擴建京師，是明朝開國以來罕有的大工程，其工程量恐怕也僅有太祖朱元璋築金陵、成祖朱棣建京師，以及曆代修葺長城能與之比肩。如此浩大的工程，即使朱由檢不惜内帑，仍然會遇到各種各樣的困難。
首先就是工人。築城既是技術活又是力氣活，除了有專業的匠戶對質量把關以外，還需要大量的民伕。民伕自然是從徭役中來，但京師百姓雖多，卻已經承擔了各種各樣的徭役，根本擠不出多少人手來築城。
第二則是土方與城磚。新規劃的外城周長百裏，牆高三丈，内層爲版築夯土牆，外層包覆城磚。所謂版築，即是以木闆爲模，内填粘土灰石，每個夯層厚一尺，層層用土夯實。底端牆基最寬處達七丈二尺，頂端也有三四丈寬，其土方量可想而知。
而夯土層外包覆的城磚就更難了。以往不論是築長城還是築京師外城，所用城磚都是從全國各地的官窯發來。城磚有嚴格的規制，生産緩慢，成品率極低，一塊磚從開始和泥到最終壘到城牆上，往往需要半年甚至更長的時間。此次擴建京師，至少也需要數百萬塊城磚，這簡直就是個天文數字。
第三是後勤服務。若想盡快竣工，就得發動至少數萬民伕同時築城。先不說這些民伕從哪來，即使真湊夠了這麽多人，民伕又不是機器人，總要吃喝拉撒睡，這麽多人的基本需求如何解決？土方和城磚又如何運輸？按照工部官員的估算，平均每一名築城的民伕，需要有二到三人爲他提供服務，這些服務人員又從哪來？對此工部既一籌莫展，又有些幸災樂禍，心想可不是我們不幹活，而是這活根本沒法幹，你皇帝有本事自己築城去。
但是朱由檢既然決定擴建京師，就早已經想好了這些問題的應對之策。對于負責技術的匠戶，本身京師就是匠戶雲集之地，戚美鳳從西安赴京之時，也把大多數工匠一起帶來了，技術力量是不成問題的。
而築城需要的大量民伕，朱由檢決定不另開徭役征人，而是采用募工的方法。他并沒有像泾陽縣那樣直接廢除徭役，因爲這個題目可太大了，可謂牽一發而動全身，現在的局勢還不允許做這樣劇烈的改革。
那麽，在大多數老百姓都有徭役在身的情況下，如果再開徭役，一則也征不上來多少人，二則凡是服徭役的，都是出工不出力，能偷懶就偷懶，肯定會延誤工期。
而募工雖然要額外支付工錢，但工人是賣力氣掙錢養家，積極性自然會高很多。朱由檢算了一筆帳：假如有五萬募工同時勞作，即使按照當時在秦王莊實行的較高标準，一個工人月新也就是三五兩銀子，五萬人就是十幾萬兩。朱由檢希望工程能在冬季上凍之前結束，那麽僅需八個月，最多二百萬兩銀子就足夠了。更何況他會實行計件工資、多勞多得，實際支出的銀子也未必有這麽多。
除去募工之外，朱由檢還有兩大免費的勞動力來源，那就是流民和被俘的蒙古人。
京師向來是流民彙聚之地，當年還是甯王的朱由檢正是因爲救助無法入城的流民，才逐漸走上了對抗魏忠賢的道路。如今各地連年大災，民不聊生，京師附近的流民至少也就幾萬。隻要能把這些流民組織起來，給他們提供最基本的飲食和住處，實行“以工代赈”，既可以得到至少上萬免費勞動力，又消除了不穩定因素，可謂一舉兩得。
至于在包克圖一役中擒獲的蒙古鄂爾多斯部數萬俘虜，朱由檢就沒打算對他們客氣了。他們是标準的戰俘，按理說應該全部殺掉，朱由檢沒殺他們，而隻是讓他們做苦工贖罪，已經是格外優待了。
之前這些蒙古人分散在鄜州、固原、慶陽、隴州等地，在秦兵的嚴密監管下屯田。現在屯田初具規模，已經不需要這麽多人賣苦力了，而朱由檢是絕對不會讓他們閑下來白吃白喝的。
他立即向陝西巡撫孫傳庭和延綏巡撫周延儒飛鴿傳書，要他們選派軍士，将那些身強力壯的蒙古人押解到京師來。至于老弱婦孺，則仍留在原地屯田，對來京師的蒙古人也能起到一個牽制的作用。
土方和城磚的問題也不難解決。從一開始，朱由檢就沒打算從全國各地磚窯往京師送城磚，那也太麻煩了。磚也是土燒的，完全可以就地取材嘛！
朱由檢的方案堪稱野心勃勃，那便是沿着規劃的京師外城牆，在外面挖一道寬約數十丈的超大護城河，挖出來的土正好用于築城。
對于城磚，正所謂工欲善其事，必先利其器，朱由檢的做法不是運輸城磚，而是把全國各地的匠戶集中到京師來，在這裏建造幾十座磚窯，晝夜燒制城磚。雖然匠戶來京和建造磚窯需要一段時間，但無論如何也比傻乎乎地運輸城磚省事多了。
惟一比較棘手的就是後勤問題，再說簡單點就是糧食問題。不管是匠戶、募工還是流民、蒙古人，餓着肚子幹活肯定是不成的。但是京師糧食本來就緊張，如今要一下子提供十餘萬人的糧食，這也完全超出了戶部的能力。
而且南糧北上，主要經過京杭大運河。可京杭大運河到通州就終止了，從通州到京師的運河通惠河因爲年久失修，已經漸漸淤塞，運糧的大船無法通航，隻能走陸路從通州運至京師。就算朱由檢肯花内帑銀大量購糧，這糧食能不能及時運到，也是一個很大的問題。
但是開弓沒有回頭箭，工程既然已經開始，就是再大的困難也得克服。朱由檢一咬牙一狠心，又做出一個重大決定：疏浚通惠河，讓大運河直抵京師！
滿朝文武正被皇帝頻施的大手筆搞得眼花缭亂，朱由檢又做出了一個新決定。可讓他想不到的是，這件看似比築城開河簡單得多的事，卻遭遇了前所未有的阻力…
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