當方臘又與陳箍桶、方肥等摩尼教首領迅速集結藏匿于幫源洞附近的教衆，揮軍往外沖殺的過程中，先後遭遇吳玠、王淵等西軍軍将率部截殺，慘烈突圍一番，兵馬損失慘重。終于在重重禁軍的圍剿堵殺之下，于江南率領摩尼教衆揭竿而起的方臘，卻是爲忠州防禦使辛興宗麾下兵馬所俘虜，連同教中幾員首領人物也盡被生擒活拿。這些時日于幫源洞附近圍剿與反圍剿的戰事之中，被殺的摩尼教徒便達七萬之衆。
至于另外一個棄守潤州，率軍走海路南下的摩尼教首領呂師囊，他又轉戰東南地域侵州奪縣，可是卻在征讨官軍調撥部曲前去征讨之際，于石峽口被宋将姚平仲所部禁軍擊敗，随後呂師囊又與幾股摩尼教餘部會合奔逃，卻被宋軍折可存所部人馬追擊至黃岩縣斷頭山一帶，呂師囊據險堅守數日，卻被宋軍迂回包抄，從高處奇襲殺至，呂師囊所部教衆被殺得潰散奔逃，折可存與所部骁将楊震身披重铠、冒矢突陣，力戰過後生擒呂師囊，其麾下殘存的江南十二神頭領也盡皆被殺。
方臘連同其宗族家眷也被押往東京汴梁問罪發落，自然也免不得以造反大罪身遭剮刑而被處死，轟轟烈烈的江南摩尼教起義，至此終以失敗而告終。
宋軍馬步軍各部并着軍中招讨使臣傳下軍令，教把生擒到賊徒僞官等衆，其餘從賊，都就當地市曹斬首施行。招讨衆官，又都在睦州治所設太平宴，慶賀衆将官僚，賞勞三軍将校，傳令教先鋒頭目，收拾朝京，軍令傳下，各各準備行裝，陸續登程。
連同征讨大軍主帥童貫在内，本來是前至江南征剿摩尼教各部宋軍将官期盼赴京返朝，俱受論功封賞的時期，可是在睦州清溪縣郊外，卻又發生了一樁變故。
原來在當地縣城之外有處瓦窯住着個喚作王嬌嬌的倡妓，而那處瓦窯所屬的村坊社老（村社領袖之意）舉報說有個名爲杜微的摩尼教賊首曾私訪王嬌嬌，倒也不是要藏匿躲避，而是索要來當初他私養王嬌嬌這倡妓時于瓦窯内所存放的錢帛，隻說如今摩尼教聖公方臘雖然兵敗被擒，可他與幾個兄弟另有要務要逃離江南，是以前來取盤纏上路。而那社老當即報官，立刻也有搜捕摩尼教餘孽的官軍大加搜捕，倒也真在清溪縣以東十餘裏開外的地界追查到幾個形迹可疑的男女。
當時雙方厮殺了一番，而那幾個賊人也是各個武藝高超，前去搜捕的官軍本來抵敵不得，索性厮殺過一番過後，終于又有千餘兵馬前去馳援。終于殺了兩個負隅頑抗的賊人，隻是餘者仍要逃遁而去。
睦州府衙核實在逃罪犯真身，傳喚被擒拿住的摩尼教徒前去指認殺死的那兩個賊人身份，當即也有人供出，當時殿後力戰，端的悍猛，隻是最終仍是身陷于重重圍堵之中被亂刃所殺的，乃是摩尼教中另一員首領人物司行方。
至于另外一個戰死的在逃摩尼教頭領，竟然是反賊寇首方臘的另一子方天定。
睦州知府、官軍招讨使乃至諸部征讨官軍主帥童貫聞報大驚，立刻又疊成文案，發出海捕急遞的文書，差諸州府衙公人杖限緝捕在逃反賊正身，調動争來做太平宴慶賀的衆将官僚，也點撥所部人馬追拿在逃的摩尼教餘孽。
隻不過當時已經延誤了幾日的功夫，那幾個疑似反賊寇首方臘的家眷心腹的男女如石沉大海一般杳無音訊。幾日過後，福建路武夷山、溫州白雲山兩處卻也有大批人員分批至海濱，乘船渡海，走水路往北而去......
