相傳有一界名叫忍界，此界的人叫做忍者，他們修忍術，做着上級布置下的任務。可是把時間在往前倒退，我們隻會看到兩個人，一個叫輝夜姬，另一個就是衆人所知的六道仙人。
很少有人知道那個時代發生了什麽，但這并不代表沒有人知曉。輝夜姬偷食聖果，體内出現了查克拉，她從此擁有了絕對實力。她觊觎着整個忍界。因爲她有這個資格。可是，她那個傻傻的兒子即六道仙人不同意。六道仙人渴望一個和平的忍界。所以，結果很明顯，有這樣兒子不打一頓是不行的。這對母子進行了殘酷的一次戰鬥。當然衆人都知道六道仙人赢了，封印輝夜，分割十尾，開創忍道，沒有他就沒有如今這個忍界。可是，如今的忍界真的和平嗎？
在天空的東北角，一層層的雲被染成了紅色。這不是火燒雲，因爲這不像火的顔色，到有了幾分血的味道。自古道：天有異象，必有亂事。
幽靜的竹林裏，陣陣風吹過，吹起一片片竹葉，像蝴蝶一般慢慢的落到了地上。一個神秘人身着黑衣，單腳站在一根竹子的頂部，目光停留在空中，看着那非同尋常的雲，嘴裏嘀咕着：“看這天象，第十七世要出現了。前幾日用十四世的六和之術算了一卦，卦象顯示此子弱的明顯，卻又強的厲害，這是什麽意思？隻能走一步算一步。”忽然間，風變大了，神秘人大呼不好，身子一抖，匆匆忙忙地去了東北方。
天花闆上滲着一滴滴的水，落到地上，發出叮咚的聲音。藥師兜緩緩地打開鐵門，低頭走進：“大蛇丸大人，您的實驗進行的如何了？”嘶啞的聲音在房間中突兀地出現了，：“隻差最後一步，你去看看我帶回來的兩個宇智波一族的小孩，千萬不要出現差錯！”兜轉身離開了。
宇智波元閉着雙眼泡在一個透明的容器當中，綠色的顔色，就是傻子也明白，這是藥水。在他模糊的意識裏，突然出現了一個身影。“小子，看你我有緣，而且你快要死了，我就來幫幫你吧。你身上的柱間細胞我沒有辦法，但我依然可以送你三樣禮物。一：幫你打開寫輪眼。二：助你脫困。三：教你豪火球之術。你且記好。”僅僅半柱香的時間，這個神秘的身影消失的無影無蹤。宇智波元很想知道是誰給他的這場造化，可惜太快了，來的快，走的更快。元睜開了閉了許久的眼睛。可是一切都變了，那妖豔的紅色，那奪人心神的三勾玉，那讓人無法直視，仿佛可以看透一切的眼神，這就是整個忍界都夢寐以求的，宇智波家族的标志——寫輪眼！
在宇智波元震驚自己的眼睛時，“嘭”的一聲。響聲回蕩在整個地下室。兜大吃一驚，迅速地趕往聲音的發源地，他隐隐的感覺會有不好的事情發生。
宇智波元的腦袋暈暈的，晃着腦袋從地上爬了起來，拿起地上的鐵棍對另一個容器重重敲去。又是一聲“嘭”。又是一個小孩躺在了地上，宇智波元不是傻子，他知道要快點逃出去，他也明白多帶上一個人對自己來說有多危險，可是他不會一個人離開。那是宇智波元的玩伴，叫做宇智波木汜。那是小時候自己被人欺負時唯一一個肯替自己出頭的人。有多少人是能夠讓理性來駕馭情感的呢？很少很少。宇智波元也不例外，而且他知道，如果醒來的那個不是自己，而是宇智波木汜，他也會做出相同的選擇。所以，宇智波元連忙把木汜放到了背上，趕緊跑。。。
自從兜聽到了第二聲“嘭”時，他就知道不好了。所以他一次次的加速，他要去知道到底發生了什麽。燈光一閃一閃，宇智波元的心也在狂跳中。他知道等下肯定會有一場戰鬥，可是自己手中無任何兵器，這是絕對不可以的。他依稀記得小時候父親用了宇智波一族的秘術，把一把匕首藏進了自己的右臂。時間不等人，宇智波元一遍遍的搜索記憶。宇智波元笑了笑，左手單手施展起了結印，一連串地打出了五個奇怪的結印，左手猛地往右臂一拍，一把黑色的短小苦無漂浮在了空中，宇智波元左手一拿，用了自己剩餘的所有力氣奪門而走。還是堅守着一個宗旨：趕緊跑。。。。。
