1940年10月下旬，中共中央決定将皖南新四軍部隊轉移到長江以北地區，以局部的讓步來争取中間派的同情，緩和國民黨頑固派的攻勢，使自己站在有利的位置，迎接國民黨頑固派發動的第二次反共高潮。

中共中央在給項英等人的指示中，隻是從原則上和大的方向上對皖南新四軍的北移作了規定，至于新四軍是從繁昌、銅陵間渡江到無爲地區，或先移蘇南，再移蘇北，都沒有指定具體的北移路線，爲的是給皖南新四軍的領導人以自主權和臨機處置權，以便他們能夠根據實際情況和敵情變化決定部隊的行止。當時，可供皖南新四軍選擇的北移路線有三條：

第一條是經繁昌、銅陵地區渡江到無爲的路線。這條路線是溝通皖南新四軍軍部和江北部隊之間聯系的交通線，1938年11月，新四軍參謀長張雲逸率軍部特務營渡江至皖東就是走的這條路線。從新四軍軍部進駐皖南開始，軍部通過這條路線向江北部隊輸送了許多幹部和物資。葉挺軍長于1939年5月到江北視察，走的也是這條路線。這條路線的優點是路程較短，群衆基礎較好，沿途所經地區爲新四軍第三支隊和江北無爲遊擊縱隊的活動地區；缺點是需要經過五十餘華裏的敵占水網地帶，還得穿越長江敵僞封鎖線，不利于大部隊的行動。

第二條路線是由雲嶺向東經馬頭鎮、楊柳鋪、孫家埠、畢家橋、郎溪至竹箦橋、水西地區（蘇南指揮部所在地），再經蘇南敵占區北渡長江。這條路線是皖南軍部與蘇南部隊經常來往的一條路線。這條路線有利的方面是：路程也較短，沿途設有許多兵站，群衆基礎較好，同時蘇南我軍可以接應。不利的方面是，需要經過國民黨軍108師的防地，國民黨方面隻同意我非武裝人員據此線北移，而不同意我戰鬥部隊沿此線北移。1940年12月初，皖南新四軍後勤機關人員一千七百餘人即循此線輾轉北移經蘇南到蘇北地區。

第三條是由軍部駐地雲嶺南下茂林、三溪入旌德、甯國轉廣德、郎溪到溧陽渡江再到蘇北的路線。這條路線大緻上就是後來皖南新四軍移動的路線。這條路線群衆工作基礎薄弱，路程也比較遠，又是向國民黨的後方和重兵扼守的方向行動，在政治上、軍事上對我都很不利。但在國民黨同意我皖南新四軍部隊沿此路線北移以及國民黨頑固派尚未完成對我進行"圍殲"部署的情況下，隻要我軍行動迅速、堅決，由此路線勝利北移也是完全可能的。

開始，皖南新四軍是準備按往東和往北兩條路線轉移的。1940年11月27日，葉挺、項英緻電毛澤東、朱德："經我們多方研究與考慮，由蘇南北移路線，途中困難多，危險性較大，反不如由三支地區兼程北移皖北較利（僅有一道封鎖與長江），既時間經濟，又直接增援皖東。因此，我們決心将大批工作人員即刻化裝過封鎖與部分資材先經蘇南至蘇北，同時以迷惑各方，再以突擊方式，将部隊由現地區突過長江至皖北。"11月29日，中共中央複電項英："同意直接移皖東，分批渡江，一部分資材經蘇南。"同日，葉挺、項英緻電毛澤東、朱德并周恩來、葉劍英："我明天開始設兵站，由泾縣至竹箦橋與二支隊聯絡，即運動資材及工作人員。"同時表示"我們決心目前公開走蘇南，兵力留後結集，大部密渡皖北，一切完畢仍在年底。"中共中央很快就批準了這一行動方案，11月30日，毛澤東、朱德緻電葉挺、項英："你們二十九日的布置很對……現在開始移動，十二月底移完不算太遲"。在得到中共中央的同意後，從12月1日開始，項英、葉挺立即着手組織皖南部隊非戰鬥人員約二千人以及大批器材，在頑軍的嚴密監視下，分兩批經指定路線進入蘇南。

