根據之前已經确定的平假名，再補充其他的，加上推測，燭台下的暗号就是螺旋槳，指的是那架模型飛機。柯南又補充了部分信息，“看螺旋槳。”元太道，“飛機的暗号畫在螺旋槳上面。”螺旋槳上的确畫有暗号，光彥和元太合作，用剛才的方法，如法炮制，得出螺旋槳的暗号，“看油畫。”柯南終于明白了，“原來這些暗号，全部是别墅的某一樣東西，前面再加一個看字。就是說跟着這個提示，可以找到某樣東西。是個用暗号才能找到的某樣隐藏起來的東西。”千鈞已經哈欠連連，“果然，破解暗号不是我的長項。”
偵探團大喜，“真的嗎？”他們仿佛看到金山銀海。元太大叫，“讓我們把暗号解開，然後獲得寶藏吧！”幾個孩子一起舉手歡呼。博士低聲問道，“喂，這裏真的藏有寶藏嗎？”柯南嗯了一聲，“雖然不知道是不是寶藏，不過這裏一定隐藏着什麽東西。”千鈞走進裏面房間，“我太困了，你們慢慢找吧，我去那張床上睡一覺，找到了謎底喊我一聲就行。”柯南譏諷，“你真是的，這麽有意義的挑戰性活動，你卻一點興趣也沒有。”千鈞道，“啰嗦，我又不是你！”
柯南領着偵探團繼續找暗号，步美解讀了碟子的暗号，“看花瓶。”元太解讀了法文字典的暗号，“看暖爐。”光彥解讀了機關人偶的暗号，“看酒杯。”柯南在紙上畫起來暗号與平假名音圖表的對應關系，“到目前爲止，知道的文字有17個，其他空白部分要用其他圖案來推理。”文乃好奇，“你在寫什麽？”柯南遞給大家看，“這是暗号的解讀表。”步美接過來，“哇，好棒啊！”
柯南道，“這樣看，就可以發現，太陽、星星、月亮這5個圖案分别代表aiueo(あいうえお)各段，然後它們根據同一規則，橫向變化。例如太陽和星星，它們周圍尖尖的部分是按照順時針順序逐一減少，而月亮也按照順時針方向缺角。至于圖形右下角的黑點，隻是圖形不夠用才加上去的。”阿笠大叫，“納利霍德（原來如此）！”柯南在上面填充，“然後利用這個解讀表，把所有暗号解讀出來，就是這個樣子！”
大家看過去，按照柯南畫的順序，碟子（看花瓶）——花瓶（看燭台）——燭台（看螺旋槳）——螺旋槳（看油畫）——油畫（看唱片）——唱片（看人偶）——人偶（看酒杯）——酒杯（看撲克牌）——撲克牌（看法文詞典）——詞典（看暖爐）——暖爐。文乃喜道，“柯南真棒！”孩子們大叫，“是暖爐！”元太道，“那寶藏就是藏在暖爐裏面了！”大家跑到暖爐前面，元太向裏望去，“什麽也沒有啊！”文乃看見了，“看，有暗号，刻在暖爐裏面的地闆上。”柯南急忙讓步美把暗号解讀表拿過來，步美拿過來遞給柯南。
柯南按照解讀表解出暗号後有些吃驚。元太問道，“喂，是什麽意思啊？”光彥道，“快點說啊！”步美和文乃也連聲催促，博士也好奇，“别賣關子了！”柯南慢慢道，“看碟子。”孩子們一起大叫起來，博士道，“碟子？是最初那個碟子嗎？”元太道，“什麽嘛，這樣不就又回到原點了嗎？”光彥道，“我們被這些暗号給耍了。”文乃道，“是循環啊！”步美失望，“不會吧？”博士也很郁悶，“讨厭的惡作劇啊！”
柯南不信，“惡作劇？怎麽可能呢？會有人使用這種可能解不開的複雜暗号，搞惡作劇嗎？但是照着暗号來看，确實是這樣。難道這個解讀表有什麽地方弄錯了嗎？不可能啊，一定有什麽東西沒發現。這些暗号順序中，一定有什麽真正的含義。”外面有個兇相畢露的男子，在陰森森地向房間裏窺視。阿笠道，“沒辦法，在警察來之前，大家先把東西放回原來的位置吧。”孩子們很沮喪，隻好照辦。柯南還在思索，“如果照着前面的順序，把碟子、花瓶的第一個字連起來的話……這是什麽東西啊？看都看不懂。”
步美和文乃把碟子、花瓶、燭台依次放回原位。柯南猛然想到，“難道是英文嗎？還是不可能。”文乃問起飛機是放在哪裏的，步美記得是在寝室裏面。博士道，“原來是放在花瓶旁邊的，後來是我拿到寝室去的。”文乃就把飛機放回了花瓶旁邊。柯南還在試探，“英文、法文、德文……沒有一個像樣的，還是沒有頭緒。”步美把人偶放在了壁櫥裏面。博士道，“柯南，你也來幫幫忙吧，不要坐在房間中央。”柯南問道，“博士，撲克牌原來也是這房間裏面的吧？”博士道，“原來放在時鍾的下面，我就拿來用了。”
