消息傳到南京，所有人無不大驚失色。馬士英老于官場，見自己部将窩裏反，想來争也沒用。連忙向朱由崧表白心迹，成爲從龍文臣第一人。
史可法一開始還蒙在鼓裏，指手畫腳的不服，又在寫給馬士英的信中痛罵朱由崧昏聩糊塗。沒想到卻成爲落在别人手中的把柄。随即馬士英便帶領大軍殺氣騰騰的護送朱由崧來到南京浦口。大勢已定，滿心悔恨的史可法和東林黨人也隻好接受這個現實了。
最後官員們一緻傭立朱由崧成爲南明帝國的新皇帝，定都南京。而原來在南明曆史上有名的江北四鎮，由于劉澤清早早的死在劉佩手裏，所以南明四鎮就變成了南明三鎮。
而且黃得功，高傑和劉良佐這三個人已經明顯出現了軍閥化的苗頭，各自傭兵鎮守一方。但是出于對文官系統的習慣性畏懼，他們依舊在朝堂上沒有太多的發言權。所以整個南明朝堂上依舊是文官的天下！
但是這裏問題就出現了，本來就占據朝堂多數的東林黨人老家根本就是江南地區，所以在擁立弘光帝之後，朝堂上東林黨人再次占據上風！
本來在國破家亡的危機關頭，按理來說，朝堂上的人都應該團結起來共禦外敵！可是這些東林黨完全埋頭不向北看，就當北方什麽事情都沒發生，關起門來一心一意的過自己的小日子。
結果就出現了一個很奇葩的情況：劉佩在這裏打垮了大順軍，又擊退的清軍，現在馬上就要将整個大順軍的控制區全部納入麾下的時候，他們才發現北方出現了這麽一隻可怕的力量！而且他們居然不知道劉佩北上對抗清軍的消息。
這些東林黨人在臨時安穩的這段時間内，完全忘記了外敵的情況。他們舊病複發，再次開始了内部鬥争！
所有人都認爲應該讓“正人”來占據朝堂，但是誰是“正人”那？隻有自己這一派才是“正人”！
而且自己才是本派系裏“正人中的正人”！
所以他們今天你彈劾我，明天我揭露你！在同一個旗幟下的東林黨分成幾派，你打我拉的鬧成一團！他們完全忘記了該做的事情，甚至連最起碼的北上偵查都沒有做出來！
他們收到的消息來源竟然是那些商人！那些進入到山東的商人收到消息并帶了回去。而那些能夠長途行商的商人大部分都是背後有人的。他們講消息傳到背後的官員那裏，這件事情才在廟堂上逐步傳開。
在消息傳開之後，整個南明朝堂上雖然沒有人明确提出來，但是大家卻在暗中相互印證，相互打探。最終确定了李自成被擊敗的消息！
但是所有收到消息的人，都不約而同的将劉佩北上擊退清軍的消息當做誇張的流言，從自家的消息當中排除了出去！就這樣，整個南明朝堂上大家都在裝糊塗！
在正常曆史上，南明在這方面做的也是一塌糊塗！他們甚至根本不知道吳三桂是真的投降清軍了，而是一廂情願的認爲他依然忠于大明！甚至還爲大清擊敗了大順軍而連連叫好！他們忘記了大清同樣是食人的猛獸！
而且最離譜的是，他們對遠處的事情摸不清，對近在眼前的事情同樣搞不清楚！
當清軍開始在中原攻城掠地，他們也明确知道清軍明顯是懷着敵意的時候，他們居然依然沒有向北方偵查的行動！
在清軍在追剿李自成等人的時候，因爲兵力不足，清軍不得不将最先占領的山東地區兵力抽空！他們隻在山東留下了象征性的兵力，以表示占領。
可是南明方面卻居然根本不知道這些情況，白白的錯過了奪回山東和部分山西地區的好機會！讓清軍有了從容調度兵力的時間！如果他們稍有進取心，隻要派一支兵馬北上，就可以在當地百姓的配合下奪回大片的土地！甚至可以再次威脅京師地區！
可是南明那時候偏偏就沒有做出一點反應，而是忙于分辨哪些人是“正人”，哪些人是“小人”！結果最終等來了自己的絞索！但是最令人發笑的是，清軍到來的時候，“正人”們基本上都投降了，而“小人”卻戰死了！
就在南明的官員們私下裏讨論劉佩的時候，一個想升官想瘋了的禦史終于把這件事情掀開了。這時候整個南明朝堂才明白一件事情，那就是真的有人擊敗了李自成！
最終在朝廷上的結局很有趣。那些本來把這些消息壓着的官員們沒有得到預想中的好處，所以幹脆把火撒在了那個小禦史身上。他升官不成，卻一紙調令調出了南京，不知道哪裏去了！
但是事情既然已經掀開了，大家自然要讨論一下！于是整個南京廟堂上便出現了多種意見。
一種意見就是直接命令劉佩到南京來朝拜新皇帝！畢竟崇祯皇帝死了，弘光帝就是唯一的正統了！隻要他來南京，封條一個爵位，就像對付以前的勳貴那樣養起來！至于軍隊嘛，自然由朝廷接手！畢竟中興的名臣怎麽可能是個武人那！一定要是文臣才對！
還有一批人堅決認爲劉佩早已有反心！不然的話，他早就應該到南京來朝外新帝了！結果他居然自顧自在和大順軍打仗，所以應該治他的罪，并且派出大軍去讨伐他！
還有一種意見就是劉佩是一個獨立的力量了，在摸清他到底想什麽之前不應該輕舉妄動。如果能将他和平納入朝廷之中最好，如果不能的話再出兵讨伐！
南明的朝廷裏面大體上的意見就是這三種，還有一些意見則被無視了！但是奇怪的是，他們這三類人，無一不是認爲對付劉佩都應該是手到擒來！
至于劉佩擊敗了大順軍這件事情被他們選擇性的遺忘了！似乎他們一出馬，劉佩就會納頭便拜，聽他們擺弄一樣！天知道他們那裏來的信心？