然而，當"1940年12月3日，我軍開始陸續出發，軍部所屬各部門人員和行李先行，軍部機關及一部分部隊，也于11日集中，待命出發。讵料顧祝同突然命令我軍改道，不準經蘇南敵後北渡，隻準從繁昌、銅陵渡江。"顧祝同之所以突然命令我軍改道，是因爲此時華中總指揮部發動了曹甸戰役。由于害怕皖南新四軍從蘇南過江與蘇北新四軍彙合後力量更加強大，對國民黨江蘇省主席韓德勤部構成更大的威脅，蔣介石在12月10日，密令顧祝同強令皖南新四軍改道北移。蔣介石在給顧祝同的電報中說："（一）查蘇北匪僞（指陳毅、粟裕部）不斷進攻韓部（指蘇北韓德勤），爲使該軍江南部隊，不緻參加對韓部之攻擊，應不準其由鎮江北渡，隻準其由江南原地北渡或由該長官另予以規定路線亦可。（二）該戰區對江南匪部，應按照前定計劃，妥爲部署，并準備如發現江北匪僞竟敢進攻興化或至限期（本年十二月卅一日止）該軍仍不遵命北渡，應立即将其解決，勿再寬容。"

1940年12月中旬，顧祝同秉承蔣介石的旨意，改變原來的承諾，強令皖南新四軍改道銅（陵）、繁（昌）間北渡。1941年1月3日，蔣介石緻電葉挺，指定新四軍的北移路線是："（一）該軍應在無爲附近地區集結，爾後沿巢縣、定遠、懷遠、渦河以東雎州之線，北渡黃河，遵照前令進入指定地區，沿途已令各軍掩護。（二）所請補給，俟到達指定地點，即行核發。"在此期間，國民黨桂系李品仙部三個師開入皖東地區，扣留交通器材，占領渡口，封鎖了我軍經繁、銅北渡長江到無爲地區的道路。同時國民黨重慶電台十分險惡地廣播了皖南新四軍将要北移的消息，企圖假日軍之手消滅新四軍。日軍聞訊立即增調第十五師團于繁、銅地區，并增派艦艇梭巡于長江之上，準備截擊我北移部隊。在這種情況下，我軍10000餘人的大部隊要跨越五十華裏的河網敵占區和長江封鎖線，勢必要遭到敵頑的夾擊，腹背受敵，進退失據。

鑒于繁、銅地區的嚴重敵情，1940年12月28日，項英主持召開了新四軍軍分會擴大會議，決定皖南新四軍繞道茂林、三溪、甯國、再迂回天目山到溧陽，然後待機北渡。會後，項英将這一行動方案電告中央。在尚未收到項英電報的時候，1940年12月30日，毛澤東、朱德緻電葉挺、項英："據恩來稱：‘江南部隊分地渡江有危險，皖北讓路，蔣雖口頭答應，但讓出巢、無、和、含四縣恐不易，李品仙已在布置襲擊我的陰謀，仍以分批走蘇南爲好‘等語。我們同意恩來意見，分批走蘇南爲好。"

1941年1月1日，項英緻電中共中央，報告皖南新四軍北移方案。1月3日中共中央在收到項英的電報後當即由毛澤東起草複項英電："你們全部堅決開蘇南，并立即出動，是完全正确的。"接到中共中央的複電，項英、葉挺于1月4日率軍南下茂林，開始按照上述方案行動。顯然，中共中央同意了新四軍軍分會（12月28日）擴大會議決定的北移行動方案。

l941年1月7日，毛澤東、朱德緻電葉挺、項英："你們在茂林不宜久留，隻要宣城、甯國一帶情況明了後，即宜東進，乘頑軍布署未就，突過其包圍線爲有利。"這個指示電更加明确地反映出，中共中央是知道并且同意繞道茂林、三溪、旌德、甯國、郎溪到蘇南然後渡江到蘇北的計劃的。說皖南新四軍的北移路線是項英個人決定的，是不符合曆史事實的，也是沒有曆史根據的。事實上，皖南新四軍的北移路線是葉挺同志根據黨中央的指示與國民黨第三戰區商定并經中共中央同意的路線。