聖杯戰争，七位魔術師與自己召喚的英靈一起爲了争奪萬能願望機所進行的戰争。
那是某位少女一切痛苦的根源。
少女本來有着慈愛的父親、溫柔的母親、還有着最喜歡的姐姐，即使她們的家族是魔術世家，最初建立聖杯的禦三家之一，這也應該是一個幸福的家庭。
在少女年幼的時候，她是這麽認爲的。
但是美麗的夢境是短暫的，某一天少女被父親過繼給了另一個人才凋零的魔術師家族，然後少女的人生走向了完全不同的軌迹。
痛苦、恐懼變成了撫育她的溫床。
老魔術師爲了自己的野心肆意地改造着少女的身體，在種種非人的折磨下少女的心靈壞掉了。
自那之後少女封閉了心靈。
身體中爬滿了蟲子也好，被折磨虐待也好，遭受了侵犯淩辱也好。
一切的一切，少女一直在默默忍耐。
從年幼的女孩兒到亭亭玉立的少女，在所有人都不知道的情況下，少女度過着另一種人生。
少女隻能默默忍耐，看着其他人幸福的笑臉，暗淡地躲在角落中。
即使與曾經的姐姐進入了同一所學校，也隻是裝作陌生人一般。光鮮亮麗的姐姐是如此污穢的自己完全無法觸及的存在。
就這樣少女度過着自己的人生，直到某一天看到了一個少年。
……
聖杯戰争，不爲普通人所知屬于魔術師的戰争。
那是某位少年改變人生的契機。
少年本來有着一個普通的家庭，不算富有也不算貧窮，正所謂是屬于普通人的幸福。
在少年年幼的時候，他認爲會一直這樣下去。
但是幸福的生活是脆弱的，某一天一場大火吞噬了一切。
少年失去了家人，就在連自己的生命也将失去的時候，一個男人來到了他的面前。
在大火中救出了自己，然後将他收爲養子。
之後少年再次擁有了普通的人生，可靠的朋友，關注的女孩子，可愛的學妹，而一直有一個沖動隐藏在少年的心裏。
少年一直憧憬着那個男人，因此在對方死後繼承了男人的理想——成爲正義的夥伴。如同孩童般不切實際的夢想，但少年堅決地繼承了下去。
從男人那裏少年接觸到了魔術，之後少年磨練着自己一心地想要成爲正義的夥伴。
然後就在大火十年之後的某一天，少年被卷入了聖杯戰争。
……
少女不明白爲什麽那個少年會卷入聖杯戰争。
自己是代表禦三家之一的master，自己的姐姐同樣是禦三家之一的master，對于這個将會與姐姐相互厮殺的結果少女心裏已經有所準備，但是隻有那個少年——她的前輩被卷入這場無端的殺戮中她無法接受。
與此同時，少女也在爲此感到恐懼。
污穢的自己将要一點一點暴露在前輩面前，即使她從來沒有想過自己有靠近他的資格，少女也在爲此感到痛苦。
但是從未想過的事情卻發生了，少年接受了這樣的自己，并且說出想要與自己在一起。
這對于少女來說便是最大也是唯一的幸福。
……
在卷入聖杯戰争後少年人生的軌迹再次出現了變化，從未接觸的事物接踵而至，同時還伴随着各種真相。
十年前毀滅他一切的大火正是因爲上一次聖杯戰争，在意識到聖杯戰争是一場多麽不合理又殘酷的殺戮後，少年踏上了戰場，爲了心中一直懷抱的理想——成爲正義的夥伴。
少年想要結束聖杯戰争。
在不斷的戰鬥中少年接觸到了一直不曾知曉的秘密，一直以來溫柔乖巧總是來自己家幫忙的學妹也是master之一，同時身體一直在接受各種非人的改造，遭受着痛苦的折磨和侵犯。
所以少年愈發地沖向戰場，爲了正義的夢想，也爲了讓少女解脫。
但是——
……
少女是無法得救的。
爲了實現可怕的野心少女的身體被徹底的改造，成爲了承載聖杯之器，從小聖杯中奪走力量的黑聖杯。
隻要少女還活着，聖杯中的此世全部之惡（影子）就會誕生。
在不知不覺間少女已經成了吞噬衆多人類作爲養料的殺人者。
……
少年面臨着選擇。
是選擇正義，将少女殺死來拯救更多無辜的人。還是選擇少女，爲了救出少女不去管那些無辜的犧牲者。
是選擇自己的理想，還是最愛的人。
最終少年做出了選擇，而那或許就是更加痛苦的悲劇的開端。
……
少女等到了少年的選擇。
在面對少年堅決的殺意時少女本來以爲自己會平靜的接受的，但是是因爲少年曾經給她的幸福嗎？還是軟弱的自己沒有面對死亡的勇氣呢？還是說潛藏在心底中對于這個讓自己不幸的世界的怨恨呢？
總而言之，死亡并沒有讓少女的人生因此結束。
當少女再次回到那片熟悉的土地時，一切都發生了改變。
将抛下她獨自一人獲得幸福的姐姐變成自己的人偶，将沒有選擇她的前輩變成自己的奴隸，然後将一切破壞、毀滅、抹消，将一切曾經的痛苦都向世界發洩出來。
一次次重複這就成了少女之後的人生。
……
“我和衛宮同學想要殺死櫻阻止此世全部之惡的誕生，但是并沒有成功。”
遠坂凜就像是在說着其她人的事情一般平靜地訴說着。
“之後能夠在不同世界穿梭的櫻就将我和衛宮同學變成了傀儡帶在身邊，一次一次破壞不同的世界。”
“……”
沉默籠罩在車子内，即使是卡蓮也不知道應該說些什麽。
“這就是我的那個世界的聖杯戰争的結局。”
“那個，遠坂小姐……”
伊莉雅發出躊躇的聲音。
“你要做的事……”
“那還用說嗎？”
遠坂凜用收斂了一切感情的視線回望着伊莉雅。
“殺死櫻。這是我、我們的選擇。”
雖然已經想到，但是這個冰冷的回答還是令伊莉雅感覺到一陣寒意。
“快到了。”
這時卡蓮的聲音打斷了她們的對話，隻見窗外可以看到遠處有一棵巨大的樹正聳立在那裏。
而就在這時與巨樹相隔一段距離的地方出現了地震一般的劇烈震動。