魏忠賢雖然死了，但這場震撼整個大明官場的地震還遠遠沒有結束。不論是朝中還是地方官員，很快就分爲泾渭分明的兩派。
一派以内閣閣臣黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國普爲首，他們或本身就是閹黨，或與閹黨過從甚密，都怕崇祯對閹黨窮追不舍，算賬算到自己頭上。因此一方面玩命地揭發魏忠賢的各種不法行爲，竭力與魏忠賢撇清關系；另一方面對崇祯明令逮捕的“五虎”田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥，以及“五彪”田爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊寰、崔應元等人暗中維護。因爲這些人都是閹黨中與魏忠賢關系最密、爲禍最烈者，如果他們都能從輕發落，那自己就更容易蒙混過關了。
尤其是負責會審這些犯人的刑部、大理寺和都察院這“三法司”，很多官員自己就是閹黨，審起案來自是避重就輕，并且将大部分罪責都歸于死鬼魏忠賢，對五虎、五彪等人則頗有維護之意。
第一輪審訊完畢，三法司僅将田爾耕、許顯純二人問成了充軍、籍家之罪，孫雲鶴、楊寰、崔應元削職爲民永不叙用。至于田吉等“五虎”，則僅僅是罷官了事。
而另一派官員，則是與閹黨無甚瓜葛，甚至是前幾年受到閹黨打壓的東林黨人。他們很想借着這個機會，将攀附閹黨的齊黨、楚黨、浙黨等政治勢力統統連根拔起，恢複東林黨昔日的輝煌。因此他們堅決主張嚴審欽犯，并且不停地上疏參劾其他閹黨成員，上至首輔，下至國子監的監生，凡是與閹黨沾點邊的，無不在他們的參劾之列。
在這場你死我活的鬥争中，崇祯皇帝的态度無疑起着至關重要的作用。但令很多人感到不解的是，皇帝似乎并不急于處置閹黨成員。除了五虎五彪，朱由檢并未再逮捕其他閹黨，甚至就連魏忠賢的侄子魏良卿也好好地呆在府中。
這時京師的大街小巷上已經在紛傳，說崇祯此次進京，倒有一多半是因爲魏良卿要娶郡主朱存棋。而朱存棋早是崇祯的意中人，崇祯理應對魏良卿有“奪妻之恨”。就這樣都不重責魏良卿，說明皇帝生性仁慈，無意将所有閹黨大臣一網打盡。
外界猜測紛紛，朱由檢卻不爲所動，仍按照自己的節奏，傳出一道道看似各不相關、實則環環相扣的聖旨。
首先，他宣布爲“東林六君子”平反，并立即命燕淩趕至河南幾人的隐居之地，将六人請回京師。
這下真是滿朝大嘩，誰都以爲楊漣、左光鬥等人已經死在錦衣衛诏獄裏了，哪料想是被當時還是信王的朱由檢秘密救出？隻憑這一件事，很多人就斷定，皇帝是絕不會輕饒閹黨的。
第二，朱由檢令各地搗毀爲魏忠賢立的“生祠”，但對當時提議修祠之人則不予嚴懲，隻要求誰最先提出動議的，修祠花了多少銀子，現在得個人掏腰包，将雙倍的罰銀交入國庫。
這下又讓閹黨中人覺得皇帝還是打算高擡貴手，幾個銀子他們還是掏得起的，于是紛紛認罰。就連遼東巡撫袁崇煥，當年迫于魏忠賢的銀威，不得不違心地在甯遠立了生祠；此時也隻好上表請罪，并乖乖地交了幾千兩銀子的罰款。
第三，朱由檢令各地守備太監、鎮守太監、監軍太監回京述職，并重新進行任命。這些太監裏有不少是魏忠賢的死黨，比如南京守備太監管甯，一聽魏忠賢死了，都沒等朱由檢下旨，直接棄鎮逃跑，不知所蹤。其他黨附魏忠賢的太監也人心惶惶，但又不敢不回京師，隻得硬着頭皮啓程。
當然也有些太監覺得自己和魏忠賢關系不大，這次可是個獲得皇帝重用的好機會。因此有的人還沒到京師，就開始暗中活動，讓一些無恥的官員編造一些自己的“德政”，以圖博得崇祯的好感。如果能混進司禮監，那就更妙不可言了。
第四，朱由檢宣布五虎五彪之案尚未審清，将擇日在京師最熱鬧的正陽門外天橋上進行公審，并且皇帝親自主審！
這下又是滿朝大嘩，一方面，皇帝這道旨意等于徹底否定了“三法司”的審判和量刑，讓閹黨中人惶恐至極；另一方面，皇帝親自主審，還是在宮外的天橋上公審，這簡直聞所未聞！
因此，很多大臣紛紛上疏勸阻朱由檢，不單是閹黨，也包括一些中立派和東林黨，合計竟有四五十人之多，帶頭的則是内閣的四位輔臣。理由則完全相同：不合禮制。
第二天，朱由檢以一道極其簡短的的聖旨，幹淨利落地向衆人做出了回答。這道聖旨隻有五個字：“聽朕獨斷行！”
聖旨一出，黃立極做爲首輔的面子可有些挂不住了。他覺得如果真是皇帝獨斷獨行，還要内閣輔臣幹什麽？持有這種想法也不止他一個，黃立極與其他幾位閣臣，以及六部官員商議過後，行使了“封駁”之權，竟把朱由檢這道聖旨給退了回去。
朱由檢也吃了一驚，他原本以爲自己當了皇帝，群臣自然要百依百順。沒想到内閣還有這麽大的權力，竟連聖旨也能退還！
後來他從《皇明祖訓》中查到，原來這“封駁”制度古已有之，明代同樣繼承下來。其本意是“凡制敕有不便于時者，得封奏之”，說白了就是皇帝的聖旨如果出于一時沖動，或者實在不靠譜，内閣可以将其退回，讓皇帝再慎重考慮一次。
這樣看來，這項制度還是有它存在的必要，因爲皇帝也難免有犯錯之時，這等于給了皇帝一次糾錯的機會。而且最關鍵的是，如果皇帝心意已決，即使“封駁”了，皇帝還可以再次降旨，這時内閣再“封駁”，那就是抗旨不遵了。
明白了這一節，朱由檢當即把聖旨原樣發回内閣，仍是“聽朕獨斷行”五個大字。
黃立極看罷覺得腦袋嗡嗡作響，已知這位年輕的皇帝看似話不太多，卻是極有主見，親自公審這件事怕是難以更改了。但抱着最後的一線希望，他又上奏稱自己年老體衰，票拟太多力不從心，懇請辭官回鄉養老。
這一招“以退爲進”也是内閣大臣經常用的，而且屢試不爽，皇帝一般總會挽留。因爲内閣負責票拟，簡單說就是替皇帝做出決策，皇帝隻需點頭同意就行了。國事繁重，沒了閣臣的輔助，皇帝一個人哪能忙得過來？因此黃立極将奏折遞上去後，還是有所期待的，心想就算皇帝不改初衷，怎麽也得對自己安慰幾句，他這個首輔也就在朝臣面前賺足面子了。
哪知聖旨很快再次傳來，這次更簡單，隻有兩個字：“準奏！”