閱兵結束後，觀操的清庭、北洋的人員回去了。但軍演并沒有結束，劉飛揚讓演習繼續。
演習又進行了遭遇戰、追擊戰、圍殲戰等，一直持續到10月初才結束。
劉飛揚對新軍戰力還是很滿意的，但演習暴露的問題也不少，他要參謀部對演習的經驗和缺點進行總結。要求各部對演習的總結要進行全面的學習和反思，鞏固優點，改正缺點。
之後，他宣布新軍的駐地重新安排。
第一軍：
第一師駐守南京。
第二師，師部設在合肥，第一旅第一團第二團駐守合肥，第三團駐守淮南，旅部設在合肥；第二旅第一團駐守蚌埠，第二團駐守淮北，第三團駐守阜陽，旅部設蚌埠。第三旅第一團第二團駐守南昌，第三團駐守九江，旅部設在南昌；第二師師部設在合肥。
第三師，師部設在徐州，第一旅駐守徐州；第二旅第一團駐守淮安，第二團駐守宿遷，第三團駐守新沂，旅部設在淮安；第三旅第一團駐守鎮江，第二團駐守揚州，第三團駐守泰州，旅部設在鎮江。
第二軍：
第四師駐守上海。
第五師，師部設在蘇州，第一旅駐守蘇州，第二旅第一團第二團駐守鹽城，第三團駐守南通，旅部設在鹽城。第三旅第一團駐守無錫，第二團駐守常州，，第三團駐守宜興，旅部設在無錫。
劉飛揚要求各部在年底必須完成準備，明年初各部進駐各自的駐地。
劉飛揚把主要的兵力布屬在蘇南和江北，這樣一旦有變，他可以快速的向北進擊。
······
就在劉飛揚埋頭苦心經營時，在大清國内，改良派的風頭正勁。經過甲午之戰和論戰，引發了社會各階級、階層強烈的憂患意識和變法革新的呼聲。從普通士子伏阙上書，籲請練兵、變法，到各級官員言學、言兵、言财，改革意識迅速彌漫。連緻休的軍機大臣徐桐這樣的守舊人物，也奏請張之洞來京主持改革。
一些洋務派的人開始和改良派接近。因爲改革的主張一緻或接近，洋務派與改良派之間互相聯絡，互通聲氣，推動了變法活動的展開。改良派把洋務派看神作書吧同志，洋務派把改良派當成本門中的後起之秀，互相提攜。這一點，在張之洞與改良派康、梁的交往上表現得十分明顯。
1895年11月，康有爲想在上海辦強學會，到南京拜見劉飛揚，但劉飛揚不予接見。之後，康有爲到武漢籌建武漢強學會，到湖廣總督衙門拜見了湖廣總督的張之洞。在二十餘天的時間裏，康有爲與張之洞“隔日一談，每至夜深”，十分融洽。張之洞雖在《經學僞經考》方面與康有爲意見相左，但對康的才華頗爲欣賞。之後，梁啓超又去拜訪，張之洞撇下諸客延見，大有相見恨晚之勢。他先是自己出面，後又通過幕僚勸留梁啓超出任時務社院長，并充當他的高級智囊，詞氣殷勤。梁啓超最後雖婉言辭絕，但深受感動，表示要對張之洞執弟子禮，并稱贊張之洞說：“今海内大吏，求其通西學，深見本源者，除劉飛揚外則莫吾師若；求其博綜中學，精研體要，尤莫吾師若。”另一位改良派主要人物譚嗣同也與梁啓超同感：“諸公，尤能力顧大局、不分畛域，又能通權達變，講求實際者，除劉飛揚外要惟張香帥一人。”
雖然，劉飛揚拒絕了與改良派的合神作書吧，但是改良派還是得到衆多的洋務派的支持。
1896年初，康有爲在京師發起強學會，這是改良派組織的第一個全國性的團體，參加者多數是洋務派官員。洋務大員張之洞、劉坤一捐資支持，并在會中列籍。李鴻章也不甘人後，表示要捐資加入，但主要因與帝黨人物重要人物翁同翕仇怨，翁同翕極力反對，未能如願。
