【颍川黃巾軍的覆滅】
四月，朱儁和波才軍交戰，不敵，被逼抱團和皇甫嵩一起退守長社，很快被波才率大軍圍城，同時期，汝南的黃巾軍也在邵陵打敗太守趙謙。在北方，幽州刺史郭勳及太守劉衛也被廣陽黃巾擊敗殺死。
爲了解長社之圍，朝廷派騎都尉、沛國人曹操救援皇甫嵩和朱儁。
那時波才率黃巾軍将皇甫嵩圍困在長社縣城，雙方兵力極不對等，皇甫嵩兵遠少于黃巾軍，城内包括不少将領在内都感到非常恐慌，但皇鋪嵩依然鎮定自若。
城外黃巾軍的營寨所設之處荒草遍野，适逢狂風大作，皇甫嵩便讓士兵們全都手持成束葦草上城。另外他命一批勇士，偷偷地越過包圍圈，放火燒草并高聲呐喊。與此同時，城上的軍士也一齊點燃火把，與之呼應。皇甫嵩率軍從城中擂鼓呐喊而出，直搗敵陣。
由于到處都是官府軍的呼聲，使得黃巾軍大驚，潰散奔逃。這時，恰好曹操率兵趕到。五月，皇甫嵩、曹操與朱儁會師，再次出戰，大敗黃巾軍，斬殺數萬人。靈帝封皇甫嵩爲都鄉侯。
皇甫嵩、朱儁乘勝進攻在汝南郡和陳國的黃巾軍，在陽翟追擊黃巾将領波才，在西華攻打黃巾軍另一将領彭脫，都取得了勝利。黃巾軍的剩餘部衆或者投降，或者逃散，三郡的叛亂被全部平定，豫州一帶的黃巾軍最終被剿滅。皇甫嵩上書報告作戰情況，将功勞歸于朱儁。于是朝廷進封朱儁爲西鄉侯，提升爲鎮賊中郎将。
在東方取得勝利之後，皇甫嵩奉命讨伐東郡的黃巾軍，朱儁則進攻南陽的黃巾軍。
【南陽黃巾軍的覆滅】
在南方，南陽太守秦颉在與張曼成經過一百多天的戰鬥後，取得了階段性的勝利，斬殺了張曼成。但黃巾軍改以趙弘爲帥，在得到其他地方的黃巾軍投靠之後，勢力再度有所擴大，人數上升到十多萬之衆，他們盤踞在宛城，仍然具有相當的威脅。
朱儁與荊州刺史徐璆及秦颉三軍聯合，共計一萬八千兵圍攻趙弘，由于兵力過少，從六月攻至八月，一直未能攻克宛城。
因此不少人要求将朱儁調回。但此時司空張溫上書說：“從前秦國任用白起，燕國任用樂毅，都是經過長年艱苦奮戰，才能戰勝敵人。在征讨颍川黃巾時便已建立戰功，揮師南下，已經确定作戰計劃；在戰争之中更換統帥，是兵家的禁忌。應該再給一些時間，讓他取得成功。”靈帝這才作罷。不久，朱儁發動進攻，将趙弘斬殺。
雖然斬殺了黃巾軍首領趙弘，但黃巾軍又以韓忠爲帥，那時朱儁讓士兵們敲着軍鼓進攻宛城西南角，黃巾軍全都趕赴該處抵禦。朱儁卻親率精兵襲擊宛城的東北角，登上城牆而入，攻破了外城。韓忠退守内城，驚慌失措，要求投降。
諸位将領都願意接受，但朱儁卻說：“在軍事上，本有形式相同而實質不同的情況，在以前秦末高皇帝與項羽争霸的時候，人民還沒有确定的君主，因此要獎賞歸附者，以鼓勵人們前來歸順。如今天下統一，隻有黃巾軍起來造反，如果接受了他們的投降，就無法鼓勵那些守法的百姓；而嚴厲鎮壓，就能懲罰罪犯。現在如果接受他們的投降，就會進一步助長叛軍的勢頭，他們在有利時起兵進攻，不利時則請求投降。這是放縱敵人的作法，不是上策。”
