘虜不計其數，吳兵潰不成軍，諸葛恪丢下老弱病殘，倉皇撤退，歸國後威望盡失，不久失勢被殺。
毋丘儉憑此役又得升遷，加鎮東大将軍，其餘諸将士皆論功受賞。新城戰役結束後毋丘儉特地上疏朝廷，不爲自己邀功，通篇隻爲有功官兵，忠義之士逐個陳述事迹，善後撫恤，魏帝曹芳欣然采納。
正始十年（249年），高平陵之變發生，大将軍曹爽被司馬懿所殺。作爲曹爽餘黨的文欽，深感恐懼，後因戰功統計問題與司馬師産生争端，心懷怨念。文欽性格桀骜，粗猛無禮，與諸葛誕互相嫌惡，從不共謀。但毋丘儉非常禮遇文欽，二人互相交好，漸走漸近。
毋丘儉儒士出身，渴望功名，常以“飛鴻”“鳳鳥”自比。卻不好黨争，潔身自好。故而先後得勢的曹爽、司馬懿集團均允許毋丘儉握有重兵，戍守邊疆重鎮。繼父掌權、威望不足的司馬師也對毋丘儉敬重有加。但這種情況很快便發生了改變。嘉平六年（254年）三月，夏侯玄、李豐等重臣密謀取代司馬師元輔的地位。事情敗露，被司馬師誅殺全族。