經過張守直、劉體乾和海瑞等人督率戶部、都察院、少府監，詳細清點，逐一辨認之後，假銀和成色不足的白銀共有十七萬兩之多，無疑爲這次太倉被盜案增加損失，不少人認爲這是此案的案中案，但是朱載坖并不這麽認爲。
朱載坖召集了内閣輔臣、戶部尚書劉體乾、少府卿張守直、刑部尚書洪朝選、戶部左侍郎提督鈔關鄢懋卿、戶部左侍郎總理鹽政王國光、左都禦史海瑞、大理寺卿趙錦、錦衣親軍都指揮使陸繹和太子朱翊釴，商量此案。
現在的問題是戶部假銀案和太倉盜銀是什麽關系，劉體乾等人認爲是案中案，陸繹、洪朝選等人認爲是案外案，朱載坖一樣也認爲這是案中案，就現在的證據來看，假銀案中當然有部分是由老庫的庫丁幹的，因爲用假銀掉包了老庫木鞘中的存銀，這種手法确實是很像盜銀案的手法，确實很有可能的就是同一夥人所爲。
但是外庫的銀兩呢？按理說他們已經在老庫盜銀了，再去朝廷監管嚴密的外庫盜銀或者調換銀兩，風險未免過大了一點，朱載坖認爲這不像是同一夥幹的。
刑部尚書洪朝選和缇帥陸繹也認爲應該同時存在兩個侵吞官銀的團夥，從目前太倉發現的假銀來看，主要存在兩個特點，第一就是零散，假銀的分布非常之零散，外庫、老庫，各年份、各省解來的銀兩混雜在一起。
這就足以說明一個問題，就是這些銀兩不是在進入太倉之前被掉包的，因爲在驗收外省解京銀兩的過程中，除了成色驗收，還有一項重要的程序是對銀鞘進行“劈兌”。劈兌之前，由戶部知照工部，約定某一時間由工部派匠役劈開木鞘，以檢驗銀兩。
戶部對于各地和海關、鹽稅等衙門解來的銀兩是逐個檢驗的，如果說假銀是在進入太倉之前就存在的話，這些假銀應該是固定的在某些年份和某些省份出現的，而且要是這個造假的人有把握能夠搞定戶部負責驗收的官吏的話，絕不會這麽東一錠西一錠去造假的。
所以洪朝選和陸繹都認爲，問題肯定還是出在戶部内部，盜老庫銀的這夥人肯定也幹了調換假銀的事情，但是肯定也另有一夥人在外庫調換假銀。
洪朝選就指出，從嘉靖八年之後，各地解納太倉庫的白銀都要傾銷成錠并在其上刻記年月及官吏銀匠姓名，而太倉中的假銀卻沒有這些，而且形制不一，顯然是從外間帶入太倉用以調換官銀的。
朱載坖要求将兩案一起查，此案涉及的人員肯定是非常之多的，時間也會非常之久，朱載坖直接要求陸繹将審不過來的部分人犯送東廠好生打着問，朱載坖直接要求廠衛用刑拷問，對于這些人，朱載坖才不管什麽人權，隻要不弄死就行，用刑無所謂了，朱載坖現在是搞清楚事情的原委。
同時戶部尚書劉體乾向朱載坖請辭，雖然此事和劉體乾其實沒有多大的關系，但是言官們彈章紛紛，要求劉體乾爲此負責，劉體乾也深知，此事肯定是要有部堂大員來爲此承擔責任的，朱載坖也沒有挽留劉體乾，批準了劉體乾的緻仕，同時任命原戶部左侍郎鄢懋卿爲戶部尚書，原戶部左侍郎王國光加戶部尚書銜總督鹽政、鈔關事務 。
而在太子朱翊釴的督率下，陸繹和錦衣親軍和馮保的東廠開始抓捕涉案的官吏，不僅是太倉的官吏，還有戶部的其他官吏也被逮捕，同時新任戶部尚書鄢懋卿請求不僅對太倉銀庫予以核查，同時對京通倉等戶部管轄的其他倉庫予以全面核查，查看是否有貪墨的行爲。
除此之外，朱載坖也命令科道言官會同司禮監檢查内承運庫，太倉不幹淨，朱載坖可不會認爲自己的内承運庫就是什麽白蓮花，太倉有的弊端，恐怕内承運庫都存在，朱載坖正好借此機會，對内承運庫也一道予以清理。
朱載坖讓李芳和陳矩兩人負責會同戶科給事中們，對内承運庫予以清查，都察院的禦史們會同廠衛對于京通倉、戶部下屬的甲、乙、丙、丁、戊字庫等進行全面的清查。
事實證明，朱載坖的預計是正确的，不管是内承運庫還是京通倉、戶部所屬的其他倉庫，都不同程度的存在各種各樣的問題，京通倉糧食短少，儲存物資的倉庫物資被調換，以次充好，太監盜取内承運庫銀錢等，都存在這些事情。
但是令朱載坖沒有想到的，相對情況更好一些的，竟然是朱載坖的内承運庫，内承運庫短少的銀兩不足十萬兩，和内承運庫高達千萬兩儲蓄相比，還算能夠接受。
不過朱載坖也沒有放過這些人，凡是清查出來的涉及盜取内承運庫銀兩的太監，全部移送廠衛嚴審，同時朱載坖任命陳矩提督内承運庫，詳細登記賬目，一式三份，一本存庫，一本存司禮監，一本由朱載坖親自掌握，防止出現情弊。
而問題嚴重的是在戶部儲存物資的各個倉庫中，按照規定，甲字庫掌收銅錢、布匹、顔料，乙字庫掌收衣服、衾帳、紙劄等物；丙字庫掌收絲綿、紗線；丁字庫掌收銅、鐵、錫、香、茶、蠟諸物；戊字庫掌收氈衫、胡椒并支收軍器；這些倉庫主要是用于儲存朝廷的各種物資的。
由于物資的數目巨大，不像銀兩那樣容易清點，再加上朝廷對于太倉銀庫盯得緊，對于這些倉庫的管理就沒有那麽嚴密了，這就給了這些管庫的官吏以機會，他們夥同奸商，盜賣物資，以次充好，尤其是朝廷的大宗如布匹、棉花、絲綢等物，是出現大量貪腐的地方。
他們動辄以受潮、被蟲鼠損壞爲由，将數以千計的布匹、絲綢折價賣給奸商，從中獲取巨額利潤。樁樁件件，觸目驚心。朱載坖攬奏無話可說，诏獄大門打開，北鎮撫司茶樓有請。