對于這樣一個被人尊敬的人物居然是間諜，使東風社大爲震驚，原以爲自己對付的隻是一些民間團體，而真正的日本軍方間諜藏的如此之深，能量如此之大，讓東風社覺得對日本間諜的防範遠未完成。
一個能探知朝庭最核心機密的人，讓何如章坐立不安，他覺得一定要把此人除去，否則一再清日開戰，後果将不堪設想。
何如章向劉飛揚彙報了此事，劉飛揚感到深深的無力，朝庭對日本的間諜防範千瘡百孔，自己根本無法改變這種局面。于其這樣苦于應付不如主動出擊，也獲取日本的情報。因此否定了何如章對付神尾光臣的安案，利用已知的日本間諜獲取日本的機密。
但是現在離甲午與日本開戰時間不過半年，要想獲取日本大量的情報、核心的情報，唯有獲取日本的電報密碼。
劉飛揚馬上安排在台灣的兩個德國數學家，讓他們領導一組對日本的密電進行分析，組織代号“閃光點”。他們首先對日本的密碼進行一次“釣魚”。
台灣水師向朝**報台灣水師的艦船、裝備、訓練，一份非常詳細的報告。軍機處的章京李同和見到此報告就密抄了一份，送與神尾光臣。神尾光臣見到這份報告，十分欣喜，馬上讓上陽成知翻譯成日文，用密碼發回日本。
當時還沒有無線電報，密電都是各自譯成密碼後交電報局拍發，各國皆然。當神尾光臣将密碼電報送交電報局時，東風社照例抄錄了一份副本。“閃光點”拿着上陽成知送的日文本的報告，略加比對，日本的密碼便顯出了原型。
劉飛揚獲得了密碼，日本與暗藏在國内的間諜之間的密電均被破譯。
但劉飛揚并不準備使用這難得掌握的密碼，來抓捕日本間諜，對它隻是被大材小用，而是等到戰争時利用，獲取更有用的軍事情報，使自己能掌握日軍動向。
而日本人對密碼洩漏卻毫無覺察，整個甲午戰争中甚至戰後一直未改密碼。
1894年的鍾聲敲響，這一年是農曆甲午年，這一年也是中日國勢見分曉的一年。
從春節一過，劉飛揚就下令台灣陸軍軍官學堂、台灣海軍軍官學堂的所有學員一律停止學習，加入軍隊，陸軍、海軍一律整軍備戰。
······
而中日戰争的導火線，還是按着他曆史的腳步，一步一步的發展下去。
在“數千年未有之變局”的嚴峻的國際形勢下，朝鮮封建地主階級卻沒有吸取在19世紀中葉清王朝和日本在與西方列強戰争中被擊敗并被羞辱的教訓，依舊橫征暴斂，不思進取，緻使人民生活日益貧苦，不得不在水深火熱之中掙紮，當時朝鮮有一首廣爲流傳的歌謠“金樽美酒千人血，玉盤佳肴萬姓膏。燭淚落時民淚落，歌聲高處怨聲高”，正是這種現象的真實寫照。
在國内階級矛盾和朝鮮民族危機的雙重神作書吧用以及東學道的傳播和全琫準等仁人志士的積極推動下，在朝鮮國内起義的爆發就像一個缺乏導火線的炸彈，一旦導火線具備了，勢必引起劇烈的爆發，而朝鮮的全羅道地方政府壓榨百姓的行爲就是甲午農民戰争的導火線。
全羅道古阜郡守趙秉甲是個有名的貪官，巧取豪奪，農民對他恨之入骨，不滿與反抗的情緒彌漫，随着全羅道古阜郡1893年12月的萬石洑水稅事件發生，一場轟轟烈烈的農民起義爆發了。
1894年2月20日，經過五天的準備，古阜、泰仁上千名農民在當地東學道首領全琫準、崔慶善等人的率領下，蜂擁向衙門沖去。群情激憤的人們高舉着鳥槍、長矛、大刀、鐵叉、鋤頭、木棍，有人把平時供在廳堂裏的祖傳寶劍也拿了出來。趙秉甲聞訊，吓得屁滾尿流，趕緊逃走。