宇智波元急速地奔馳在曲折的道路上，若是有其他忍者看到，他們肯定會驚奇，因爲宇智波元現在的速度實在太快了。快到了哪種程度？想想藥師兜現在還沒追上來就很清楚了。藥師兜先去了聲音最先傳出的地方，當他看到兩個破碎的容器時，他驚呆了。最重要的是，跑了人就算了，可是逃跑的恰恰是大蛇丸千叮咛萬囑咐要看管好的兩個宇智波小孩。
這個地下室很冷，應該是大蛇丸爲了冷藏一些屍體所用。因爲在宇智波元疾馳的路上，四處可見缺胳膊斷腿的人，甚至有些人的頭都不在了，還有一些眼球脫落的人，怎一個惡心了得。再怎麽說，宇智波元還是一個小孩啊，看到這些惡心的東西，腹中早已翻江倒海了，但爲了生命，爲了活下去，他沒有資格倒下，甚至連嘔吐的機會都沒有。忍界就是如此的殘酷！
他要逃離這個惡心的地方，他不想和那些死人一樣，一樣的結局。他也有夢想，他渴望站在忍界的巅峰，他要成爲最強者。他要成爲合格的下忍，良好的中忍，優秀的上忍，然後成爲火影。所以他不想留在黑暗之中，他必須走，他要抓住一切機會，抓住一絲光明。
藥師兜必須去追回那兩個小孩，可是出乎他意料的是，宇智波元實在太快了，自己竟然追不上，直到現在也沒有。不過讓人欣慰的是，距離終于被一點點拉進了。可是藥師兜還是佩服宇智波元，因爲他身上還有一個昏迷的宇智波木汜。真想知道宇智波元是怎麽做到的。别人不知道，但宇智波元清楚，簡單地說就是爲了活下去。這可以算是一種信仰的力量。
藥師兜明白了如今的任務：不惜一切代價，抓他們回去！
宇智波元與宇智波木汜被帶回來時其實是清醒的，所以，宇智波元特地記下了出去的路線。大蛇丸也知道他們記下了回去的路，但是他認爲那是沒有必要的。因爲從來沒有一個人從這裏逃出去過，任何人都不例外。可是，這次出了些意外，宇智波元與宇智波木汜好像快逃出去了。可是自己又受困于實驗，無法出去阻攔，看來隻能靠兜了。
宇智波元憑借自己驚人的記憶力，找到了出口，宇智波元放下宇智波木汜，飛身一踢，大門踏了。可是那又如何，從陣陣傳來的腳步聲就可以知道，藥師兜已經不遠了。宇智波再一次背起宇智波木汜，沖出了大門。
“别想跑，你們走不了！”藥師兜終于趕上了。
宇智波元默默地轉了過去，盯着藥師兜，：“是嗎？”藥師兜發出了嘲笑聲，伸出自己的食指，指着宇智波元，輕蔑的說：“你能奈我何？”宇智波元擡起了自己的雙手，纖細的手指好像是女人的一般，雙手快速施展結印。藥師兜看在眼裏，奇在心中，這麽小的人竟然可以施展忍術，隻能用逆天二字來形容了。當然這種人并不是沒有，現在木葉忍者村的旗木卡卡西已經可以使出雷遁——千鳥了。
宇智波元施展了自己人生中的第一個忍術，也就是那個神秘人教的忍術：火遁——豪火球之術。當然宇智波元不傻，他不會等着看藥師兜的反應，着不關自己的事，重點還是一個字：跑。宇智波元轉身離去，他要回到木葉忍者村，隻有去了那裏，隻有回到自己的村子才算真正的安全。現在他隻是逃離了大蛇丸的地下室罷了，而且還會有藥師兜的追捕，會不會重新回去也說不定。所以，宇智波元跑的更快了。
藥師兜看着迎面而來的火球，雙手也有模有樣的施展起了結印，時間算的非常準，在火球離自己一米遠的時候，結印結束了，空中一念：水遁——大瀑布之術。水像瀑布一樣傾倒了下來，擋住了火球，水火相碰，升起了一陣煙霧。宇智波元看上去确實逃脫了大蛇丸的基地，可是，宇智波元遠遠沒有安全，因爲後面還有一隻老鷹在注視着自己，自己就像他的獵物一般，沒到手就絕不放棄。可是，宇智波元有何嘗不是，沒有死就永不言敗。如果真的到了死亡關頭，自己這隻兔子難道就做不到兔子蹬鷹嗎？正所謂：一切皆有可能！
宇智波元氣喘籲籲的跑在路上，累，非常累，真的想倒下，可是又不可以，跑，繼續往前跑，隻是他沒有發現，其實距離又一次被拉大了，也許真的可以逃脫。