但凡是受命前來征剿江南摩尼教的邊庭西軍諸部，根據大小戰功，各将傳報至汴京朝中表奏。期間除了童貫曾召喚屢立戰功的西軍小太尉姚平仲，兩人之間怕是又生出些不足爲外人道的龌蹉來，對于宋江所部兵馬又是當賞當罰，朝廷那邊似乎也很難有個定論。
比起辜負皇恩，如今嘯聚諸路反軍與朝廷對抗的綠林數山共主蕭唐，宋江已是顯得微不足道，也不足以引起朝中權奸的猜忌。可是朝中除了宿元景等臣子，對于與這等受朝廷招安的綠林強寇同朝爲官也都深感厭惡。前番戰事數度慘敗于蕭唐，如今調撥至江南平定摩尼教匪亂本就是戴罪立功，可是宋江率麾下兵馬未曾截擊住摩尼教中的首腦人物呂師囊，可是也的确竭力死戰，所部兵馬也傷亡慘重......
本來宋江也不過隻被授了挂名的偏師先鋒之職，也無升受品爵，麾下一中頭領弟兄，也俱各白身之士。如今也無高俅等權奸從中作梗，挑撥陷害，朝中就連趙佶也念道若是升賞宋江，與理不符，可是若追究他戰敗之責吧......梁山受招安的這一夥的确是死戰蕭唐、收剿江南，多負勞苦，這才損折大半，若是降罪并罰，似乎也顯不出皇恩體恤。然而就在這段期間，宋江卻似是笃定了心思，在班師返赴汴京之時寫奏上表，向官家報奏：
伏念臣江等愚拙庸才，孤陋俗吏，往犯無涯之罪，幸蒙莫大之恩。高天厚地豈能酬，粉骨碎身何足報！股肱竭力，離水泊以除邪；兄弟同心，全忠秉義，護國保民。京東路鏖戰蕭唐賊軍，揚子江力阻摩尼教衆，雖竭力效死，怎奈屢嘗敗績，覆軍殺将，羞于表奏微功上達，奈緣痛失兄弟手足.....臣江日夕憂懷，旦暮悲怆，伏望天恩，俯賜聖鑒，使已殁者皆蒙恩澤，在生者得庇洪休。謹錄存殁人數，随表上以聞。臣江乞歸田野，願作農民，實陛下仁育之賜。臣江等不勝戰悚之至！
宋江如此上奏，倒也教趙佶想通了如何安置他麾下殘餘頭領的方式。那些生還而受朝廷招安的頭領，若是各授名爵，教子孫者，承襲官爵，或是敕賜立廟，所在享祭也不必再想了，趙佶遂朱筆一揮，批複奏書，傳谕道：宋江等部下，但凡殁于王事者，朕命各墳加封，不沒其功。而宋江糾集賊黨雖犯罪惡，自有所由，亦有引部歸順、棄暗投明之功，朕察其衷情，也感憐憫。自招安後引軍諸般戰事功過相抵，聖恩優恤，赦免本罪，賜金銀二百兩、錦緞十表裏，其餘正副将佐，各賜金銀百兩、彩緞五表裏，餘部軍卒，賜錢五十貫、絹十匹，各令回鄉，爲民當差......
換而言之，朝廷的意思就是告訴宋江你麾下那些爲國戰死的頭領，自會許他們一個名分，至于你們這些生還的，當官是再沒指望了，許以你們一些封賞過後，各回各家、複爲良民，以爲也莫要再做綠林嘯聚，與朝廷作對的大罪了。
宋江在得了官家的降旨批複過後，心中也是蹉歎感慨，與麾下兵馬迤逦行至汴京之日，卻正是就此散夥返鄉，解甲歸田的時日。離别之日，宋江與追随在他左右僅剩的幾個兄弟大醉一場，次日便與宋清、李逵兩個挑擔禦物、行李、衣裝、賞賜，離了東京，也算是衣錦還鄉，離了京師，回歸故裏。
隻不過京東路濟州郓城縣宋家村，距離水泊梁山甚是鄰近，宋江畢竟是與蕭唐做過對頭彼此厮殺鏖戰過的。就算蕭唐不來尋他，隻怕宋江也會顧慮到梁山泊未必不會有人要與他算算舊賬，遮莫也要變賣家産，搬遷至其它去處安住了。
除了李逵仍舊追随在宋江身邊甘願做一幫閑，至于吳用、戴宗、董平、杜壆、朱富等人被赦免原罪之後，散落各處，暫時不知所蹤。
當方臘統領的江南摩尼教起義仍是以覆滅告終，而朝廷對于宋江算是不賞不罰，遣散了他麾下殘餘頭領、兵馬的消息傳到了京東路水泊梁山這邊時，蕭唐一時有感，也是喟然歎道：“時人苦把功名戀，隻怕功名不到頭...而宋江并沒有得擢升封賞，卻要反遭朝中權奸記恨猜忌......昔日江湖是非皆成了過眼雲煙，實則對于他而言，這也算得上是一個更好的歸宿了吧？”