與稅務事務争紛的同時，在軍事上，清廷于1905年9月底由軍谘處出面通告各省督撫，拟派參謀官到各省督理軍務，統一整合全國軍事力量。海軍處也電令駐軍艦沒有海軍處命令，不得擅離駐地。

這些謀奪劉飛揚系軍權的政策，遭到以直隸總督劉洪恩、東北三省總督林鎮偉爲首的新軍将領的強烈抵制與反對。

直隸總督劉洪恩這樣表達他的反對意見：“軍政權限分析宜加慎重，······軍事一項，宜勿奪督撫其統屬之權，以資調遣。東北總督林鎮偉以“督撫若失軍事實權，即将無從負疆圻任，軍事統率隻應由主将負責，已應對突發之變。”爲由反對中央決策。

此後中央和地方的矛盾一直升級。兩江總督陳其昌首先緻電軍谘府，聲稱：如果實行軍谘使監視各省軍務而不受督撫節制，那就請朝廷将督撫一律裁撤，否則不予承認。

除了劉飛揚系的官員，兩廣、陝甘總督及山東、陝西、四川、貴州等省巡撫，“因同病之故，乃相憐相親”，以“一人之力不足與中央抗，思互相聯合，以爲與中央争持之基礎”，聯合電駁，抵制了朝庭的軍事統籌計劃。

客觀地說，朝庭在實行改革的過程中，要削弱督撫财兵兩權，收歸中央，不能無端的說它說是反動之舉，神作書吧爲後起國家的中央政府，要實現經濟崛起、發展憲政，沒有中央集權、沒有政治體制的現代化是不可能實現的。從經濟角度看，适當加強中央集權，改變畫地爲牢的地方封建主義，有利于打破地方保護的閉鎖格局，對于促進資本主義工商業的發展是必不可少的步驟。

朝庭四分五裂的局面如果不能得到及時遏制，對外既不能有效抵禦外國侵略者，對内又不能維護帝國穩定。加強中央集權是振興國力、轉弱爲強的重要步驟，政啓由此着手，本不爲錯，集權行爲是和立憲結合在一起的，本來順理成章。但政啓初上台，不顧立足未穩，清庭統治集團内部矛盾尖銳，在這個時候這種情況下，即急急忙忙的想加強中央集權，削減地方勢力反而是不可行的。

由于社會矛盾的複雜性，問題不是那麽簡單了。過多地削弱督撫的權力，過急地追求高度的中央集權，不僅激化了中央與地方的矛盾，爲改革制造了更多的阻力，挫傷了地方督撫的積極性、增加其離心力，而且還可能造成了省一級行政的真空地帶，使較小的暴力沖突演變成革命成爲可能。

這個時候清庭其實面臨着兩難的抉擇：要實現君主立憲制，就必須加強中央權威，削弱地方督撫權力，但是稍有不慎，就有可能觸怒地方官員，在空前的政治危機下，一旦造成地方督撫行政管控能力下降，就會導緻防衛空虛，使“反政府”力量哄然而起。

其實除了從自身利益出發的地方督撫們，許多開明人士都看到了朝庭措施的失誤，也有人對此可能造成的危害性和難以操神作書吧性進行了提前的警告。當時的立憲輿論也并非對中央所采取的舉措一概不解，《京報》評論說：“度支部現在清理财政，各省督撫大員多懷疑懼，而澤貝子（度支部尚書載澤）百折不回，務期得收成效，昨聞各督撫及司道之條陳财政者，已多至百餘起，惟其中各懷私見，恐難實行。”

清王朝發迹崛起于中國東北的白山黑水之間，經過二百多年當它走到曆史盡頭的那一刻，大清皇帝不但未能力挽狂瀾，反而讓帝國在他手中更快的消亡。

政啓也許從來沒有從手裏的最高權柄中享受到權力的樂趣，兩年的權力巅峰生活在他看來“如臨深淵，如履薄冰”，被迫退出權力舞台之後他如釋重負，說了這樣一句饒有意味的話：“這回總算可以回去抱孩子了。”

正因爲曆經兩個半世紀的王朝在他執政時期消亡，所以後世的評論對這位政啓皇帝是相當苛刻的。很多人認爲政啓連其祖宗的成功經驗也沒有吸取，未像康熙殺鳌拜那樣幹得果斷利落。殊不知政啓已經不是傳統的專制皇族，而是一位多多少少吸收了西方文明的開明專制者。雖然爲了完成中央集權，或者出于私心，他是多麽想除掉劉飛揚這樣一個尾大不掉的權臣，雖然張之洞、奕劻等大臣“不可殺”的谏言起了很大的神作書吧用，但是不但京師周邊省份駐紮的都是劉飛揚的軍隊，而且在京師之内，劉飛揚的軍隊也不比皇帝控制的軍隊弱。

并且政啓從當政的第一天起就試圖把自己塑造成爲一個寬容大度、開明革新且手段強悍的改革者形象，這不單是政治性的神作書吧秀，也是政啓本人的内心訴求。後來流亡國外的溥儀曾惋惜地說：政啓執政兩年其中沒有殺掉劉飛揚是“最根本的失敗”。這恰恰從另一個側面說明在政治上比及他的父親更顯幼稚，這是由于他在新政的年代裏尚爲出生，不能體會到當時疾風驟雨的政治環境下更需必要的政治藝術。

政啓心有餘，力不足，智不逮也。

傳統中國的專制文化一向強調“普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣”的政治倫理，然而，正當清王朝最需要權威的階段，卻沒有了真正的權威。

清末新政過程中，中央與地方關系直到帝國消亡之時仍舊沒有得到解決，甚至可以說，正是這層矛盾的嚴重性，才導緻了帝國的迅速崩潰。

而清末督撫除了已結成一體的劉飛揚系的官員，其它的地方督撫生存在夾縫中，他們的權力不僅受到“中央集權”的剝奪、削弱，同時還受到省咨議局及在“地方自治”中膨脹起來的地方紳權的掣肘和控制，他們往往受到上下夾擊、腹背鉗制，不要說此時多數督撫已與清廷離心離德，即便依舊忠心耿耿，手中财權、兵權兩空，要“維護地方治安”、捍衛清庭的統治地位也早無能爲力了。

正因爲如此，劉飛揚一呼聲“反”後，衆督撫或者協同劉飛揚共逼權貴讓出政權，或者棄地而逃，或者轉向革命方面，沒有出現真正爲帝國政府盡忠到底的督撫。