此後，武漢強學會是在張之洞的支持、贊助下建立的。當康有爲勸說張之洞當任武漢強學會的會長時，張之洞“頗以自任”，大力贊成，并派親信幕僚梁鼎芬、黃紹箕協助，還捐銀1500兩神作書吧會費。由于張之洞的表率，其他一些洋務官員也紛紛解囊。由康有爲執筆的武漢強學會“序”，以張之洞的名義發表，參加武漢強學會的人物，幾乎都與張之洞有關系。
張之洞派幕僚汪康年到主持武漢強學會，汪康年在張之洞的授意下，贊同康有爲在武漢強學會的名下新辦報紙，共邀梁啓超等人籌辦《時務報》。辦報經費除黃遵憲、盛宣懷等人的捐款外，則是強學會的餘款。汪康年任報館經理，梁啓超任主筆。《時務報》創辦後與康有爲在天津辦的《清議報》成爲改良派兩份宣傳的王牌。梁啓超發表了一系列改革的言論，頗受歡迎，與謹慎派、保守派的論戰更是使它引起極大關注。數月之内，行銷萬份，受到了張之洞的稱贊：“具見該報識見正大，議論切要，···實爲中國創設第一種有益之報。”他饬令湖北全省官銷《時務報》，并預付報款。湖南巡撫陳寶箴、浙江巡撫廖壽豐也分别下令兩省官府購閱。由于梁啓超、汪康年等人的努力和洋務派的大力支持，《時務報》風靡海内，“爲中國有報以來所未有，舉國趨之，如飲狂泉。”對改良派頗有微詞的廣東巡府端方也說，《時務報》“每冊數千言，張目大罵，如人人欲意所雲，江淮兩廣之間，愛其文字奇詭，争傳誦之，行銷至萬七千餘冊。”
洋務派雖支持、參與改良運動，但他們畢竟與改良派不是一個政治集團，與改良派有矛盾鬥争。二者之間的矛盾鬥争集中在三個方面。首先是論學的不同。康有爲先後撰《新學僞經考》與《孔子改制考》二書，前者指斥古文經學爲劉歆所僞造，後者将孔子斷爲改制先驅，六經爲孔子改制所假托。在康有爲來說，固然是布衣變法，事大駭人，所以拉大旗神作書吧虎皮，但由于其“不惜抹殺證據或曲解證據”，學術上不能立足而效果适得其反。飽讀儒家經典的洋務派當然不買康的帳，指斥批評自在意中，進而疑康“心術不正”。張之洞多次勸康、梁放棄孔子改制之說，并對《湘學報》刊登素王改制之說加以幹涉。
其次，改革的政治訴求不同。改良派強調變法須大變、全變，主張實行民權，最終實現君主立憲制度；洋務派雖然也要求一定程度的政治改革，但認爲“民權之說無一益而有百”，“使民權之說一倡，愚民必喜，亂民必神作書吧，紀綱不行，大亂四起。”雙方在《時務報》、《湘學報》辦報方面的沖突，概緣于此。
再次，神作書吧爲改革派中的元老與新進，兩派之間也有意氣與門戶方面的矛盾。洋務派視改良派爲洋務新秀，總是試圖将其置于自己的控制之下，成爲自己的幕僚或智囊，招緻了改良派的不滿。張之洞對康梁都進行過爲我所用的試探，許以美差厚俸，但均遭婉拒。張之洞一方面支持《時務報》的創辦和發展，卻又時常幹涉報紙内容和報館的用人之權，企圖使《時務報》連同改良派納入他範圍，激起了梁啓超等人的不快。而康有爲更是萬事唯我，自信力極強，而持之極毅，根本不是肯寄人籬下之輩，梁啓超等人也深受康的影響。洋務派籠絡不成，遂有種種或明或暗的排斥攻讦。另一方面，改良派得到光緒皇帝的器重，一時間頗有青雲直上之勢，不免引起一些人的妒嫉。
但必須指出，洋務派與改良派的矛盾與鬥争雖然存在并産生了一定的消極影響，但二者之間并非根本對立，也沒有從根本上破壞改良運動。