于是朱儁拒絕了黃巾軍的投降，再次連續的發起猛攻，但均未能攻克。
雖然朱儁用聲東擊西之機攻破了外城，逼的韓忠請降，但官軍打了四個多月還是沒有徹底攻陷宛城。
随後他登上土山，觀察黃巾軍的情況，回頭對司馬張超說：“我知道原因了。現在叛軍被嚴密圍住，内部形勢危急，他們求降不成，突圍又無路可走，因而死戰。萬人一心，已是勢不可擋，更何況十萬人一心呢！不如撤除包圍圈，集中兵力攻城。韓忠見到包圍解除了，勢必自己出來求生，自己出城定會各尋生路，鬥志全消。這是破敵的最好辦法。”
于是朱儁改變策略解開包圍，給了黃巾軍們一條“生路”，韓忠果然中計出戰，朱儁大破韓忠，韓忠投降，最後被和他有怨的秦颉殺死。韓忠投降被殺後，宛城内的黃巾軍門甯死不降，又推孫夏爲帥。
朱儁發起猛攻，司馬孫堅率領部下首先登上城牆，官軍最終攻下了宛城，孫夏逃走，朱儁追至西鄂縣的精山，再次擊潰黃巾軍，斬殺一萬餘人。
南陽黃巾軍最終被朱儁平定。
【冀州黃巾軍的覆滅】
張角領導的冀州黃巾軍毫無疑問是黃巾軍中的主力。
那時黃巾軍雖然數量衆多，但裝備較弱、軍紀不齊，所以張角在面對盧植所率領的東漢主力軍時并沒有占到上風，數場大戰下來，張角損失了萬餘人，還被迫撤到了廣宗。當時漢軍占到上風，盧植正在整備軍隊、制造器材，準備攻下廣宗，可惜由于他拒絕賄賂視察軍情的宦官左豐，被左豐誣告作戰不力，靈帝大怒之下，罷免了盧植，并将他押送回京，判處比死罪輕一等的處分。随後以東中郎将、隴西人董卓替代了盧植。
盧植被罷免後，張角獲得了喘息時間，他整理軍隊、強化訓練，以逸代勞，大破董卓，董卓也因此被處分撤職。此時皇甫嵩與黃巾軍在蒼亭大戰，俘虜黃巾軍将領蔔巳，于是靈帝下诏又以皇甫嵩爲主率軍征讨張角。
皇甫嵩率軍趕到後，恰好逢張角病死，但張梁率領的黃巾軍也是骁勇善戰，皇甫嵩未能取勝。第二天，皇甫嵩關閉營門，讓士兵休息，以觀察敵軍的變化。看到黃巾軍情緒逐漸松懈，便趁夜部署軍隊，清晨雞鳴之時，疾馳沖向敵陣。交戰至傍晚時，黃巾軍大敗，張梁被斬首，黃巾軍三萬多人被殺，約五萬人被逼落河中淹死。
十一月，皇甫嵩與巨鹿太守郭典在曲陽斬殺張寶，攻克曲陽，俘虜十多萬人。
于是黃巾之亂從爆發到結束僅僅不到十個月就被平息了。
張角三兄弟雖然死了，但黃巾軍并沒有真正意義上的結束，其餘黨衆多，有黑山、白波、黃龍、左校、青牛角等大小數十個勢力。中平五年（188），黃巾餘黨再次發起叛亂，黃巾餘部紛紛起事。黃巾大起義雖然被平息了，但這并不标志着結束，反而這隻是大幕開始前的序幕而已。此後，朝廷下放權力到地方，各地擁兵自重，群雄逐鹿而起，東漢王朝一步步走向滅亡。
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