當小智一行人踏入井底時，潮濕陰冷的空氣撲面而來，四周牆壁上爬滿了發光的苔藓，在黑暗中投下幽幽綠光。眼前的景象讓他們震驚不已——火箭隊竟然出現在這裏！武藏和小次郎正操縱着一台巨大的鑽探機，發出刺耳的轟鳴聲，而喵喵則在一旁指揮着幾隻機械手臂搬運礦石。
小智環顧四周，發現原本清澈的地下河已被染成墨色，河面上漂浮着死去的魚蝦；岩壁上珍貴的熒光水晶被粗暴地挖走，隻留下猙獰的坑洞；空氣中彌漫着刺鼻的化學藥劑味。他頓時恍然大悟：是你們破壞了周圍的生态環境，害得居民們被迫離開賴以生存的家園！
一位白發蒼蒼的老人拄着拐杖從陰影中走出，他的衣服上沾滿泥漿，臉上刻滿歲月的痕迹。老人憤怒地指着火箭隊：就是你們這群家夥！我們鎮上的水資源全被你們毀掉了！他顫抖着舉起一個破舊的陶罐，裏面盛着渾濁的液體，看啊！這是我們世代飲用的聖泉，現在卻變成了毒藥！老人聲音哽咽，你們知道自己犯下了多麽不可饒恕的錯誤嗎？這片地下生态維系着整個城鎮的命脈啊！
我們是穿梭于宇宙的火箭隊！白色的明天在等着我們！喵~武藏和小次郎機械地擺出标志性姿勢，但眼神明顯有些飄忽。喵喵也配合地喊道，卻忍不住打了個噴嚏——這裏的空氣讓它渾身不舒服。
夠了！小智忍無可忍地打斷他們，皮卡丘也憤怒地豎起尾巴，電光在臉頰閃爍。你們這次真的太過分了！他的拳頭不自覺地握緊，指甲深深掐進掌心。小剛和小霞也面色凝重地站到他身旁，就連一向溫和的波克比都露出了罕見的怒容。
喵喵突然察覺到異樣，它敏銳的鼻子捕捉到了一絲不尋常的氣息：喵？怎麽感覺今天老爺爺特别生氣？該不會我們真的破壞了什麽重要的東西吧？它不安地搓着爪子，想起剛才在挖掘時看到的那些刻着古老符文的石碑。
小次郎也惴惴不安地低聲說：我...我也覺得事情好像不太對勁...他瞥見角落裏堆積如山的變異蘑菇，那些本該是藍色的菌蓋現在卻泛着詭異的紫色光芒。武藏雖然強裝鎮定，但額頭已經滲出冷汗——她注意到岩縫中滲出的不再是清水，而是散發着硫磺味的黑色液體。
與此同時，在陰暗的角落裏，一個披着黑袍的神秘人影冷笑着，他蒼白的手指撫摸着牆上那些被破壞的古老符文：這三個蠢貨倒是幫了我大忙。他陰鸷的目光注視着遠方，嘴角扭曲成可怕的弧度，他們根本不知道，那台鑽頭機意外破壞了一個關鍵裝置...随着他的低語，袖中爬出一條通體漆黑的阿柏蛇，吐着猩紅的信子。
渾濁的黑水中，一隻通體漆黑的呆呆獸緩緩浮出水面，它呆滞的眼神中閃爍着詭異的光芒。更可怕的是，它的尾巴尖端竟然開始結晶化，散發出妖異的紫黑色光芒。水下深處，更多變異的黑影正在蠢蠢欲動...
就在火箭隊與小智一行人劍拔弩張之際，整個洞穴突然劇烈震顫起來。岩壁上的碎石簌簌落下，一道漆黑的激流如同毒蛇般從暗處襲來，同時無數碎石如暴雨般從天而降，在昏暗的洞穴中激起一片煙塵。
哎喲喂！火箭隊三人被突如其來的沖擊波狠狠撞在岩壁上，發出痛苦的哀嚎。武藏揉着發痛的肩膀，粉色長發上沾滿灰塵，她怒目圓睜地喝道：哪個不長眼的敢偷襲我們火箭隊？小次郎踉跄着從碎石堆中爬起，原本整潔的制服已經破了幾道口子，滿臉塵土顯得格外狼狽。喵喵則被埋在碎石下，隻露出一條不停抽搐的尾巴。
陰影中，地面開始詭異地扭曲變形。一隻通體漆黑的呆呆獸緩緩現身，它周身纏繞着不祥的黑霧，猩紅的眼眸如同兩盞鬼火般閃爍着危險的光芒。更令人毛骨悚然的是，它竟然口吐人言：你們身上...有他們的氣息。它的聲音如同砂紙摩擦般沙啞刺耳，每個字都像是從地獄深處傳來，看來封印已經松動了。當它陰冷的目光落在小智身上時，瞳孔驟然收縮成針尖大小：這一世的神之子？遠古預言果然應驗了...最後一位神之繼承者。
他們和那個家夥是一夥的！小剛神色凝重地低聲道，額頭滲出細密的汗珠。他敏銳地注意到這隻寶可夢身上散發出的黑暗能量遠超尋常。小霞緊張地攥緊了拳頭，藍色馬尾不安地晃動着：情況不妙，黑暗寶可夢遠比普通寶可夢更難對付。皮卡丘，你還好嗎？皮卡丘警惕地豎起耳朵，臉頰上的電囊閃爍着不安的電光。
讓我來！小霞毫不猶豫地擲出精靈球，随着一道耀眼的光芒劃破黑暗，傳說中的海之神洛奇亞展翅現身。它潔白的羽翼在黑暗中熠熠生輝，神聖的氣息瞬間驅散了部分黑暗能量。旁觀的老人震驚得踉跄後退，差點被腳下的碎石絆倒：這、這是...傳說中的寶可夢？！這些孩子究竟是什麽人？他的聲音因爲過度震驚而顫抖不已。
黑暗呆呆獸發出刺耳的笑聲，那笑聲如同玻璃碎裂般令人毛骨悚然：有意思...就讓我領教下神之後裔的實力吧！它突然張開血盆大口，一道夾雜着紫色閃電的黑暗能量波噴湧而出，所過之處的地面都被腐蝕出焦黑的痕迹。
洛奇亞，使用龍之尾！小霞清脆的指令在洞穴中回蕩。洛奇亞發出一聲清越的長鳴，閃耀着青光的尾巴如同天神的利劍般劈開黑暗。兩股力量在半空中激烈碰撞，爆發出震耳欲聾的轟鳴聲。令人震驚的是，洛奇亞的力量竟将對方的攻擊原封不動地反彈回去，黑暗能量波以更猛烈的勢頭襲向呆呆獸。
就在這千鈞一發之際，黑暗呆呆獸的身形突然扭曲變形，化作一團黑霧消散在空氣中，隻留下它陰森的回音在洞穴中回蕩：這隻是個開始...當黑暗降臨之時，我們還會再見的...