締結了條約，若昂也就沒必要在京師多待下去了，當天他就提出要馬上返回印度果阿，調集各殖民地的所有葡萄牙軍隊後打回本土。
朱由檢對若昂也極盡禮遇，親自将他送至天津大沽。當然爲了避免群臣議論，他的此次出行是打着視察天津海防的幌子，送若昂隻算順道。天津距京師隻有二百餘裏，快馬當天就可打個來回，因此内閣倒沒阻攔，隻是派錢龍錫、李标、來宗道等閣臣跟随，防止皇帝又偷着跑去前線。
路上無話，很快一行就來到大沽港。衆人舉目向碼頭眺望，隻見港口中靜靜地停泊着四艘大型三桅帆船，每艘船的側舷都有上下兩排、每排十二個炮位，炮位上伸出黑洞洞的艦載炮炮口，威風凜凜地指向海面。船首和艦尾還各有一門更大的主炮，口徑比官軍守城用的紅夷大炮還大，這就是葡萄牙海軍的四艘戰列艦了。
和這四艘排水量均達到八百噸的龐然大物相比，天津衛的水師船隻最大也隻有四百料，折算成排水量也就是幾十噸，仿佛小孩的玩具船一般，根本不在一個重量級上。李标與來宗道本來對葡萄牙使團頗爲不屑，認爲此等蠻夷小國，根本不值得皇帝大張旗鼓地隆重接待。此時看到葡萄牙海軍的戰艦，也全都傻了眼，情知以朝廷現有的水師，實在是萬不能及。
朱由檢急忙問道：“不知道國王閣下把哪艘戰艦租給朕？”
若昂笑道：“這四艘都是恩裏克級戰列艦，排水量八百噸，配備兩門二十倍口徑主炮，以及四十八門側舷炮。它們的名字分别是裏斯本号、波爾圖号、法魯号和安娜公主号，都是葡萄牙海軍的主力戰艦。裏斯本号是我的旗艦，其他三艘，陛下可以任意挑選。”
這時安娜笑着插話道：“既然哥哥把我留在了中國，那就請皇帝陛下挑選這艘以我的名字命名的戰列艦吧，我們也可以做個伴！”
衆人哈哈大笑，于是馬上舉行交接儀式，朱由檢付給葡萄牙人一年的租金五萬兩白銀，若昂則除了水手以外，将“安娜公主号”完整地交到朱由檢手中。
朱由檢立即讓學成歸來的鄭森等水手接管戰艦，并與幾位閣臣登上“安娜公主号”起錨出航，爲葡萄牙使團送行。借助帶着鹹味的海風，三根主桅上的巨大白帆全部揚起，在海面上投下美麗的倒影，幾位閣臣也忍不住交口稱贊。
朱由檢手扶船舷深深呼吸，心情亦是激動不已。遙想當年，鄭和曾經率領着比今天規模還要大得多的船隊六下西洋，那是何等壯觀！可惜後來實行“片闆不得下海”的閉關鎖國政策，硬生生自廢武功，才導緻中國錯過了絕佳的發展機遇。如今，大明又重新擁有了遠洋航行的能力，朱由檢相信總有一天，中國的戰艦和商船定會揚帆七海，不輸給世界上任何一個海洋強國！
另外三艘葡萄牙戰列艦漸行漸遠，朱由檢身旁的安娜拼命向對面揮舞手臂，直到戰艦完全沒入海平線還久久凝望，滿臉掩飾不住的擔憂與失落之色。
朱由檢趕緊微笑着安慰她道：“公主閣下不必過于挂念親人，若昂是一位勇敢的國王，肯定會打敗西班牙人成功複國，你們兄妹應該很快就會重新見面。在這段時間裏，你就安心住在京師吧。”
安娜卻撇撇嘴辯駁道：“我是葡萄牙大使，怎麽能悠閑地住着。回京師以後，請皇帝陛下立即撥給我一塊土地，好讓我建造使館。另外我們已經商定，開辟廣州、杭州、登州、天津四地爲通商口岸，這四個港口我同樣要建領事館。在靠岸之前，我想抓緊時間休息一會兒，很多工作還等着我去做呢！”說着竟自顧自走進船艙了。
錢龍錫提醒朱由檢：“聖上，此人雖是女流，亦不可不防。若夷人利用使館之便刺探我國情報，對我國大爲不利。”
朱由檢颔首道：“這是難免的，即使沒有使館，外國同樣可以買通一些無恥的中國人做奸細，比使館裏的外國人更難防範。當然，與外國使節打交道一定要注意掌握分寸。所以朕才要設立外交院，專門負責相關事宜。”
送走了葡萄牙使團，朱由檢走馬觀花地視察了一下大沽防務，便匆匆返回京師，立即做出兩個重要的決定。
一是正式成立外交院，歸禮部管轄，由禮部侍郎徐光啓擔任第一任院長。其實朱由檢是很想按照現代國家的機構設置，成立一個**的外交部的，因爲外交實在太重要了。但政府機構改革牽一發而動全身，朱由檢也不得不慎重行事，先用這個外交院做個過渡，把工作幹起來再說。
外交院現階段的任務有兩個。第一個是盡快通知所有的藩屬國遣使觐見，朱由檢就可以借機審視大明對海外諸國的政策是否合适。
第二個就是組織人員下大力氣學習外語。像葡萄牙語、西班牙語、法語、英語、荷蘭語、俄語、日語、朝鮮語等，都要至少有五十人抓緊學習，爲培養外交人才做準備。甚至連蒙古語、女真語，也要有人去學，朱由檢雖然不打算和這樣的勢力發展任何形式的關系，但搞諜報工作和戰場上勸降總用得着吧。這項工作就由秋琳娜來負責，其實她就相當于兼任外國語學院的院長了。
第二個重要決定，就是組建北海艦隊。在此之前，朝廷各沿海衛所或多或少也都有點水上力量，但既分散，船隻、人員、裝備又都很差，根本不能适應作戰需要。
朱由檢第一步先讓鄭森擔任北海艦隊提督，并兼任“安娜公主号”艦長。艦隊的母港設在山海關，并在天津和登州興建造船廠，先對“安娜公主号”進行仿制，同時進行海軍訓練。後面朱由檢計劃把渤海附近各衛所的水師力量全部整合進北海艦隊，這樣就可以在短時間内形成初步的戰鬥力。
當然，海軍的建設可不是一朝一夕的事。朱由檢安排完這兩件事，又迅速将注意力轉到了國内的幾條戰線。