“今天是曆史性的一天，今天将會被永遠記住。很多年以後，年輕人将會用崇敬和好奇來詢問今天發生的一切。今天是曆史性的一天，并且你們就是其中的一部分。六百年前，歐洲黑死病流行，猶太人被指是病源，當時的波蘭國王卡西米大帝（Casimir。The。Great）允許猶太人來到克拉科夫。于是，他們來了，舉家遷到這座城市，并在這裏定居和發展起來。在商業、科學、教育和藝術等等領域都取得了非凡的成就，沒有他們——猶太人，也就沒有克拉科夫的繁榮。六百年以來，猶太人占據着克拉科夫！然而，這一切，會在今天夜裏成爲謠言并終結，就像從未發生過。所以，今天是曆史性的一天！”
1943年三月十三日，阿蒙站在德國軍隊面前，動員着所有士兵的積極性，開始屠殺猶太人。
随後，德國軍隊正式開始轉移猶太人離開克拉科夫前往普拉紹夫集中營，所有猶太人都不能幸免，即使是辛德勒手下的工人們，包括斯泰恩，都必須轉移。在轉移過程中，猶太人遭到了慘絕人寰的大屠殺，黨衛軍開着軍車帶着成群的狼狗進入隔都，沒收了猶太人的所有财産，将所有猶太人都驅趕到了廣場之上，進行簡單粗暴的等級區分，醫院裏的老弱病殘全部槍殺、沒有工作證的全部槍殺、進行反抗的全部槍殺、在街頭流竄的全部槍殺……
克拉科夫隔都這區區的十六條街區裏一片肅殺之氣，每一個猶太人都如同驚弓之鳥，命懸一線的危機讓他們瑟瑟發抖，即使躲藏在地窖裏、下水道裏、暗室裏，也都會被刮地皮一般搜索的黨衛軍找出來，然後毫不猶豫地槍斃。生命在這一刻就如同一張紙，沒有任何意義，一記記槍響讓隔都成爲了活生生的地獄，腥風血雨、不忍直視。
和情婦騎馬歸來的辛德勒在小山坡停下了腳步，他親眼目睹了這慘絕人寰的一幕，所謂的深淵地獄也比不上如此近距離的視覺沖擊所帶來的心靈震撼，那是一個個鮮活的生命，卻比畜生都不如，就這樣被簡單粗暴地決定了生死，黨衛軍甚至沒有任何的思考，一念之間就有生命消散在陰郁寒冷的冬天裏，甚至有許多軍人以殺人取樂。猶太人的鮮血将隔都簡陋的街區染紅，但看在黨衛軍眼中卻隻是一副色彩斑斓的油畫。
在那一片灰暗的黑白之中，辛德勒看到了一個穿着紅色外套的小姑娘，跟随着被驅逐的隊伍前進，她就好像森林裏迷路的梅花鹿，迷你嬌小的身軀在慘叫聲中、混亂聲中、血腥中茫然地穿行着，這一抹紅色成爲了整個黑白世界裏的唯一色彩，那一片炮火槍聲之中，這抹紅色的幼小身影在平靜地穿行着，試圖尋找到一個出路，可就在她身邊一縷縷冤魂就在納粹的鐵蹄之下煙消雲散。
這一刻，整個電影院裏都陷入了沉默，心髒就好像被一隻巨大的手掌狠狠抓住，感覺就好像整個人都沉入了海底，那陰冷悲傷、恐懼憤怒的情感化作了海水将自己無處不在地包圍，然後整個大腦都陷入了窒息，沒有辦法做任何思考，即使雙手緊緊抓住了椅背，即使牙齒緊緊咬住了唇瓣，即使淚水模糊了雙眼，也依舊無法緩解内心那種壓抑的負面情緒。那種想要嚎叫宣洩卻又無法發出任何聲音的緻命情感，讓每一個人都變得如此渺小，宛若這個世界微不足道的一縷塵埃。
那抹鮮活的紅色，那抹弱小的身影，就這樣在地獄的哀嚎、痛苦、慘劇、可怕、哀怨、憤怒……還有死亡之中穿行，最後消失在那已經成爲廢墟的大門之後，而她的身後則是那一群群被當做牲口處置的鮮活生命。
這是多麽的諷刺，多麽的殘忍，多麽的痛苦。
辛德勒的情婦不忍直視這一幕，那種可怕的慘狀摧殘了她健全的心靈，哽咽着懇求辛德勒離開；而享受着自己惬意富翁生活的辛德勒卻是一片茫然，内心的震撼讓他的世界瞬間崩塌，恍惚之間，他彷佛回想起自己面對發妻時說的那句話，“戰争”。
那一抹紅衣就是一個最巨大的諷刺，辛德勒等待了這麽多年來終于等到的發财機會，他也依靠戰争成爲了人上人，享受着鮮衣怒馬的生活，讓自己的發妻回到了貧困的家鄉，他享受着軟香懷抱、衣香鬓影的美妙生活，而現在，那一抹紅衣就在鞭笞着辛德勒的每一個想法，他手中的每一個金币都是來自于猶太人，這原本是他人生最大的得意之作，但此時此刻，卻變成了燒毀他所有信念的地獄之火。
猶太人總是以爲最糟糕的已經過去了，希望即将來臨，但他們卻不知道，迎接他們的永遠是更加糟糕的處境。原本他們以爲隔都已經夠可怕了，但比起普拉紹夫集中營來說，隔都就像是天堂。
普拉紹夫集中營的最高長官阿蒙-戈斯清早從美人懷抱之中醒過來之後，百無聊賴地想要尋找一些事情來做，于是他拿着長槍、挺着那因爲錦衣玉食而過度臃腫的小腹，散步着來到了陽台，然後舉起長槍，對準集中營操場上正在工作的身影，随後看到了一個停下腳步正在休息的女人，瞄準、扣扳機、槍響，女人倒地。
