搞定了維奧，小智繼續往等離子驅逐艦的深處探索，
反正看這所等離子驅逐艦很不爽，遇到因爲沒有通行證而無法通行通道和房間，通通一律炸開。
或者有時遇到幾個等離子隊隊員，小智便如同餓虎撲食一般将他們撂倒。
很快，小智再次炸開一扇門，映入小智眼簾的竟然是一個實驗室，而且還有好幾個身着白色研究服的研究人員們在這裏進行研究。
對于小智的闖入，他們竟然完全不驚訝，見狀的小智頓感不妙，急忙拿出精靈球收回了噴火龍。
但是沒來得及顧上的皮卡丘卻被從暗處射出的一道藍色射線命中後背，雙眼頓時變得通紅，怒視着小智。
“阿克羅瑪，你難道就隻會躲起來暗箭傷人嗎？”小智高聲質問道。
阿克羅瑪這才從暗處走了出來，手握着一把控制槍，得意洋洋地開口道，
“哈哈哈，歡迎來到我的實驗室，小智檢察官，
我受到魁奇思的委托在這裏進行研究，我的願望是能夠完全發揮出寶可夢的能力，
爲了達到這個目的，我可以不擇手段。”
“哼，現在就高興恐怕還太早了吧，半場開香槟可是不好的習慣哦，皮卡丘，上吧，幹掉他們。”
“小智檢察官，你怎麽說起夢話來了，我制造出來的可是連傳說中的寶可夢萊希拉姆都能控制的裝置，區區一隻皮卡丘，又能做出什麽樣的抵抗呢。”
“哦，是嗎？不要小看我們之間的羁絆啊。”
隻見皮卡丘完全不聽阿克羅瑪的話，一步步接近阿克羅瑪。
“啊，怎麽可能！他爲什麽還能夠自由行動！”阿克羅瑪大驚失色道。
“阿克羅瑪博士，這到底是怎麽一回事，趕快提高輸出功率，徹底控制那隻皮卡丘。”一個助手急忙開口道。
阿克羅瑪急忙再開一槍，一道藍色射線再次命中皮卡丘。
“上吧，皮卡丘，使出十萬伏特。”
“皮卡～丘！”
皮卡丘輕而易舉便掙脫了控制，帶着滿腔的怒意，十萬伏特傾瀉而出，阿克羅瑪下意識地擡起雙手捂住臉，卻仍然被電流所産生的沖擊力所擊飛出去，他手上的那柄控制槍也被擊毀。
阿克羅瑪艱難地支撐着站起身，滿眼的不可置信，喃喃道，
“不，不可能的，應該已經完美控制了才對，這，這是怎麽回事，真，真不敢相信，爲什麽，爲什麽，不可能的，竟然超越了我的理論，我怎麽可能會承認這種……”
“投降吧，阿克羅瑪。”小智再次開口道。
“既然操控沒有用，那我隻好親自打敗你了，
像你這樣的訓練家，通過心與心之間的交流，也能讓寶可夢發揮出強大的力量，
而像等離子隊那樣，強硬地使用殘酷的手段，雖然也可以引出寶可夢的潛能，
但是，這樣的結果，可能會導緻世界的毀滅，
先不說這個了，我和合衆地區各地的寶可夢訓練家們進行對戰，
爲了就是确認他們有沒有将寶可夢的潛能激發出來的資質，
從這個意義上來說，你非常非常優秀，
好了，告訴我你的答案吧，是否如我所期待的那樣。”
說完，阿克羅瑪先後派出了三合一磁怪，自爆磁怪，齒輪怪，大宇怪，金屬怪。
小智也不再客氣，現在已經不再害怕自己的寶可夢會被阿克羅瑪給控制了，
噴火龍與皮卡丘聯手出擊，兩個老搭檔非常輕松就放倒了這五隻寶可夢。
誰讓阿克羅瑪平日裏天天搞科研呢，沒有訓練，那他手上的寶可夢的戰鬥力肯定不強的啊。
戰敗後，阿克羅瑪盯着實驗台屏幕上顯示出來的數值，再次不可置信地開口道，
“怎麽會，你的皮卡丘的力量比先前被我操控的時候還要……更加的強大，
好強，你真是個強大的訓練家啊，那麽我問你，你認爲寶可夢和訓練家之間通過互相理解，可以更上一層樓嗎？”
“當然。”
“原來如此，你的回答，正是我所追尋的理想，
的确，你正是懷着這樣的信念，和寶可夢并肩作戰，發揮出了巨大的力量，重複一遍，
爲了讓寶可夢更強，我不惜任何手段，
如果隻通過人和寶可夢的交流無法達到那個高度的話，
我就隻能依靠殘忍的科學研究來發揮出它們真正的實力了，
但是你讓我看到了另一種可能性，無論是你勝還是等離子隊勝，對我來說都可以算得上是決定人類和寶可夢的關系該以何種方式存在的戰鬥，
那麽，結果是怎麽樣的呢，讓我見識一下吧，祝你好運。”
說完，阿克羅瑪深深呼出一口氣，閉上雙眼，将雙手握拳合攏，伸到小智面前。
小智笑了笑，拿出手铐把阿克羅瑪拷上。
聯盟的人員們也沖了進來，将同爲主犯之一的阿克羅瑪和維奧，
還有這群助纣爲虐的科研人員與等離子驅逐艦裏面一路上被小智打倒的等離子隊隊員們全部押送離開。
阿克羅瑪被押上警車前說的最後一句話是，
“沒想到我的寶可夢控制機竟然失敗了，诶，對了，下次我來開發可以跟寶可夢們對話的機器好了。”
事情到了這個地步，小智目前的任務還剩下一個，逮捕魁奇思。
從阿克羅瑪的口中問到了魁奇思的房間位置，小智便帶着皮卡丘一個人直奔那個房間而去，依舊毫不客氣，直接炸開房間門。
小智沖進去的時候，魁奇思正背着一隻手，另一隻手拄着他那印有等離子隊标記的權杖，背對着小智，看着牆上的合衆地區地圖，似乎早有預料地開口道，
“真是一群沒用的小卒，竟然讓敵人這麽容易就闖了進來，
還有阿克羅瑪！那家夥作爲科學家實在是太單純了，這樣也算得上是等離子隊的首席科學家嗎，
我們征服合衆地區的崇高使命，居然還比不上他個人的好奇心，
好了，小智檢察官，你是幸運的，因爲你是唯一一個能聽到我魁奇思這場演講的人，