奕譞把果興阿劫奪肅順這個壞消息帶回北京之前，皇太後和恭親王已經忙的腳不沾地了，因爲擺在他們面前擺着組成一套新的政府班子這個當務之急。他們得完成對權力的重新分配，并且及時接收八大臣的權力，以免形成權力真空。

顧命八大臣全部去職，軍機處原來的五個組成人員中，除了一個文祥外，就有四個在顧命大臣之列，所以作爲中央政府的行政中樞，此時的軍機處事實上已經癱瘓。當然人事安排的根本原則是早就定了的，那就是這個新政府班子必須是以恭親王爲首的，這也是慈禧太後與恭親王之間的“交易”所在——恭王既已實現諾言，全力将顧命八大臣以及他們所代表的制度推翻，把兩宮太後扶上垂簾聽政的寶座。現在“革命成功”了，就該兩宮皇太後來兌現自己的承諾了。

因此恭親王無可争議的成爲了新政府的首腦，也就是俗稱的“軍機領班”。但光是個“軍機領班”，也還不足以“酬庸”他的勞績，于是又想出個名目，那就是“加授議政王”，以示皇太後皇帝對恭親王的“倚重之深”。

爲什麽不直接封個“攝政王”呢？因爲大清世祖章皇帝順治即位之初，他的十四叔多爾衮就封的是攝政王，後來還嫌不過瘾，幹脆來了個“皇父攝政王”。奕欣沒當上攝政王有兩個原因，第一個原因正是考慮到多爾衮的前車之鑒，多爾衮雖然權傾一時，是個真正的“無冕之皇”，但其身後的下場卻實在不太好。他剛死的時候甚至被追尊爲“成宗義皇帝”，可是僅僅一個月後，他就遭到順治皇帝的徹底“清算”——不但廢黜剛給他的皇帝尊号（含廟号、谥号），還被削去原有睿親王的封爵，甚至黜去愛新覺羅的宗籍，貶爲庶人。直到乾隆年間，才被部分“平反”。有這樣一個“攝政王”的先例在，恭親王自己就無論如何不會對“攝政王”三個字感興趣。還有一個原因，“攝”者“代”也，攝政王就是代行天子之權。如今皇太後既然臨朝聽政，代行天子之權的自然就是皇太後了，因此恭親王也隻能“議政”，不能攝政。

不過此時兩宮皇太後、尤其是慈禧太後，對朝廷的人事并不熟悉，幾乎就是“睜眼瞎”，想插手也無從下手。滿朝文武誰的資曆背景怎樣，誰的德行才能怎樣，她都不了解。内閣奉上谕所宣布的這個軍機處新班子組成名單，完全是由恭親王一手拟定的。分别是加授議政王在軍機處行走，和碩恭親王奕欣、太子太保文華殿大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、戶部右侍郎寶鋆、戶部左侍郎文祥、鴻胪寺少卿曹毓瑛，一直蹦達的很歡實的周祖培，因爲根本不是奕欣的人馬，被排除在了名單之外。

慈禧太後對這個名單很不滿意，不過也是沒有辦法，總不能把肅順再弄回來。因爲這六個人中，把恭親王除外，起碼有四個人一眼就能看出與恭王的密切關系。首先打頭一個的文華殿大學士桂良，他就是恭親王的老丈人。唯一一個由“舊班子”留任的文祥，則跟桂良同旗同族。文祥雖然也是旗人中極其少見的能員，但此時受到重用，卻一定是出于桂良的引薦無疑，而且對付果興阿的主意都是他出的，明顯早就和恭親王有默契。再一個寶鋆，這個人好像沒什麽本事，但他跟恭王的私交非常的好，好到可以在大庭廣衆之下随便開玩笑的地步。至于曹毓瑛，還在承德當軍機章京的時候，就與恭王有機密書信往來，爲政變的成功立下汗馬功勞，明顯是奕欣安排在軍機處的卧底。此時恭王論功行賞，就讓他取代原來“肅黨”的焦佑瀛，成了“打簾子軍機”。最後就剩下一個沈兆霖，身份還算是比較“中立”的，不過背地裏是不是奕欣的人也很不好說。