整個集中營的猶太人都被吓壞了，在不知不覺中，他們就成爲了别人遊戲之中的棋子，每一步都好像是在走鋼絲一般，即使他們食不果腹、即使他們衣不蔽體，但他們也必須挪動着自己瘦弱的身軀和沉重的步伐，快速奔跑着，因爲動作稍微慢一點，他們的生命就會在那一聲槍響之下化作一縷輕煙。
阿蒙對這種遊戲好像上瘾了一般，他坐在了藤椅上，悠閑地吸着香煙，站在二樓用一種上帝的視角看着下方一路狂奔的身影，尋求到獵物之後，從容地舉起長槍，扣下扳機。然後，伸伸懶腰，勾勾嘴角，轉轉身體，像個完成任務的孩子一般，顯然對于自己今天的捕獵行動再滿意不過，巡視完自己的領地之後，走到了衛生間，悠閑而從容地解決生理需求，彷佛剛才發生的一切不過是一個遊戲而已。
沒有刻意的喧嘩，沒有鮮豔的血迹，沒有多餘的畫面，就像是由吐司和牛奶構成的普通早晨一般，卻讓電影院裏的每一位觀衆，都感受到血液裏刺骨的寒冷，那種輕蔑随意的殘忍讓鮮活的心髒刹那間停止了跳動。
看着空無一人的工廠，辛德勒思考再三，決定去找黨衛軍司令官阿蒙，讓他批準将埃馬利亞工廠定爲一個附屬勞役營，讓猶太人成爲工人，重新恢複生産。阿蒙推說要達到目的須具備很多條件，以此乘機狠狠敲了辛德勒一筆。辛德勒自然心領神會，表示隻要鼎力相助，他就會給阿蒙一個令人滿意的報答。
于是，普拉紹夫集中營旁邊又多了一座工廠。
但是在衆多的工人之中，辛德勒沒有看到斯泰恩，原來斯泰恩被阿蒙選爲了自己的私人會計，處理他從辛德勒那裏得到的好處，然後監督辛德勒工廠的運轉。
在辛德勒的資助下，阿蒙過上了紙醉金迷的生活，而辛德勒也通過阿蒙的關系得以進入了普拉紹夫集中營。在派對舉行的同時，辛德勒與斯泰恩終于見了面。斯泰恩告訴辛德勒千萬不要忘記給黨衛軍軍官以及家屬的生日送禮，還必須按時孝敬财政部和軍需局的人，黨衛軍司令部的費用每個月的第一天就必須送去，以此才能換來獲準開設集中營加工廠的權利。
普拉紹夫集中營之中，黨衛軍肆意而瘋狂地屠殺着猶太人，而辛德勒的工廠則成爲了衆多猶太人的避難所。辛德勒和斯泰恩裏應外合，用大量的賄賂讓工廠保留下猶太人珍貴的血脈，與此同時，一些僥幸在隔都逃離了追捕留在克拉科夫的猶太人，也紛紛找到了辛德勒，希望他能夠拯救自己在普拉紹夫集中營裏的親人。
辛德勒發現了斯泰恩背地裏的小動作，所謂的“避難所”言論就是斯泰恩放出去的，斯泰恩希望能夠通過辛德勒拯救更多的同胞，但這卻讓辛德勒陷入了一個危險的境地，因爲一旦他被發現，他的生命就不再安全了。
辛德勒想要說服斯泰恩，其實阿蒙也處于巨大的壓力情況下，因爲阿蒙作爲集中營的管理人，他也有責任，而且這是一場戰争，“戰争總是讓人們顯露出自己邪惡的一面，總是如此！”辛德勒認爲，阿蒙在平時也是善良有禮的。
但斯泰恩卻摧毀了辛德勒的這種想法，“他天生就喜歡殺人。别斯基前天告訴我，某個人在被派到外牆工作時逃脫了，戈斯讓整個營房的人都排隊站好，然後把别斯基前後左右的人都槍殺了，他沿着隊列，用手槍隔一個殺一個。二十五個。”
這個殘忍的現實讓辛德勒回想起了那一抹紅衣，他陷入了沉默，因爲他知道，他沒有辦法無視這群生命，他們不是一群沒有意義的數字，而是真實存在的人。不是他多麽高尚，隻是因爲他内心深處還是一個人，一個有血有肉的人。所以，辛德勒妥協了，他決定救出那些“親人”，但代價就是更多的賄賂。
辛德勒意識到，要改變集中營的現狀，阿蒙才是關鍵人物，他發現阿蒙對于别墅的清潔工海倫另眼相看，阿蒙甚至沒有讓海倫挂上猶太人專用的袖章，因爲阿蒙不想讓其他人發現他喜歡上了一名猶太人。所以辛德勒希望，海倫能夠堅強起來，在阿蒙的身邊潛移默化地改變他，但這對于海倫來說，卻不是一件容易的事。
另一方面，辛德勒又用皇帝對權力的定義，“權力就是有足夠理由去殺一個人，但卻不去殺”，說服了阿蒙，讓阿蒙學會了控制自己的情緒，這讓集中營裏猶太人的生活得到了些微的改善。
阿蒙屢次在怒火冒頭準備殺人的時候，都忍了下來，因爲他認爲自己就是集中營的皇帝，他擁有至高的權力。但這一份控制，沒有能夠持續太久，當一名少年沒有能夠把浴缸清理幹淨之後，阿蒙一開始寬恕了他，讓他離開，可最後阿蒙還是在少年離開别墅時，槍殺了他。
“砰”的一聲槍響，再次打破了普拉紹夫集中營的甯靜，冷血的阿蒙再次失去了控制。