給事中劉弘化、禦史方大任等交章助周宗建攻魏進忠、郭鞏，郭鞏複力诋諸人。皇帝诏下諸疏平議，廷臣爲兩解之。乃嚴旨切責，奪郭鞏、周宗建俸三月。是時，劉朝典内操，遂謀行邊。廷臣微聞之，莫敢言。周宗建曰“郭鞏自謂未嘗通内，今誠能出片紙遏朝，吾請爲洗交結之名。”郭鞏噤不敢發。周宗建乃抗疏極谏，曆陳三不可、九害。當時，劉朝典與魏進忠有隙，事亦中寝。其冬周宗建出按湖廣，以丁憂歸。
天啓五年三月，大學士馮铨銜禦史張慎言嘗論己，屬其門生曹欽程誣劾以周宗建爲首的後七君子，并及黃尊素。
黃尊素生于萬曆十二（公元一千五百八十四）年，字真長，号白安，浙江紹興府餘姚縣（今甯波市餘姚縣）人，他是明末著名學者黃宗羲之父。萬曆四十四年（公元一千六百一十六年）進士。授甯國推官，因爲人精敏強執。擢禦史，谒假歸。
天啓三年冬還朝後，黃尊素便上疏請召還餘懋衡、曹于汴、劉宗周、周洪谟、王紀、鄒元标、馮從吾，而劾尚書趙秉忠、侍郎牛應元、通政丁啓睿頑鈍；趙秉忠、牛應元俱引去。山東妖賊既平，餘黨複煽，巡撫王惟儉不能撫馭，黃尊素疏論之，因言“巡撫本内外兼用，今盡用京卿，不若揚曆外服者之練習。”
黃尊素又數陳邊事，力诋大将馬世龍無功而升遷，忤樞輔孫承宗意。時天啓皇帝在位數年，未嘗一召見大臣。黃尊素請複便殿召對故事，面決大政，否則講筵之暇，令大臣面商可否。天啓皇帝不能用。
天啓四年二月，大風揚沙，晝晦，天鼓鳴，如是者十日。三月朔，京師地震三次，乾清宮尤甚。适天啓皇帝體違和，人情惶懼。黃尊素力陳時政十失，末言“陛下厭薄言官，人懷忌諱，遂有剽竊皮毛，莫犯中扃者。今阿保重于趙娆，禁旅近于唐末，蕭牆之憂慘于敵國。廷無謀幄，邊無折沖，當國者昧安危之機，誤國者護恥敗之局。不于此進賢退不肖，而疾剛方正直之士如仇仇，陛下獨不爲社稷計乎？”疏入，魏忠賢大怒，謀廷杖之。韓爌力救，乃奪黃尊素俸一年。
胡子睿知道趙娆乃是漢桓帝乳母，旦夕在太後側，中常侍曹節﹑王甫等與共交結，谄事太後，黃尊素在這裏是用趙娆比喻客氏，與魏閹勾結，爲禍大明。既而楊漣劾魏忠賢，被旨谯讓。黃尊素憤，抗疏繼之，略言“天下有政歸近幸，威福旁移，而世界清明者乎？天下有中外洶洶，無不欲食其肉，而可置之左右者乎？陛下必以爲曲謹可用，不知不小曲謹，不大無忌；必以爲惟吾駕馭，不知不可駕馭，則不可收拾矣。
陛下登極以來，公卿台谏累累罷歸，緻在位者無固志。不于此稱孤立，乃以去一近侍爲孤立耶？今魏忠賢不法狀，廷臣已發露無餘，陛下若不早斷，彼形見勢窮，複何顧忌。魏忠賢必不肯收其已縱之缰，而淨滌其腸胃；魏忠賢之私人，必不肯回其已往之棹，而默消其冰山。始猶與士大夫爲仇，繼将以至尊爲注。柴栅既固，毒螫誰何？不惟台谏折之不足，即幹戈取之亦難矣。”魏忠賢得疏愈恨。
萬燝既受廷杖（此節前書已述，不複述），又欲杖禦史林汝翥，諸言官詣閣争之。小珰數百人擁入閣中，攘臂肆罵，諸閣臣俯首不敢語。黃尊素厲聲曰“内閣絲綸地，即司禮非奉诏不敢至，若輩無禮至此！”小珰乃稍稍散去。無何，萬燝以創重卒。
黃尊素上言“大明律例，非叛逆十惡無死法。今以‘披肝瀝膽’之忠臣，竟殒于‘磨牙砺齒’之兇豎。此輩必欣欣相告，吾侪借天子威柄，可鞭笞百僚。後世有秉董狐筆，繼硃子（朱熹）《綱目》者，書曰‘某月某日，郎中萬燝以言事廷杖死’，豈不上累聖德哉！”
胡子睿認爲黃尊素在大明這樣一個人冶社會裏有法律意識，是難能可貴的；董狐乃是春秋時晉國的史官，趙穿嘗攻趙靈公于桃園。趙盾（宣子）未出山而複。太史書曰“趙盾弑其君”，以示于朝。宣子曰“不然。”對曰“子爲正卿，亡不越竟，反不讨賊，非子而誰？”，趙盾遂無言已對，孔子評曰“董狐古之良史也，書法不隐。”後人嘗用董狐直筆來形容史官剛直，堅持原則。
黃尊素又拿一些當時公認的奸邪之人來舉例“進廷杖之說者，必曰祖制，不知二正之世，王振、劉瑾爲之；世祖、神宗之朝，張璁、嚴嵩爲之。奸人欲有所逞，憚忠臣義士掣其肘，必借廷杖以快其私，使人主蒙拒谏之名，己受乘權之實，而仁賢且有抱蔓之形。于是乎爲所欲爲，莫有顧忌，而禍即移之國家。萬燝今已矣，辱士殺士，漸不可開。乞複故官，破格賜恤，俾遺孤得扶榇還鄉，萬燝死且不朽。”疏入，益忤魏忠賢意。
八月，河南進玉玺。魏忠賢欲侈其事，命由大明門進，行受玺禮，百僚表賀。黃尊素上言“昔宋哲宗得玺，蔡确等競言祥瑞，改年元符，宋祚卒不競；本朝弘治時，陝西獻玉玺，止令取進，給賞五金。此祖宗故事，宜從。”事獲中止。天啓五年春，遣視陝西茶馬。甫出都，逆黨曹欽程劾其專擊善類，助高攀龍、魏大中虐焰，遂削籍。
黃尊素謇谔敢言，尤有深識遠慮。初入台，鄒元标實援之，即進規曰“都門非講學地，徐文貞已叢議于前矣。”鄒元标不能用。楊漣将擊魏忠賢，魏大中以告，黃尊素曰“除君側者，必有内援。楊公有之乎？一不中，吾侪無噍類矣。”萬燝死，黃尊素諷楊漣去，楊漣不從，卒及于禍。魏大中将劾魏廣微，黃尊素曰“魏廣微，小人之包羞者也，攻之急，則挺而走險矣。。”魏大中不從，魏廣微益合于魏忠賢，以興大難。