不久，佐賀藩傳出一個消息：由于藩主鍋島直正身體不佳，且沒有後代，爲防萬一，家老鍋島茂順決定，爲藩主選擇一名名叫久坂玄瑞的十七歲年輕武士，改名鍋島玄瑞，認作繼子，以便将來不時之需。
消息傳開，整個佐賀藩一片訝然！誰都知道，藩主鍋島直正正值壯年，又是習武之人，身體一向健康，怎麽會突然身體不佳呢？而且，他有兄弟近二十多人，最小兄弟甚至比他小上二十歲，即便是沒有兒子，也不用擔心無人繼承藩主的問題。怎麽會如此做？佐賀藩内的士族們都有些想不通了。不但他們想不通，鍋島家的族人更是想不通。尤其是鍋島正直的那些兄弟們，更是異常地憤怒。他們可都是眼巴巴地盯着呢，甚至有很多兄弟等着鍋島直正兵解之後，将佐賀藩分爲十餘個小藩。
但這個消息是家老鍋島茂順決定的，即便是鍋島家的直系族人，也無法讓之更改。于是，佐賀藩内的告狀書信雪片般地飛往江戶，準備請藩主鍋島直正回藩，問個明白。
但遺憾地是，他們沒等到鍋島直正回藩的消息，卻等到了一個噩耗！
日本的國土窄小，也就幾天功夫，這個噩耗便傳開了。
在江戶任職的鍋島直正突然暴斃而亡。
由于鍋島直正沒有直系後代，肥前國佐賀藩藩主的位置便空缺了下來。當然，說是噩耗，隻是表面上的，實際上，鍋島直正的那些兄弟到底是怎麽想的，誰也不知了。佐賀藩的人們隻是知道，鍋島家的兄弟們紛紛搶奪藩位，不但相互之間大打出手，還連連拉攏佐賀藩的家臣。
由于鍋島直正這兩年一直在江戶，佐賀藩的藩事都是由在佐賀的藩臣打理，自然，藩主之位搶奪的決定權便是家臣的支持，最終誰獲得家臣的支持，誰便能主導藩事，有了實權，便能決定藩主的歸屬。一般來說，這些藩都是世襲的，幕府不加幹涉。隻有對那些不滿的藩主世家，幕府才會想辦法消減打壓，但也隻是打壓，而不是徹底的撤銷。選定好了藩主人選，上報給幕府，幕府再下封文正式任命即可。
正當鍋島直正的衆位兄弟相互攻擊争搶藩主之位時，意想不到的情況發生了：佐賀藩的衆多家臣們，在家老鍋島茂順和茂義、茂昌等鍋島家衆家臣的率領下，佐賀藩的家臣藩事們，一夜之間推舉剛剛成爲繼子的鍋島玄瑞成爲佐賀藩藩主，并派出數百名藩兵将他們團團圍住。
這個時候，就是傻子也知道不對勁了！到了現在，他們才醒悟過來，家老鍋島茂順雖然也行鍋島，但好像根本就不是鍋島家的人，他一直念念不忘的還是恢複他們武雄後藤家的榮光。
很明顯，他們信任的家老，和一大幫家臣，都背叛了鍋島家，而他們佐賀藩的領地和榮耀，也即将被陰謀奪取。
頓時，鍋島家的兄弟們眼紅了，直接變往外沖殺，想逃到江戶去找幕府求助，但昔日的家臣和藩兵，此刻已經變成了魔鬼，更何況，還有大堆不知道從哪兒冒出的灰衣人，手持洋槍對準他們便是砰砰砰地一陣亂響。
鍋島家的直系族人全部死光了，隻剩下二名二十歲出頭的旁系族人在外遊學，幸免于難，不過，遊學也不遊了，偷偷跑到蝦夷島（北海道）那邊改名換姓躲藏起來。等于是佐賀藩的鍋島家族幾乎全軍覆沒了。
不過，這還沒完。佐賀藩的支藩鹿島藩和小城藩的兩個鍋島家的分支族人，在接下來的兩天，很快遭受佐賀藩兵的攻擊。
與此同時，新任佐賀藩主鍋島玄瑞宣布，收回鹿島藩和小城藩的支藩地位，建立獨一無二的佐賀藩。
鹿島藩和小城藩的鍋島支藩很快便被攻克。佐賀藩很快便統一起來，新任藩主鍋島玄瑞，也正式成爲佐賀藩的主人。
其後，佐賀藩将自己轄地的兩處劃分了出來，新成立了兩處小藩，上報給幕府。一處是将鹿島封給久坂家，重建鹿島藩，俸祿爲五千石；一處是将武雄封給後藤家，建立武雄藩，俸祿爲一萬石。
沒兩天，德川幕府以難見的高效率批了下來，正式封鍋島玄瑞爲佐賀藩藩主，而鹿島藩和武雄藩也封了下來。
與此同時，停放在長崎碼頭的二大船布匹被卸了下來，轉運送往德川幕府所在地，江戶城。
鍋島玄瑞任藩主後，便開始追随羅森，進行了他的遊學生涯。佐賀藩的藩事政務，都交給一名叫林鴻年的天朝之人打理。
緊接着，江戶城又傳出一個驚人的消息：德川幕府作出決定，将日本唯一的開放口岸長崎，全部劃分到佐賀藩，交給佐賀藩打理。代價便是佐賀藩每年上繳100萬石糧食給幕府。
日本的上百個大大小小的各藩國，紛紛猜測幕府爲什麽會作如此決定，最終分析傾向于德川幕府爲了自身的名聲和實際利益，才這樣做。幕府一方面要加緊閉關鎖國，但另一方面又舍不得長崎與外界的貿易，特别是中國貿易帶來的關稅和利潤。于是，這樣的決定便出現了。
長崎原本是由幕府直轄管理，不但收取來貿易的外國商人關稅，還指定隻能由江戶方面指派的商人與之交易，這樣一來，各地藩主對之很是眼饞，意見很大，紛紛表示要摻雜進來。幕府的壓力也很大，無奈之下，德川幕府便想出了這麽一出。當然，代價不是沒有。
關稅方面，降低了一半。而且，誰也不知道的是，前面的哪一系列動作，包括不但不追究佐賀藩主離奇死亡，藩位被奪等事情，都是付出的代價。
不過，幕府方面樂意，周圍其他的藩國不願意了。與佐賀藩最爲接壤的築前藩、築後藩兩藩便首先抗議，直接在九州島最西南端的強藩摩薩藩的支持下，出兵上千，前往佐賀藩的邊境陳兵，提出也要分些長崎港的利益。