朝廷對于自己的雲南改革大計，已經頒布了聖旨，并賜予了予殺予奪的尚方寶劍，明确了雲南宣撫使在雲南境内擁有民事、政經、軍隊體制改革的無上權力，也賦予了随時任免官員，甚至生殺予奪的特權。
所以說，雲南各方面改革的阻力已經基本消失，現在正是李翊大展拳腳的最佳時候。
但任何改革都應該自上而下，先從政制改起，否則的話，沒有制度的保證，改革就不能深入進行下去，改革成果也固定不下來。
相對應的，改革的風險就會很大，老百姓就會産生懷疑，甚至不敢參與進來。這樣一來，沒有老百姓參與的改革，就不會是徹底的改革，也永遠不會見到真正的成效。
所以，李翊在和林易、簡铮、鄭文重、錢士塘、何守傑等文武智囊通盤考慮後，決定先從雲南的政制入手，以官員的職務層級和職權劃分爲先導，理清各級官員的職責所。
制定官員任免考核制度，完善舉薦、選拔、任用制度，相應的增加一些有利于經濟建設的職能部門，爲經濟改革提供指導和幫助，并加以嚴格監管，杜絕經濟犯罪活動。
首先，把政制改革劃分爲兩大系統，職權劃分系統和職官品級系統。
雲南轄下共計一州六縣，分别是甯州、東川縣、會澤縣、宣縣、盤縣、富源縣、陸良縣。三關分别爲白霧關、平陽關、越州衛，七個巡檢司分别是富源煤礦巡檢司、湯丹銅礦巡檢司、勝境關巡檢司、寶山關巡檢司、馬街巡檢司、漕運巡檢司，另外新設的響水壩巡檢司是林錦正在建設的響水壩水庫所在地。
雲南宣撫使府是雲南的最高行政機構，負責管理雲南一州六縣的民事、政事、軍事、稅收、商貿等所有事務。
以雲南宣撫使爲最高長官，下設宣撫使府主簿、都押衙、錄事參軍事、掌書記、六曹參軍、文學博士、醫學博士，以及其他主事、從事、執事人等。主簿由林易擔任，品級正六品，全面負責宣撫使府的命令拟就、審核、下達，并對其他官員的考核、任免進行管理。
宣撫使府掌書記由東方荊擔任，品級從七品，協助林易處理宣撫使府事務。
都押衙由郭準擔任，品級正七品，全面負責宣撫使府的安全保衛工作，下轄前衙、後衙校尉、副尉，分别由連駿、勒蒙、南方、郭小雙擔任，品級分别爲從八品和正九品，全部親兵編制爲三百六十人。
錄事參軍事由何守傑擔任，品級正七品，全面負責六曹事務，并兼管各級官員的監察事務。
六曹參軍分别爲司士參軍林錦，品級正八品，掌管河津、道路、橋梁、官府房舍建造、修繕事務；司功參軍蕭會，品級正八品，掌官員、考課、祭祀、禮樂、學校、選舉、表疏、醫筮、喪葬等事；司法參軍仇封，品級正八品，掌管民事糾紛、官司、訴訟、刑獄事務；司倉參軍向忠，品級正八品，掌管勳官、俸祿、倉房、馬匹、器具等管理事務；司兵參軍孫成業，品級正八品，掌管軍隊武官任免、邊境防備、招納、訓練士卒、兵器制造、發放等事務；司戶參軍江華，品級正八品，掌管人口、戶籍、賦稅、營田、水利、征收歸倉等事務。
文學博士袁國策，品級正八品，全面負責雲南教育、教學事務，下設的雲南政經堂堂正陸伯平，品級從八品，負責雲南最高學府—雲南政經堂的教學任務。
醫學博士楊樂泉，品級正八品，全面負責雲南的醫『藥』管理、防疫、防病等事務，下設雲南醫學館和雲南醫『藥』局，醫學館負責防病治病和防疫工作，而醫『藥』局負責『藥』劑制作、發放、銷售工作。
白霧關、平陽關、越州衛三關防禦使分别爲張勃、殷權、成迅，品級均爲正七品，下設防禦副使，品級從七品，其中平陽關防禦副使爲衛荊。各關防編制爲，白霧關一千人，平陽關一千二百人，越州衛八百人。
另外每個關防下設中軍校尉，品級從八品，負責防禦使的安全保衛，人員考核、軍務督查工作；警戒校尉、左軍校尉、右軍校尉、前鋒校尉均爲正九品，負責警戒、防衛、指揮作戰工作；行軍校尉也爲正九品，負責後勤保障、軍器運輸、保管、分發任務。
甯州大營都指揮使由甯州馬步軍都指揮使簡铮兼任，下設樸刀營、騎兵營、後勤營，人員編制共計一千三百六十人人。其中樸刀營和騎兵營各五百人。
後勤營指揮使由李會擔任，品級從七品，人員編制三百六十人，戰時可随時征集人手補充，負責辎重補給、糧草運輸、軍器修造補充等工作。
新設立義警營，其主官義警指揮使由原騎兵校尉趙範擔任，品級正八品，負責訓練鄉勇、民兵，指揮、部署、協助鄉裏維護治安、緝捕盜賊。人員主要從各縣鄉抽調精壯男丁，常備兵員隻有二百三十人，必要時随時可以征集。
在宣撫使府之外，由宣撫使直轄雲南轉運司，其主官雲南轉運使鄭文重，品級正五品，全面負責雲南的鹽鐵、度支、漕運、煤礦等事務，下轄漕運巡檢司和煤礦巡檢司，漕運巡檢使由鄭文重兼任，巡檢副使由嶽維擔任，品級正八品，負責漕運安全護衛、要津防守和檢查、維護工作，軍卒編制三百六十人。
煤礦巡檢使由已經裁撤的原平陽巡檢使廉永擔任，品級正八品，人員編制二百四十人。其他的四個巡檢司人員編制均爲二百人。
甯州事務全面由甯州通判錢士塘負責，品級從五品，下設甯州主簿，由鍾續擔任，品級從七品，協助錢士塘管理甯州民事、财賦事務。另外，甯州下設六曹佐吏，在甯州管轄範圍内職權與宣撫使府六曹參軍相同，級别略低。