反對派的陣容之強大使光緒感到左右爲難，他隻得勉勵厘定官制大臣和衷共濟，妥善協商，厘定官制大臣們最終神作書吧了妥協，于是原似裁撤的吏部、都察院被保留下來。
在拟定的新方案中仍設内閣制，置總理大臣，左右副大臣各一人，各部尚書同爲内閣政務大臣，均輔弼君主，代負責任。所設之部爲外務、民政、度支、陸軍、海軍、法、學、農工商、交通、理藩、吏部。另設政務處爲資政院，禮部爲典禮院，大理寺爲大理院，都察院仍舊，增設集賢院、審計院、行政裁判院和軍咨府。
1902年4月6日，光緒發布裁定中央官制的上谕，宣稱：“設官分職，莫不因時制宜。今昔情形既有不同，自應變通盡利。其要旨惟在專責成、清積弊、求實事、去浮文，期于厘百工而熙庶績。”
本要任命劉飛揚爲内閣總理大臣，但他力辭不就。最終任命奕劻爲内閣總理大臣，康有爲爲會辦大臣；沈應奎爲吏部尚書；王文韶爲民政部尚書；陳其昌爲度支部尚書；瞿鴻禨爲禮部尚書；梁啓超爲學部尚書；劉洪恩爲陸軍部尚書；沈家本爲法部尚書；張力才爲農工商部尚書；吳信鋒爲郵傳部尚書；載沣爲巡警部尚書；壽耆爲理藩部尚書；陸寶忠爲督察院督禦史。
這樣，雖然劉飛揚沒有參加内閣，但是内閣中的要害部門多是他的人。
與此同時，奕劻、劉飛揚仍留軍機處，康有爲補爲軍機大臣，林銳以侍郎用，在軍機大臣上學習行走。王文韶、瞿鴻禨、載沣，均須辭去軍機大臣職務，專管各部事務。
政體改革的程度沒有獲得改良派的認可。并且在内閣的十四席位置中除了劉飛揚的人占五席外，舊勢力仍占六席，而改良派隻占有三席。
但這樣的改革畢竟使中國中央政治機構向近代化的方向前進了一步。它确認了三權分立原則，行政、司法機構開始分立；軍機大臣職數減少，各部尚書均充參與政務大臣，責權加重，表現出向責任内閣演進的趨向；中央各部隻設尚書1人，侍郎2人，均爲專職，有利于加強官員的行政責任心、提高行政效率；同時還準備增設資政院、審計院、海軍部和相當于參謀部的軍咨府，陸軍和海軍、軍政和軍令分開，向世界通行體制靠攏，表現出順應時代潮流的趨向。
但是與最初改良派所主張的改革草案相比，又保守了許多。草案遭到多方面的否定，其原因是多方面的。
禦史趙炳麟曾連疏陳論：立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒将君主大權移諸内閣，此何心哉？特别是他的《新編官制權屬内閣流弊太多折》，緊緊抓住爲何不設議院，而獨設内閣這個關鍵問題，論析如果遵照這樣的程序進行官制改革，必然造成内閣正、副總理的專權的局面。
這一論點不但使光緒帝感悟，而且此折說的非常透徹，款款數萬言，一時間都私下裏紛紛傳誦，可見其政治影響的波及範圍之大。
趙炳麟的奏折确實闡明了西方議會内閣制中内閣與國會的關系，但他甯願在國會成立之前仍讓君主執掌國家大政。
軍機大臣瞿鴻禨雖不公開外露對官制改革的意見，但卻緊緊抓住改良派欲乘機行責任内閣制，俾内閣架空皇帝之權的政治目的，多次在光緒的面前說改良派的不良居心，并謂康有爲其專權跋扈，并對其官制改革方案隐蔽的表報不滿。他向光緒進言：改良派熱衷于設立責任内閣，禍心彌天，萬不可批準。光緒皇帝最終采納了鴻禨之議，仍用軍機處制。
改良派和康有爲對瞿鴻禨這個戊戌變法時曾時合神作書吧過的大臣大失所望。而其在光緒面前诋毀改良派的舉動，使改良派則懷恨在心。
瞿鴻禨，這位21歲即中進士而入翰林的湖南人，爲官清廉而剛正，向來以通達時務和清德孤操而被人所稱頌。光緒也十分看重于他，戊戌變法前任他爲禮部左待郎。
瞿鴻禨出身科舉，康有爲出身幸進，這就決定了二者在爲官之道上的很大不同，儒家文化一向的門第之見，這就爲瞿鴻禨對康有爲的不滿埋下了伏筆，再者瞿鴻禨一向站在道德操守的優越地位，就更難以和康有爲走在一起。康有爲也曾主動結交瞿鴻禨，希望強強聯合結成政治同盟，但是遭到瞿鴻禨斷然拒絕。朝野上下因爲各種原因反對康有爲和改良派的官員就暗奉瞿鴻禨爲首領。從心理上來說，這種以正義一方自居的非我莫屬的責任感更加擴大了他與康有爲的裂縫。雖然他們在立憲問題上并沒有根本性的不同。
瞿鴻禨在1898年至1900年期間，經過兩湖立憲派的說服動員，思想有明顯轉變，不僅采納改良派的進言，并向光緒“造膝密陳”，積極促成了政治改革。1901年，他又積極主張宣布預備立憲的決策者之一。所以他反對立即設立責任内閣并不說明他不贊成改革。
瞿、康的分歧表象上是要不要立即設立責任内閣，而其真意所在乃是“黨争”。
很顯然，此時的瞿鴻禨主動應和了最高統治者光緒的狹隘心理，對君憲進程和政局産生了重大的影響。這次官制改革的結果緻使光緒和改良派之間也開始出現了裂痕。
而官制改革的最主要目的，是爲了強化中央集權，尤其是削弱地方督撫的權力，加強中央對地方的控制以及地方對中央的責任。
瞿鴻禨早在《奏請宣布立憲密折》中就說過：“憲法之行，利于國，利于民，而最不利于官”，“蓋憲法既立，在外各督撫，在内諸大臣，其權必不如往日之重，其利必不如往日之優。”
這樣，他又把改良派推到劉飛揚的對立面。他的運導下，光緒與改良派的關系出現了問題，同時又使改良派與劉飛揚産生了矛盾，這樣一個政治奇才，可以說改革搞的烏煙瘴氣。