天啓六年冬，“闖王”高迎祥率大軍攻打潼關，在雒南被陝西巡撫孫傳庭伏擊，三萬多精銳騎兵被一舉擊潰，他本人則在身受重傷之後，被手下張二、黃龍殺死，首級獻給孫傳庭。雖然與前世的曆史不盡相同，但這位亂世枭雄的結局卻是殊途同歸。
朱由檢聞訊之後卻是喜憂參半。喜的是，沒想到西路叛軍這麽快就遭到毀滅性打擊。高迎祥一死，剩下的流賊群龍無首，必然大亂，關中地區的威脅自然解除，收複漢中地區也隻是時間問題。而消滅了西路叛軍，陝西的官軍就可以進入中原作戰，對平叛全局也極爲有利。
更讓他感到興奮的是，官軍的這場大勝仗，是完全建立在使用先進火器的基礎上。再加上地形有利，高迎祥的三萬多騎兵竟然被打得毫無還手之力，官軍的傷亡微乎其微。這個戰例說明，自己對軍隊改革的思路是完全正确的；對付流賊、叛軍還隻是開胃菜，下一步，就該輪到鞑子飽嘗大炮的滋味了！
而憂的是，高迎祥被殺死了，而不是被生擒。如果是别的流賊頭領，死就死了；可是高迎祥不同，他是名義上的各路流賊“大龍頭”，有很強的号召力。如果能生擒高迎祥，就可以拿他當範例，勸降其他流賊。雖然朱由檢沒指望其他流賊真能投降，但是隻要能把他們暫時穩住，朝廷就能集中兵力對付朱常洵父子，各地百姓也能少受一些傷害。
現在高迎祥死了，而且是被“叛徒”殺死，向朝廷賣賞了。李自成等流賊知道這個消息之後，肯定會把賬算到朝廷身上，變本加厲地作亂來爲高迎祥報仇。這樣一來，朱由檢也不得不做出一些緊急部署。
首先，要以最快的速度徹底收複漢中，解決高迎祥的餘部。現在李定國已經收複了商州，朱由檢命令他再接再厲，盡快收複興安州。
興安州就是前世的安康地區，這裏群山疊障，隔斷了漢中地區與湖北的聯系。根據張二、黃龍所述，高迎祥的部将顧君恩是要拉着這幫人去襄陽投奔白蓮教。那麽隻要卡死興安州，這麽多人想翻山越嶺到湖北去顯然十分困難，即使能過去一部分，也必然耗費時日，那時候中原的戰局早就大變了。
另外，爲了防止流賊竄入四川，朱由檢也早就做了安排。叛亂剛剛發生，他就用飛鴿傳書急召秦良玉返回四川，聯合各地土司扼守川陝之間的咽喉要道。尤其是劍閣，朱由檢讓秦良玉率領白杆兵親自駐守。劍閣地勢十分險要，易守難攻，隻要堵死劍閣，漢中的流賊就無法入川。
向東、向南都過不去，北面是孫傳庭的官軍，流賊更不敢去，那就隻有向西。而漢中的西面是甘肅，再向西是青海，都是人迹稀少的不毛之地。流賊要是去了那裏，無異于走上了一條死路，短期内朱由檢都不用再管他們了。
可是即使這樣，朱由檢對四川還是不放心。做爲一個穿越者，他自然知道四川實在是太重要了。一方面，她是中國真正的腹地，地理位置得天獨厚。比如日寇侵華，占領了祖國東部大部分領土，中國已經到了亡國的邊緣；然而四川卻巋然不動，保住了國家的元氣，獻出了大量的兵源和物資，爲赢得抗日戰争的最後勝利做出了巨大貢獻。
另一方面，四川還是西南地區的中心。在這個時代，朝廷對西南邊陲地區的控制能力很弱，雲貴一帶均有大量的土司，他們時附時叛，嚴重威脅着國家的安全，像剛剛被平定的永甯、水西土司之亂便是如此。另外還有西藏問題，隻要能騰出一點精力，朱由檢當然想盡快控制住西藏的局面。所以四川又是朝廷在西南發力的前沿陣地，絕對不容有失。
而且朱由檢還知道，在曆史上張獻忠的“大西軍”和清軍先後入蜀，到處燒殺搶掠，把個好好的四川殺得十室九空，人口銳減，以至于後來不得不“湖廣填四川”。這也從反面印證了四川絕對不能有半點閃失。
因此，朱由檢經過慎重考慮，用飛鴿傳書給身在秭歸的成基命下了一道旨意。自從襄陽脫身後，成基命和窦名望率領五百名騎兵一路退往夷陵，叛軍也一路跟了過來。由于兵力太少，窦名望根本無法與叛軍作戰，又怕被叛軍奪取峽江道，隻得退往四川，并且一把火燒絕棧道。這樣一來，叛軍自然不好入蜀，可是以後百姓出入四川也更難了。
這道聖旨讓成基命暫任四川、雲貴總督，統轄西南軍政大權。朱由檢之所以這麽做，是因爲成基命德高望重，又是東林黨的領袖人物，由他來協調西南各地事務，尤其是調動衛所官軍和督辦糧饷，受到的阻力可能會小一些。
畢竟四川“山高皇帝遠”，現在又不像幾個月前，李定國、李來亨率兵進去平叛，等于是救當地官紳的命，因此這幫人大體上還算支持。如今要讓這些人“放血”，他們肯定會像曾經的蜀王朱至澍一樣，千方百計推搪塞責。而讓成基命出面，東林黨本來就是代表官紳的利益，這些人怎麽也得賣他幾分面子。
當然，這隻是權宜之計，待叛亂平息之後，朱由檢肯定要對包括四川在内的地方軍政進行改革，現在隻能算是提前布局。成基命雖然是個好人，但東林黨與皇帝的矛盾是沒法解決的，朱由檢絕對不會讓他入閣，即使是這個“四川雲貴總督”，也是臨時性的，正式任命還需要廷推。到了廷推的時候，朱由檢如果不想讓成基命幹下去，辦法有的是。
陝西、漢中和四川的部署大抵如此。朱由檢已經給孫傳庭下了嚴令，要他收複漢中後，立即率兵出潼關與自己會合。叛軍的主力是洪承疇的“洪兵”，隻要把洪承疇徹底打垮，東路的李自成、張獻忠等“十三家”也會重新成爲流賊，朱常洵父子的末日也就不遠了。
湊巧的是，就在朱由檢下達這一系列部署的同時，洪承疇死守了多日的鄭州，終于被官軍攻破了！