奕譞把果興阿攙和進來的消息帶回了北京之後，兩宮和奕欣還真慌亂了一陣，但也很快穩了下來。等慈禧和奕欣對如何應該果興阿已經有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之勢，開始了對七個“階下囚”和一個在逃犯的徹底清算，一點也不拖泥帶水。鹹豐十一年十月初二日，肅順還和果興阿在河西務矯情的時候，慈禧和奕欣便谕令熱河都統春佑，将肅順在熱河的财産“密速查抄”，“毋令稍有隐匿”，同時再傳谕将肅順“在京家産，着即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”，這還隻是第一步。

第二天，就由内閣牽頭，恭親王親自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府開會讨論對顧命八臣的處置。載垣、端華、肅順三人都系愛新覺羅家族的近支親貴，也就是“宗人”，因此，若按律處置，這個會議應該有宗人府官員參加。但載垣被捕前是宗人府“宗令”，也就是皇族的族長，兩宮和奕欣爲“公正起見”，所以未令宗人府與會。

由于要處置的畢竟是大行鹹豐皇帝臨終顧命之臣，因此幾乎所有當朝重臣都參與了這個“曆史性”的會議。惟其如此，定罪和處分也久議不決。主要大概有兩種意見：一種意見是主張持重，這部分人中有的是顧及祖制和大行皇帝遺命，因爲無論八臣怎麽跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝屍骨未寒，就要殺托孤之臣，不但于心不忍，而且也顯得繼位的嗣君絲毫不給皇考大行皇帝留餘地，不是爲繼者之道。

有的則是念及爲首的載垣、端華二人乃是世襲罔替的“鐵帽子王”，符合朝廷“議親議貴”之條，況且清朝開國至今，還沒有公開殺“鐵帽子王”的先例。當然也有人頗能對肅順看法持平，認爲他雖然狂悖跋扈、目中無人，但對朝廷的莫大貢獻也是有目共睹的。尤其是他一手維持的、以曾國藩爲統帥的湘軍，剛剛從太平天國手裏奪下長江第一重鎮安慶。安慶是太平天國首都南京的最後一道屏障，奪回安慶，則打下南京也就是指顧間的事了。此正當肅順功勞彰顯的時候，卻被處以極刑，難免會讓局外人想起“兔死狗烹、鳥盡弓藏”的話來。也說不定就會寒了前方浴血奮戰的湘軍将領的心，再激出什麽意想不到的變故，局面就真的不好收拾了。而且要處置顧命大臣這樣的重臣，不征求曾國藩等前方重要疆臣的意見，也實在很難說得過去。更要命的是這裏面還攪和了一個果興阿，固安軍陳兵京畿，随時都有可能動武兵谏，處置肅順也不得不考慮果興阿的态度。當然這樣的意見，此時也隻是腹诽而已，當此情勢，是無論如何不能拿到桌面上去講的，否則就會有“附逆”之嫌。總之這部分人是主張從輕處罰的。

還有一種意見則是主張對顧命八臣、尤其是對載垣、端華、肅順三人，進行嚴厲處置。這部分人中大多數是不滿肅順等人的跋扈，當然也有些人是揣摩到慈禧太後和恭親王有必欲置肅順于死地的意思，“聞風希旨”，拍皇太後和恭親王的馬屁，對肅順落井下石。更有一種人是公報私仇的，肅順爲政的風格嚴厲，得罪了很多人。鹹豐八年，肅順處理“順天科場舞弊案”時，就曾經堅持殺了當時的文淵閣大學士、軍機大臣柏葰，柏葰的門生故吏衆多，這些人當然對肅順恨之入骨，比如參加這個會議的刑部尚書趙光，就是柏葰的門生。刑部掌管“秋曹”，所以趙光的意見當然至關重要，他強硬堅持要殺掉肅順，爲他老師報仇的意思，幾乎是盡人皆知的。而主持會議的恭親王以及大多數王公大臣都并不反對，那些隐隐爲肅順抱屈的人，也就無可奈何了。所以會議的結果，是給載垣、端華、肅順三人拟了個淩遲處死的處分，也就是老百姓通常說的“千刀萬剮”。其餘景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛諸人，皆拟革職，并發往新疆效力贖罪。

