洪承疇領命後，加大了對甯王與白蓮教勾結證據的收集力度。錦衣衛四處奔走，通過各種渠道收集人證、物證。

楊嗣昌則暗中聯系甯王身邊的一些門客，試圖以大義和利益勸說他們倒戈。他找到一位與甯王關系密切的幕僚，誠懇地說：“甯王此舉乃是謀逆大罪，必将禍及家人。你跟随甯王多年，難道要眼睜睜看着他走上這條不歸路？若你能提供有用情報，朝廷定會從輕發落。”

這位幕僚權衡利弊後，終于答應爲楊嗣昌提供情報。很快，楊嗣昌便得知了甯王與白蓮教計劃在中秋之夜發動叛亂的消息。

楊嗣昌趕忙進宮奏報：“陛下，大事不好。甯王與白蓮教計劃在中秋之夜，趁各地官員慶祝佳節、防範松懈之時，發動叛亂，他們打算先攻占幾個重要城鎮，然後以燎原之勢席卷全國。”

朱由檢目光如炬，說道：“來得好！孫愛卿，你即刻率領軍隊，在甯王封地附近設下埋伏，等他們一出動，便将其包圍。洪愛卿，将收集到的甯王與白蓮教勾結的證據整理好，準備在朝堂上公布。”

孫傳庭領命後，迅速率領軍隊奔赴甯王封地附近，精心布置埋伏。他對将士們說道：“此次任務關乎大明安危，大家務必保持警惕，聽從指揮，絕不能讓叛賊逃脫。”

中秋之夜，明月高懸。甯王與白蓮教果然按計劃發動叛亂，叛軍剛一出城，便陷入了孫傳庭布置的重重包圍之中。孫傳庭一聲令下：“殺！”明軍如猛虎下山，與叛軍展開激烈厮殺。

甯王萬萬沒想到自己的計劃竟已敗露，頓時亂了陣腳。白蓮教的教徒們雖拼死抵抗，但在訓練有素的明軍面前，漸漸力不從心。

經過一番激戰，叛軍死傷慘重，甯王和白蓮教的頭目皆被生擒。

孫傳庭将甯王等人押解回京，朱由檢在朝堂上怒視着甯王，喝道：“甯王，你身爲藩王，享受榮華富貴，爲何要與邪教勾結，意圖謀逆？”

甯王低着頭，不敢直視朱由檢，嗫嚅道：“陛下，臣一時糊塗，聽信了白蓮教的蠱惑，犯下大錯，求陛下饒命。”

朱由檢冷笑道：“饒命？你犯下如此重罪，天理難容！洪愛卿，将他們勾結的證據呈上來。”

洪承疇将收集到的證據一一呈上，朝堂上群臣一片嘩然。

朱由檢看着群臣，大聲說道：“諸位愛卿，甯王與白蓮教勾結，意圖謀逆，罪大惡極。朕決定，将甯王削藩奪爵，打入天牢，聽候發落。白蓮教一衆頭目，即刻斬首示衆，以儆效尤。”

處理完甯王之案後，朱由檢對洪承疇、楊嗣昌和孫傳庭說道：“此次事件，讓朕意識到朝廷内部可能還存在其他隐患。諸位愛卿，你們有何建議，以防止類似事件再次發生？”

洪承疇說道：“陛下，爲防止藩王勢力坐大，可進一步加強對藩王的監管，限制他們的權力，定期對藩王進行考核。”

楊嗣昌接着說：“陛下，還應加強對邪教的打擊力度，在全國範圍内開展清查行動，徹底根除白蓮教等邪教的殘餘勢力。”

孫傳庭說道：“陛下，軍隊的忠誠至關重要。我們要加強對軍隊的思想教育，确保軍隊始終效忠于陛下，成爲維護大明江山的堅實力量。”

朱由檢點頭說道：“就依諸位愛卿所言。洪愛卿負責制定藩王監管條例，楊愛卿組織全國範圍内的邪教清查行動，孫愛卿加強軍隊思想教育工作。朕希望通過這些舉措，讓大明江山永固，百姓安居樂業。”