且說燃燈了卻倉颉之事後，便離開了，繼續四處遊曆。
造字乃是大功德，倉颉的事情，很快就被神農知道，想到自己的丹葯之學得以流傳，神農欣喜非常，就親自跑到有熊部落，與倉颉說那編書一事。神農爲人皇，地位無比尊貴，且編輯草綱，乃是利民大業，倉颉如何不允？當下立馬答應将編寫百草經，及諸多煉丹之法。
軒轅聽是人皇到來，倒是不敢怠慢，連忙出來相見。
兩人想聊一陣後，神農頓時發現軒轅才學驚人，治理之道更勝于他，當下不由得見獵心喜，隐隐約約的透露出想将人皇之位傳給他的意向。軒轅自拜廣成子爲師後，學的就是戰陣治理之道，且頗有野心，此時聽到神農有傳位于他的意向，欣喜非常，便不再隐藏，将自身的才華展露出來。
神農見軒轅才華越高，就越對他滿意，眼裏盡是贊賞之色。
且說神農一心負責草葯，那青丘山近日市場有巫門遺族作亂，聽訞心系本族，便回了青丘山，原本聽訞想帶精衛回去，但精衛堅持要等神農，聽訞想這人皇之所，不會有人來搗亂，精衛留在這裏也很放心，也不在意，就獨自走了回去。
聽訞走了以後，精衛等了數日，不見神農回來，獨自一人頗爲孤單無聊，就打算出去遊玩。
想精衛平時非常乖巧聽話，要出去遊玩，倒也沒有太多人阻止，很快就有在兩個成人的陪同下，往外跑去。日子久了，衆人見精衛沒有跑多遠，也就放心了，沒有在派人跟着她。這日，精衛獨自一人來到海邊，見到一葉小舟，覺得好玩，就跑了上去，玩耍起來。
且說精衛在海上玩耍之時，大海突然一陣翻騰滾湧，一條小龍飛了出來，對着精衛怒斥道：“哪裏來的小孩，竟敢在龍宮之上遊玩！”
“我叫精衛，父親乃是當今人皇，我在海上遊玩，你又是誰？”精衛雖然人小，但此時卻顯示出與她身形不符的膽量來。
“我乃東海龍宮三太子敖丙，你在龍宮之上遊玩，分明是不将我水族放在眼裏，如今還敢頂撞，莫非想死不成？”敖丙身爲龍王三太子，平素多少有些眼高于頂，雖然活了數百年，但是心智并不怎麽成熟，如今一個小孩子都敢頂撞他，讓他十分震怒！
“哼，不能玩就不能玩，我到别處去！”精衛劃着小舟，往其他地方遊去。
“豈有此理！”敖丙聞言大怒，伸手引來吹來一股飓風，将小舟吹到半空之上，随後再出現一波大浪，将小舟吞沒。待海上恢複了平靜後，敖丙突然想起神農乃聖人之徒，如今他将人皇的女兒給淹死了，恐怕是闖下大禍，左右一看無人，也不敢停留，連忙鑽進海裏，隻留下一葉小舟，上面躺着精衛的屍體。
日光降落，黑夜之中，一束光線從天而降，照在精衛的屍體之上。
外出尋找精衛的人，很快就依照這條光線，找到了精衛的屍身。見到人皇之女死去，紛紛大驚失色。這時，上天降下紫罡之氣，又有濃厚靈氣從四面八方湧來，不停的往精衛的身體湧去，精衛得了紫罡靈氣，身形逐漸改變，最後化作一隻半人高的鳥。
“精衛，到底是誰将你害成這樣？”衆人雖然被精衛的變化給驚呆了，但在這仙神滿地飛的時代，看到一些神奇的事情，也不會吓得四散奔逃，精衛變成這個樣子，衆人還是敢來詢問。
巨鳥看着衆人，哀鳴幾聲，随即振動翅膀，到路上抓起一塊巨石，往海裏扔去。見衆人不解其意，精衛繼續抓一巨石，往海裏扔去，衆人勸精衛回去，精衛搖頭表示不肯，隻是飛到陸地，抓取石頭就往海裏扔去，就這樣不停的重複着。
這時，那立于虛空之上的燃燈，緩緩的将乾坤頂收了起來，看着不停投石的精衛，說道：“天道無常，總不能事事如意，我來之時，你已被毀。那敖丙氣數未盡，非我所能殺的。如今能做的，就隻這般。且先委屈你一些時日，待敖丙被殺之時，我自會讓你一家團聚，不在分離。”
…
再說神農歸來之時，正好聽到精衛已經死去的消息，聽訞知道了此事以後，責怪神農沒有将精衛照顧好，就賭氣回了青丘山。
神農心中有愧，精衛之死，又讓他有些心灰意冷，便召集衆人，決定退位。衆人連忙勸阻，神農止住衆人，就開口道：“有熊部落的族長軒轅，有大才，人族大興，如今土德見長，可讓他來繼任，正好符合我人族發展之道。”
衆人聽了，自然不同意。
但神農堅持退位，最後雙方達成協議，讓軒轅上來試試看，如果能讓他們滿意，就讓軒轅即位。于是，軒轅便出現在衆人的視野。随後不久，軒轅以極好的表現，赢得了所有人的認同，很快便成就正式即位了，神農将百草綱和丹葯之術傳下來後，便離開了。
神農天天護着那精衛鳥，開始東奔西走…
再說軒轅即位後，總結神農氏炎帝時代的農業生産經驗，祭祀天地百神，劃野分州，計田設井，教民因時播種五谷蔬菜，馴養畜禽。軒轅和他的臣下，有很多發明創造。傳說他命大撓制定天幹地支，用來計算年月日，從此中國有了年月日的計算，後人稱之爲“黃帝曆”或者“黃曆。”
而後，軒轅又命容成制作蓋天（渾天儀之類），觀察天象；使羲和占日，常儀占月，臾區占星宿；命隸首作算數，制定度量衡之制，用來計量物之輕重、長短、多寡；命倉颉完善文字；命甯封爲陶正，制作釜、甑、碗、碟，進一步完備人們的飲食器物；命赤将爲木正，共鼓、揮作弓，夷牟作矢，雍父作杵、臼；
繼承發揚伏羲所傳的音樂之道，命伶倫定律呂，将竹管截成十二個長短不同的竹段，按照聲音的高下清濁分爲十二個音階，制成各種樂器；命榮猨鑄十二鍾，以和五音；命元妃嫘祖教民養蠶制絲，供作衣料；伯餘制作衣裳和鞋子。
軒轅自己作冕垂旒充纩，定玄衣黃裳，于是衮冕衣服之制興。興建築宮室，以避寒暑。與岐伯、雷公探讨醫葯之學，将神農所留之術發揚廣大。命俞跗、岐伯、雷公察明堂，究息脈；巫彭、桐君處方餌，防治疾病。
至此，人族又一次飛躍，神農讓位之事，頓時成一段佳話。
軒轅爲帝，是土德，土爲黃色，故名黃帝。但三皇五帝未齊，人族尚未圓滿，劫難自然要來。
那在偏遠之地的九黎部落的強者蚩尤，覺得部落的生活太過清苦，人族弱小能占得福地，心裏實在不平衡，最後忍耐不住爆發了，率領九黎族，在東方大肆征讨！