恭親王将這次中央政府各部門聯席會議的結果上奏後，兩宮皇太後立即批準，并正式頒布上谕，公告天下。因大清有一個不成文的規矩，就是曆來臣下所拟的給犯罪大臣的處罰，都要比最後該大臣所得到的實際處罰要重。以便于皇帝在做最終裁定的時候，“充好人”來減刑，以示“皇恩浩蕩”，而且“恩出自上”。對顧命八臣的處罰就是玩的這個把戲，原來會議給載垣、端華、肅順三人拟的都是淩遲處死，現在“加恩”改爲載垣、端華自盡，肅順斬立決。給景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛拟的都是發往新疆效力，現在也“加恩”改爲景壽僅僅革職，仍留公爵和額驸品級。其餘四人中，也僅穆蔭改爲發往軍台效力贖罪，其餘三人均免其發遣。

其實這道上谕對八臣的處置，很有些門道，最倒黴的莫過于載垣、端華二人，他們本可以不死。因爲這兩人都是世襲罔替的鐵帽子王，大清開國至今，還沒有殺鐵帽子王的先例，爲“國體起見”，也應該赦其死罪。而且端華直到被捕前都還兼着鑲藍旗的旗主，處置稍有纰漏，清朝統治的根基——滿洲八旗都可能會有分裂之虞。但慈禧太後與恭親王既執意要置肅順于死地，就不能不殺載垣、端華二人，因爲在顧命八臣中，他們的排名在肅順之前，如果免了他二人的殺身之禍，肅順也就斷無死理，所以載垣、端華二人實在是受了肅順的拖累。

還有一個既倒黴又幸運的人物，就是景壽。說他倒黴，是因爲他是個老實人，自己本沒有什麽主見，這個顧命大臣的職位，純粹是被肅順拉來湊數的，簡直就是個“冤大頭”。拉他湊數的目的，既是爲了平衡近支宗室不在顧命之列的缺陷，又是爲了掩蓋肅順獨攬大權的事實，因爲他是恭親王同母的嫡親妹夫。可以說當初他是糊裏糊塗的當上顧命大臣，現在又糊裏糊塗的跟着受了處罰。但也正因爲他是恭王妹夫的身份，所以相對來講他也很幸運，因爲慈禧太後與恭親王自然會對他網開一面，因此在八臣中他所受的處罰最輕。

還有一個倒黴的，就是位列軍機大臣之首的兵部尚書穆蔭了。此人爲官頗爲謹慎懦弱，但惟其謹慎懦弱，才以軍機大臣領班的身份，被肅順一路挾持。雖然上谕中也承認他是受到肅順等人的“鉗制”，因而“有難于争衡之勢”，認爲“其不能振作，尚有可原”。但因他是軍機大臣之首的身份，對肅順的所作所爲負有“不可推卸的責任”，所以被發往軍台效力贖罪。

顧命八大臣中最幸運的一個，當數杜翰了。杜翰的才具并不在肅順之下，在八大臣中的實際地位也僅次于肅順，肅順的很多主張其實都出自他的謀劃。按理他也應該是個“斬監候”的罪名，至少也應該是個充軍的處分。但他的父親是鹹豐皇帝的師傅杜受田，所以在皇太後無論如何，都不能重懲于他。鹹豐皇帝當年之所以能戰勝六弟恭親王登上皇位，杜受田厥功至偉，所以鹹豐皇帝待“杜師傅”極厚。如今在兩宮太後、尤其是性格忠厚的慈安皇太後，念及“杜師傅”對大行皇帝的恩德，推恩及子，自然不忍治杜翰以重罪。而在恭親王，爲了避免給人以“打擊其子以報複其父”的印象，自然也不敢重懲杜翰。所以杜受田澤及子孫，杜翰算是“不幸中的萬幸”了。

其實還有兩個隐藏的幸運兒，就是匡源和焦佑瀛。兩人之所以獲罪不重，僅隻革職，并不是慈禧太後與恭親王仁慈，而是多少沾了景壽、杜翰兩人的光。因爲如果要重治他們，則景壽與杜翰就無論如何說不過去。

上谕明發，公告天下，已經在押的七人立即執行，潛逃的肅順則在捕獲後再行正法。與八大臣的懲處一起發布的，還有對果興阿的處置，果興阿成了叛逆，固安軍成了叛軍。而且果興阿的罪過比八大臣還大，直接被定性成了造反。上谕中沒有一句要果興阿迷途知返的話，反而要求各地兵馬，立即剿滅固安軍。