公孫瓒派他堂弟公孫越率千餘騎兵到袁術處相結好，暗地又讓袁術扣留劉和并奪占幽州牧劉虞之子劉和的兵馬。因此，公孫瓒與劉虞的矛盾越來越深。袁術遣公孫越幫助孫堅攻周昂，公孫越被流矢射中而死，加上袁紹私占冀州并未履約，公孫瓒怒道：“我弟之死，禍起于袁紹。”于是出兵駐紮在磐河準備報複袁紹，攻擊冀州。雙方由此展開一聲争奪冀州的戰争。時公孫瓒大破黃巾，威名正盛，領軍進入冀州後，郡縣紛紛反叛袁紹歸附。袁紹畏其兵威，授公孫瓒另一從弟公孫範爲渤海太守，公孫範至郡後反以渤海郡兵進攻袁紹。一時公孫瓒兵勢甚盛。于是，公孫瓒以其将嚴綱爲冀州刺史，田楷爲青州刺史，單經爲交州刺史，又改置冀州治内郡縣守令。
初平二年（191）秋，以于毒、白繞等爲首的黑山農民軍進攻魏郡、東郡等地，東郡太守王肱不能抵擋。袁紹派當時正隸屬于他的曹操引兵入東郡，借以發展自己勢力。曹操在濮陽大破黑山軍白繞部。袁紹表曹操爲東郡太守，改治東武陽。曹操起兵以來苦無地盤，至此有了東郡這一立足之地。
益州牧劉焉命督義司馬張魯、别部司馬張修合兵攻殺漢中太守蘇國，斷絕褒斜道，殺漢廷使臣，聲言盜賊斷路，無法與朝廷聯系。又以托辭殺州中大族王鹹、李權等十餘人，借此立威。不久，犍爲太守任岐與校尉賈龍起兵攻打劉焉，兵敗被殺。劉焉氣勢更盛，但是他的幾個兒子皆在長安，獻帝使其子奉車都尉劉璋回益州勸說劉焉。劉焉将劉璋留在益州不再返回長安，遂割據益州。
此時的劉表在荊州得到本土大家族蒯家和蔡家的支持，重用蒯良、蒯越、蔡瑁等人，很快地平息了荊州各郡宗賊，控制了除南陽郡外的荊州七郡，理兵襄陽，以觀時變。孫堅脫離袁術後，劉表斷了袁術的糧道，使其無法再盤踞南陽，迫使他往兖豫方向出走，間接促成了後來袁術與曹操的匡亭之戰。此舉不但徹底除去袁術觊觎荊州的野心，更借曹操軍的力量削弱袁術勢力，使其更加遠離荊州，減少了對荊州威脅，也鞏固了自己在荊州的統治權。
劉備雖然随孔融去了青州，但名義上還是附屬于公孫瓒。因劉備在青州剿滅黃巾叛亂有功，又與其将田楷鎮撫青州有功，公孫瓒表劉備爲樂安郡太守。劉備表田豫爲郡尉，簡雍爲監史，又有北海孫乾來投，劉備令其爲主薄。孔融舉薦名士華歆相輔，劉備拜華歆爲郡丞。張飛雖沒有官職，卻統領着劉備的全部兵馬。緻此，劉備也較曆史上更早地擁有了自己的地盤和謀士。
劉琦返回晉陽後，看到手中各地傳來的消息，才發現這天下真的亂了，亂得一塌糊塗！自己得加緊步伐了，現在袁紹和公孫瓒的實力已經強于自己，袁術在往豫州擴張，曹操和劉備也分别在衮州和青州強勢崛起，想來孫堅回到江東也會很快崛起于揚州。各路豪傑都在壯大啊，自己必須盡快平定并州各路叛亂才行。
於夫羅沒有按劉琦的設想回南匈奴王庭接受投降，而是随張楊歸附于袁紹。後又引兵叛離，劫持了張楊。袁紹派将領張追擊，在邺城南面擊敗了于夫羅軍。于夫羅劫持張楊來到黎陽，打敗了度遼将軍耿祉，勢力又壯大起來，開始騷擾東郡地區。
與荀、田豐、郭嘉商議後，爲了日後能安心與諸侯相抗，就必須将并州境内的羌胡隐患全部拔出。令北路軍南下直搗南匈奴王庭，殺其精壯，俘虜婦孺遷往雁門太原二郡，又安排從司隸、冀州逃難而來的流民進入河套地區。派郭嘉到南路大軍中爲軍師，引趙雲、典韋等将西出西河郡，收複上郡。
兩路大軍征戰，劉琦又派出校尉各地征兵，組建另一路大軍。十月，沮授引韓馥舊将鞠義、耿武來投。劉騎拜沮授爲長史，協助荀、田豐治理全州；封鞠義爲都尉、耿武爲校尉，命二人訓練新招将士兩萬人。
初平二年（191）十一月，泰山黃巾臧霸、吳敦、尹禮、孫觀、孫康等率軍攻擊青州濟南國，樂安太守劉備親率文武增援濟南國，與黃巾數次交鋒，前後斬首數千級，獲老弱人口萬餘人，辎重銀二千兩。又派孫乾說服藏霸等人來降，泰山黃巾數戰不利，退回泰山。劉備則實力大漲！
孫堅返還富春後，得江東士族資助起兵攻擊會稽王朗、吳郡嚴白虎，王朗不敵，被迫投降，嚴白虎被孫策所殺，揚州刺史陳溫無奈上表孫堅爲吳郡太守。孫堅實際控制了兩郡軍政，正式割劇江東。
并州戰事吃緊，劉琦隻好将趙雲典韋衆将婚事推遲押後，待并州平定後再舉行。
初平三年(192)春，曹操又在頓丘大破黑山軍于毒部，在内黃大破黑山軍白繞和正在東郡騷擾的匈奴于扶羅。穩占東郡，又得陳留人擁戴，基本上控制了陳留。
二月，關羽大軍在賈诩的計謀下，攻破南匈奴王庭，殺敵無數，盡俘西河羌胡家眷，解放漢人奴隸三萬餘人。南匈奴單于於夫羅的弟弟領萬餘門兇奴殘餘西進尋去卑去了。於夫羅北上無門，在中原又大敗，無奈投降于曹操。
趙雲大軍所到上郡，兵勢強盛，各縣紛紛來降。郭嘉留典韋分兵鎮守上郡，又與趙雲、徐榮引兵北上朔方，與關羽大軍一南一北夾擊朔方郡。
三月，兩路大軍在大城相彙，兵力已達八萬。大軍一路北上驅逐羌胡各部，去卑與呼廚泉見并州軍威難擋集合各部潰兵西渡黃河，正式退出河套地區，與河西鮮卑搶地盤去了。至此并州大定！
劉琦随後調整了各郡防。命高順統領上黨防務，以防冀州及河内來襲；命李典引兵駐防塑方，以防匈奴回殺及河西鮮卑南侵；命徐榮駐防雁門，以防拓跋鮮卑及幽冀地區；麴義引兵駐防上郡，防禦司隸董軍及西羌來犯；又令夏侯蘭、裴元紹分别引兵駐防五原、雲中二郡。關羽、趙雲、典韋等大将和軍師賈诩、郭嘉回晉陽待命。