天啓二年(1622)六月，荷蘭人第二次占領澎湖，不斷向明朝要脅通商，在雙方陸續展開的談判中，明人已提議荷蘭人退出澎湖遷往台灣來交換通商，據英國東印度公司檔案1923年2月23日由Bat**ia寄呈董事會之信件稱：「中國使節向荷蘭人提議：荷蘭人如願放棄澎湖群島。而遷往台灣，則可準其通商；該公使亦曾向我方提議，如我方願往台灣，亦可同樣通商」，但荷蘭人因已在澎湖辛苦打下根基，不肯退讓，福建巡撫南居益乃上奏驅荷，於天啓四年(1624)正月開始進攻澎湖，以兵船兩百艘，擁衆萬人之勢對付隻有軍艦十三艘，軍隊九百馀名的荷蘭人卻仍屢攻不下，鏖戰八個月後，明朝因已支出軍費十七萬七千馀兩，造成财政困難，而荷蘭亦面臨孤立無援的窘境，經和談後，荷蘭人撤至台灣，結束這場戰役，從而留下最先在台灣建立政府組織的是荷蘭人的史實。

關於這段曆史，不少學者慨歎明人的颟顸無知，讓荷蘭人擁有先占台灣的機會而不自知，但大都語焉不詳，或略而不談，據我手上現有資料，以陳水源着【台灣曆史的軌迹】論述最詳細，於該書p106、p134引用【巴達維亞城日記】及p86引用肯貝爾Campbell【荷蘭人在福爾摩薩Formosa　under　the　Dutch】，其中【巴城日記】的資料尤爲可信。此外林子侯所撰【台灣涉外關系史】亦頗詳盡，值得叁考。

【巴達維亞城日記】紀錄當時由海寇李旦居中協調，達成退軍的條件是：

(一)　荷蘭從澎湖島撤離

(二)　明朝對荷蘭占領台灣不表異議

(三)　保障荷蘭與中國通商

中國的文獻雖然都隻提到荷人撤軍是南居益力戰之功，但也留下默許荷軍占領台灣的蜘絲馬迹，顧祖禹【讀史方輿記要】卷九十九提到「總兵俞咨臯者，用間移紅夷於北港(台灣别名)，乃複得澎湖」說明雙方約以荷蘭如放棄澎湖，則明朝對其占領台灣不表異議。

此舉反映出明人經長期閉關自守、實施海禁之後，不了解國際情勢的轉變，心目中仍隻有澎湖，認爲台灣既然不在版圖之内，被荷蘭人先占了也無關緊要。