朱載坖在年歲大了之後，已經很少在動用庭杖了，因爲現在朱載坖已經在朝廷上建立起了絕對的威信，一般的官員已經是不敢輕易的和朱載坖對抗了，而且朱載坖在年歲大了之後，也不太願意輕易的動用庭杖，還是希望在朝廷營造相對寬松的政治環境。
但是朱載坖并非無底線的寬松，這次對于張有德的重懲就是朱載坖向朝廷所發出的明确信号，雖然朱載坖嚴懲張有德，明面上的理由就是張有德離間天家，這個罪名的含殺量自然是非常之高的，但是更加清楚的就是朱載坖這次明确向朝廷傳達的信息，就是對于太子無條件的支持。
朱載坖很清楚，張有德之所以上疏，其實就是想搞政治投機，試探朱載坖對于太子施政的态度，要是朱載坖對此表示出一些意思，他們自然就會對于太子的各種施政加以掣肘，這點朱載坖還是很清楚的，所以朱載坖采取了斷然措施，用張有德的命表明了自己的态度，同時将各相關部院的官員拉去觀刑，加以震懾，保證太子的決策在朝廷内部不受掣肘。
朱載坖的行動當即就産生了效果，皇帝以實際行動表明了對太子的支持，朝廷上下也明白了朱載坖的意思，開始密切配合太子起來，而朱載坖也在西苑之中處理一些政務，随着時間的推移，朱載坖原本的老臣都凋零殆盡了，原左都禦史、顧問咨詢大臣、太子太保楊繼盛以七十六歲去世，嚴紹庭也向朱載坖奏報其父嚴世蕃病重，從隆慶二十四以來年，當年在嘉靖朝和朱載坖相識相知的重臣們紛紛去世，已經是所剩無幾的。
汪道昆、李春芳、高拱、張居正等重臣們早早謝世，連楊繼盛現在也已經仙逝了，朱載坖看着奏報，不僅僅坐着呆呆的發愣，司禮監陳矩趕緊說道：“陛下不必哀傷，緻傷聖體！”
朱載坖揮揮手讓他退下，親自下達了聖谕道：“故太子太保、顧問咨詢大臣、左都禦史楊繼盛，清操耿介，世所共知，在昔世宗，亦以優容。入柄台省，一以貫之。是人臣之所盡忠，得無愧于斯也！遽聞溘逝，震悼良深，贈楊繼盛少師兼太子太師、特進光祿大夫入祀賢良祠，賜谥文忠，嗚呼，人臣之忠，無出其右，失此梁棟，朕心阖傷。遣皇太孫緻祭，以慰英靈。”
朱載坖的上谕下達之後，朝廷并沒有有什麽波瀾，一來就是楊繼盛在朝廷中名聲極佳，再加上朱載坖剛剛收拾了這幫官員，他們不敢在這個時候搞事情，面對朱載坖的上谕，禮部當即予以執行，而朱載坖再次因爲這些重臣的離世而大病一場，這次朱載坖卧床不起，病逝極重，盡管翰林醫官院的禦醫們都輪番診視用藥，但是朱載坖這次恢複的很慢，一連卧病十多天都不能起身。
輔臣和軍機大臣們也輪流值守西苑，随時等候召見，朱載坖病情穩定下來之後，召見了内閣輔臣和軍機大臣們，朱載坖問道：“政務、軍務，可曾怠惰？”
首輔申時行趕緊說道：“陛下，殿下朝夕侍奉，不敢遠離，臣等雖佐理庶務，不敢妄加決斷也。”
這些日子太子都一直在朱載坖身邊伺候，導緻政務積壓，朱載坖将太子叫過來說道：“癡兒，國事爲重，何以如此？”
然後在首輔申時行說道：“元輔代朕草诏，以太子權同處分軍國事，準太子于令旨上用玺請寶，諸司百衙，勿得違逆。”
申時行當即領命，和幾位輔臣一道草拟诏書去了，朱載坖随後下達命令，對于宮城宿衛加以調整，調羽林軍入衛宮城，宿衛宮禁，其餘京軍亦調入京師巡邏，嚴加戒備，以驸馬都尉馬爌任領侍衛内大臣，負責宮禁，英國公張元功總督京軍，定國公徐文壁掌五軍都督府，成國公朱應桢以錦衣親軍都指揮同知掌京師巡捕，加強宮城和京師的戒備。
同時将兩位公主接入宮内服侍朱載坖，太子仍歸文華殿處理政務，每三日到西苑來即可，一應政務由太子處理，除了西域戰事之外，其他的政務不必報知朱載坖。
朱載坖的生病使得朝廷的氣氛更加緊張，太子奉朱載坖上谕權同處分軍國事，第一件事情就是召集國務會議，要求各部院和地方衙門必須保持安定，誰要是在這個時候搞事情，就不要怪老朱家的刀快了，這點他們自然是很清楚的，還有兩件事情。
朱翊釴說道：“陛下在病中，對于西事仍舊是極爲關切的，各衙門務必要保證西域用兵之需同時督促西北諸将，奮勉出擊，以慰聖心。”
這點自然是極爲重要的，朱載坖即便是在病中，對于西北軍務也是極爲重視的，同時朱翊釴也很清楚，這是朱載坖現在最放心不下的事情，所以朱翊釴上來就重申這點，朱翊釴仍将繼續朱載坖的政策，支持朝廷經略西域，還要要求西域諸将加倍努力，以報答朱載坖，這點是極爲重要的。
除此之外，就是對于朱翊釴所推動的經濟改革措施，朱翊釴要求相關的衙門必須要嚴格落實，尤其是鹽政、海關等衙門，必須要嚴格執行朝廷的命令，廣東等地官府尤其是要注意，對于那些陽奉陰違或者是直接抵制的，要予以嚴懲。
朱翊釴再次以太子令旨的形式要求各府州縣嚴厲打擊高利貸，同時戶部和少府監分司要對于各地的錢莊、票号等金融機構嚴加管束，務必按照朝廷的命令執行，限制放貸利息，不允許高利害民，朱翊釴還下達了一道令旨，就是命令各省直布按二司和各府州縣衙門，不準随意打擊工場，或者是聯合地方豪強吞并這些工場，保護工場主的利益，鼓勵實業發展。
還要将地方的工業發展情況納入地方州縣正印的考成之中，對于發展經濟不力的官員，要一律予以罷黜，絕不寬貸。