一監二閣三院——

設置欽天監監正、太史閣太史令、文淵閣統領大學士、翰林院院正、格物院院正、都察院左都禦史、右都禦史。

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欽天監，掌觀察天象，推算節氣，制定曆法。

【天文科】負責天文學研究。

【曆法科】負責曆法和節氣的編纂、制定、推算。

【日晷科】負責精确的時間測量，目前采用原子鍾。

【風水科】負責國家地理堪輿、尋龍點穴、藏風納水，目前成爲了國家玄學研究部門，負責超自然現象的調查與研究。

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太史閣，國家曆史與檔案館，負責史學研究，修書撰史。

【考古科】負責國家的考古挖掘工作。

【守藏科】國家曆史和檔案館。

【古史科】負責研究古代曆史。

【近史科】負責研究近代曆史。

【現世科】負責預測現代及未來的格局形勢。

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文淵閣，文化藝術的研究機構，負責諸子百家、百科學術的修書定義、釋義正典。

【經藏樓】國家藏書館、圖書館。

【百家坊】精研百家學術（主要是哲學、思想、主義、政治、理論）。

【正典處】負責各種著作的官方解釋權。

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翰林院，爲中樞幕僚，或者說是智囊團、智庫。

【文苑】經筵日講、論撰文史、稽查史書等等，文苑長于學術研究。

【玉堂】探讨軍政、協議國事、推演局勢、以備咨詢等等，玉堂長于謀劃策略。

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都察院，主掌監察、彈劾及建議，負責糾察、彈劾官員、肅正綱紀。

【左都察院】監察百官，廉政反腐。

【右都察院】信訪采風，百姓投訴。

【監察司】地方監察禦史使司。

【紀委司】紀律檢查委任使司。

【暗行司】暗行禦史使司。

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格物院，中華聯邦中央科學院，負責科學技術研究，經李丞相改制後分爲探天閣和人文苑兩部分。

探天閣——

【算學部】研究數學、算法和邏輯學。

【物理學部】研究物理學。

【化學部】研究化學和材料學。

【生物醫學部】研究生物學、醫學。（大多兼任太醫院之職）

【地學部】研究地理學、地質學、地球環境學等。

【信息學部】研究電子信息學。

【機關學部】研究機械機器學。

【工程技術學部】研究工程學。

人文苑——

【語言學部】研究各類語言、文字、音律、符号、密碼。

【社會學部】研究人類社會活動。

【心理學部】研究心理學。

【政治學部】研究政治學。

【經濟學部】研究經濟學。

【律法學部】研究律法學。