4月底，東學軍占領白山，以其爲大本營。全琫準被推舉爲總司令，自稱“綠豆将軍”，金德明爲軍師，兩個大将孫華仲與金開男各領一軍，兵鋒直指全羅道首府全州。
5月7日，全羅道觀察使金文铉派250名全羅監營兵和1000多名雇傭的褓負商進攻白山，企圖将起義扼殺在搖籃中。東學軍在全琫準的指揮下成功擊退了官軍，迫使其退守全州城。
官軍被東學軍打敗的消息傳到漢城，朝鮮統治者驚恐萬狀，朝鮮國王李熙急派京軍壯衛營正領官洪啓薰爲兩湖招讨使，率800名士兵攜槍炮彈藥乘坐清朝北洋水師的平遠艦和蒼龍、漢陽兩火輪從海路開赴全州，又命200名京軍從陸路攻打東學軍。
洪啓薰在南下途中先向東學軍發出招降書，威脅利誘。但全琫準不但拒絕投降，還率軍偷襲靈光縣，生擒守城軍官黃萬基。洪啓薰一看招降不成，決心用武力鎮壓。他的部隊經過新式訓練，是當時朝鮮唯一配備西方新式武器的軍隊。然而此時洪啓薰率領南下的800名京軍，一路上士氣低落，軍心渙散，開小差不斷，到5月11日抵達全州城時，隻剩下470餘人。洪啓薰感到東學軍聲勢浩大，便密奏國王，建議借外國兵鎮壓。朝鮮高宗害怕引狼入室，不敢輕易借兵，隻派黃憲周督帶300名壯衛營士兵與500名江華火槍兵支援。
援兵還未到達，兩軍已在長城郡月坪洞交火了。全琫準采取避實就虛的戰術，不與官軍正面交鋒，拖着官軍從靈光到興德，從興德到鹹平，然後轉進長城郡。東學軍在城南月坪洞紮營。官軍長途追擊，疲于奔命，士氣更爲低落。
5月24日，洪啓薰率軍追至月坪洞，隻見叢林密布，郁郁蔥蔥。洪啓薰害怕埋伏，便先派小部隊試探虛實，自己躲在後面觀察動靜。官軍哆哆嗦嗦地走進樹林，隻聽喊殺聲起，吓得回頭就跑。洪啓薰一看，從林中沖出的東學軍老的老、小的小，大多拿着大刀、長矛。他頓時壯起膽來，跳起來大叫：“沖上去!”官軍無奈，隻得掉頭沖鋒。東學軍卻仿佛不堪一擊，紛紛逃散。這一下洪啓薰意氣風發，指揮官軍全力追擊。不料，追入樹林後，無數的東學軍從四面八方沖了出來，頓時殺聲震天。官軍猝不及防，大敗而逃，武器扔得滿地都是。官軍傷亡200餘名，洪啓薰抱頭鼠竄。此次大戰，東學軍大獲全勝。
東學軍乘勝進軍全羅道首府全州。5月31日，東學軍占領完山，逼近全州，以繳獲的野炮向全州城内轟擊。此時，全州的軍隊全部被洪啓薰調走，城内無兵駐守。6月1日全琫準率軍入城，占領全州後，忠清道和慶尚道的東學道徒群起響應，東學軍控制了朝鮮南部三道。不久全朝鮮各地的東學道徒也紛紛揭竿而起，東學軍規模空前盛大，已席卷了朝鮮全國五分之三的土地、擁有十多萬武裝力量了。
東學軍占領全州後，洪啓薰曾多次猛烈炮擊全州城，東學軍抵擋了官軍的攻擊，戰事陷入膠着狀态。面對聲勢浩大的農民起義，朝鮮政府無力鎮壓，一面急忙向宗主國清朝求援，于是清政府派遣葉志超和聶士成率淮軍精銳2500人于6月6日左右陸續在忠清道牙山登陸，準備鎮壓東學黨起義；一面将金文铉、趙秉甲等人革職查辦，任命嚴世永爲三南招撫使，金鶴鎮爲全羅道觀察使，向東學軍求和。
東學軍領袖全琫準等人鑒于繼續對抗會引起外國武裝幹涉，便同意和朝鮮政府談判。