毛文龍得意洋洋地向黃龍提出皮島有内奸，孰料黃龍微微一笑道：“毛将軍所指的，可是李登科、崔耀祖、王才等人？本兵察覺出他們有反意，已将他們拿下，幾天前解往登州了。”
毛文龍本想給黃龍來個下馬威，讓他知道皮島之兵可不是那麽好帶的。沒想到人家早解決了，而且除了王才以外，李登科、崔耀祖二人也是毛文龍當年重用的将領。這下毛文龍更覺臉上無光，隻好讪笑着問起具體經過。
黃龍倒沒有羞辱毛文龍之意，一五一十地介紹起來。原來自從被朱由檢任命爲東江鎮總兵，黃龍深感責任重大。朱由檢對皮島這個位于滿清後方的戰略要地亦非常重視，當日登上皮島之時就做出了一系列部署，黃龍全部嚴格執行。
首先是整頓防務。除了撤回鐵山的明軍之外，黃龍還把皮島附近所有島嶼、尤其是最大的身彌島上的明軍統統撤回到皮島上。因爲朱由檢曾指示，明軍在皮島并不是爲了占多大地方，而是像釘子一樣插在滿清後方。因此沒必要占領太多的島，隻要确保最重要的皮島不失即可。皮島方圓不過十裏，毛文龍經營多年，易守難攻；而身彌島比皮島大了數倍，如果也要駐守，勢必分散兵力，所以幹脆撤防。
另外黃龍集中兵力于皮島還有一個重要的考慮，那就是整肅軍紀的需要。東江鎮這一萬多士卒都是毛文龍帶出來的，雖然在銀子和女人的刺激下，作戰還算勇敢，但軍紀極差，甚至還出了孔有德、耿仲明、尚可喜這樣的叛将。黃龍則與毛文龍截然相反，一貫治軍極嚴。他可是當着朱由檢的面打了保票的，爲了把東江鎮兵打造成一支軍紀嚴明、真正有戰鬥力的強大軍隊，黃龍也算是煞費苦心。把這些兵集中在皮島上，當然比分散于各島更好管理。
首先黃龍把皮島所有戰艦牢牢控制在自己手中。他平時吃飯睡覺都在船上，并且從低級軍官中提拔了一批相對老實肯聽命的，替換了原來的戰艦指揮官，水手也更換了一批。而那些軍機渙散、桀骜不馴的，都讓他們留在皮島上。這樣就算皮島之兵真的嘩變，沒船他們也出不了海。
第二招是嚴格訓練管理。黃龍制定了非常詳細的作息制度和訓練計劃，上至軍官下至普通士卒，必須嚴格守時完成。除了軍事訓練之外，全體官兵還要參加集體勞動，構築皮島的防禦設施。至于毛文龍時期那一套醜陋不堪的“節目”，一律立即廢止。尤其是島上的大量技女，更是以最快的速度送至登州，再轉往京師。對違反軍紀者決不姑息，帶頭鬧事者更是毫不手軟，該殺便殺。
在黃龍的鐵腕手段下，皮島官軍的軍紀果然在短時間内有了較大改觀。但黃龍也知道，光靠威壓維持軍紀是不行的，還必須提高士卒的士氣，讓士卒得到利益，發自内心地擁護自己。而讓士卒得到利益的來源，就是在朱由檢指導下設立的皮島商行。
黃龍把剛騰出來的身彌島辟爲專門進行貿易的“自由港”。雖然在這個港口銷售貨物要交稅，并非現代意義上的自由港；但明朝現在還沒有一個真正開放的港口，而皮島對所有商船來者不拒，已經算是很自由了。
按照朱由檢的密旨，皮島的軍艦在身彌島港口外巡視，隻要登船檢查，并無違禁之後，便放商船入港。即便知道這些船是做朝鮮、日本甚至女真人的生意，黃龍也不幹涉，但隻有一點卡得死：凡屬戰略物資，隻能進，不能出。比如糧食，商船在皮島隻能賣糧不能買糧，甚至轉運都不行，東江鎮會以比較高的價格全部買下。至于茶葉、布匹甚至是鐵器，一律不禁，隻按貨值收取很少的關稅。
除了關稅之外，還有不少商船加入了皮島商行，按約定要上繳一半利潤。雖然這是一筆巨大的開銷，可是皮島上的官軍扮做水手留在船上，也大大降低了商船被海盜搶劫的風險。而且在朱由檢的授意下，登州等沿海府縣隻要看到皮島商行的商船，是完全不管的；而其他商船出海則被視爲走私，抓住了就會被嚴辦。等于皮島商行是一張海上貿易許可證，有了這張許可證，就可以正大光明地跑船，多跑就能多賺。所以商人們開始時确實暗中埋怨，可是跑多了以後，發現賺錢不比過去少，也就習以爲常了。
關稅和皮島商行的利潤，給皮島帶來了巨大的收益。僅僅半年多時間，皮島就有白銀數十萬兩入賬。黃龍把這些銀子一部分用于購買糧食，一部分存起來做爲獎賞軍功之用，剩下的全部分發給官軍。普通士卒每月能分到二兩，軍官還要多一些，已經比朝廷發的饷銀還多了。
這和毛文龍時期又有不同。那時皮島從貿易上攫取的巨大利潤，基本上都進了毛文龍等少數高級将領的私囊，普通士卒主要靠作戰時的搶掠發财。雖然有時候确實能搶不少，但是回到皮島後喝酒耍錢逛窯子，很快就消耗光了，因此普通士卒手頭基本剩不下銀子。現在還沒上岸作戰，每個月已經有了穩定的收入，而且有銀子也沒處花，所以人人都小有積蓄，對黃龍的看法自是大爲改觀，黃龍的權威也與日俱增。
但并非所有人都支持黃龍，尤其是毛文龍過去重用的那些軍官。他們可無法再向過去那樣撈錢了，再加上訓練艱苦，不能像過去那樣花天酒地，很多人都對黃龍心生怨恨，甚至覺得當初還不如跟着孔有德他們反出皮島。
黃龍本來就是臨危受命，對這種情況一直都保持着高度警惕。他之所以控制戰船，就是爲了防止這些将領作亂。任總兵三個月後，經過密奏、禦批同意，黃龍先把毛文龍的養子、副總兵毛承祿調到登州，任登萊總兵官。
這一招叫明升暗降，因爲雖然有登萊總兵官這一官職，但由于曆史的原因，這一地區的軍事力量主要是登州衛這個地方衛所手中，也就是戚家軍，歸登萊總兵統轄的“邊軍”隻有不足一千人。本來還有一些戰船歸登萊總兵管，但随着朱由檢下旨建立北海艦隊，登萊所有戰艦都劃歸北海艦隊，毛承祿手下的兵力就更少了，和挂個虛名也差不了多少。
毛承祿不情不願地離開皮島以後，剩下這幫人更加人心惶惶，有些人就在琢磨“出路”。他們不知道的是，黃龍一直不動聲色地盯着，他們的末日很快就來臨了…