柯南道，“這麽說的話，畫有暗号的東西，原來都在這間房間裏。等等，如果按照順序将它們串聯起來的話……連線剛好集中在房間中央的一點上。難怪步美和文乃一直在我身邊走來走去。奇怪了，房間的中央就是這裏啊！但是一點可疑的地方都沒有。不在地闆上的話……”柯南擡頭仰望，天花闆上面是個吊燈，而且有溝槽。柯南立即把千鈞叫醒了，千鈞起來，“暗号解開了？”柯南道，“快點過來，需要你幫忙。”
千鈞來到外面，柯南指示，“看到上面吊燈的那個溝槽了嗎？你抓住吊燈的下面，轉動一下試試。”千鈞點頭，伸出手臂，剛剛夠到吊燈下面的鐵鈎，用力慢慢轉動，溝槽與吊燈下面吻合時，發出铿锵的聲音，随後别墅發出了奇怪的巨大響聲。孩子們也都很吃驚，“怎麽了？”“到底發生什麽事情了？”千鈞皺眉，“二樓好像有什麽東西掉下來了。”柯南帶頭向上跑，“去看看！”大家緊跟而上。千鈞落在後面，他這次發現了，有個男子在窗戶外窺伺。
柯南帶頭來到樓上，步美道，“沒有東西掉下來啊！”柯南回憶位置，“房間的正上方是……這個房間！”推開門，柯南吃了一驚。後面元太問道，“怎麽了，柯南？”帶着鎖鏈的樓梯搭在房間裏面。步美叫道，“房間裏竟然有樓梯！”柯南道，“原來如此，我明白了。那個暗号是暗示天花闆正中央的吊燈上有機關。也就是指這個隐藏的樓梯。”阿笠道，“我聽說伯父喜歡這種機關，想不到竟然真的有這種東西。”元太大喜，“難道寶藏就在樓梯的上面？”柯南笑道，“嗯，上面肯定隐藏了什麽東西。”元太帶頭沖上去，“太好了，走吧！”
來到上面，漆黑一片，元太嚷嚷奇怪，文乃說太黑了，步美也道，“什麽都看不見。”博士找到了窗戶的位置，打開窗戶，亮光照射進來。柯南發現，地上有雕刻過的幾枚一元硬币散落，還有一些畫油畫的顔料。步美隐約看到桌子上似乎有什麽東西，元太喜道，“是寶藏嗎？”4人興沖沖地走過去，看到東西卻吓得魂不附體，癱倒在地。柯南疑惑，“怎麽了？”幾個人結巴，“骷……”柯南抱怨，“什麽啊？說清楚一點嘛！”步美尖叫出聲，“是骷髅！”柯南和博士一起叫起來，“什麽？”
二人走過來，柯南上前檢查，那是個死人趴在桌上，已經變成了骷髅，但頭發還在，頭下壓着日月星的暗号圖紙，似乎是未完的信。阿笠博士驚疑，“這人是誰啊？”柯南道，“我不是說過嗎？這裏住着一位手指靈活的老人。刻一元硬币和畫暗号的人，一定是他。”博士問道，“他是被殺的嗎？”柯南搖頭，“不，他是在寫信給你姑姑的時候去世的。”柯南找到了小藥瓶，“他的心髒似乎不大好。”博士奇怪，“但是他爲什麽會在這個房間裏呢？知道這裏的應該隻有伯父和姑姑才對。”
柯南道，“應該還有一個人吧。你伯父去世前曾經出現在這裏的人物。”博士一愣，“伯父去世前？咦，那個畫家？”柯南道，“對，暖爐旁邊你伯父和姑姑的畫像，就是畫那幅畫的畫家。我想他大概是在畫畫時，聽你伯父提起過這個房間的事情吧。”博士問道，“但他爲什麽要住在這裏呢？而且還要用暗号寫信寄給姑姑。”柯南在房間找到了一樣東西，扔給博士，“我想大概是因爲這個吧。”博士接過來，這是一個類似于方磚的東西，“這是……20元美鈔的模闆！假鈔！”
柯南道，“對，大概是受人委托制作的，但是後來可能良心不安，便和模闆一起消失，爲了躲避某個人才偷偷住在這裏的。之所以寫信給你姑姑，是想感謝她讓他能住在這裏。會用暗号，是不想讓别人知道他躲在這裏。”博士道，“那麽，姑姑所說的偷信的那個人……”柯南道，“對，應該就是制造僞鈔的委托人，也是将博士藏起來的玩具破壞的人。”樓梯上傳來沉重的腳步聲，一個中年男子走上來，“高明，完全正确！”孩子們大驚，急忙躲在柯南後面。
男子名叫奧田倫明，渾身殺氣，留着短須，右手持槍，“好不容易找到他，以爲可以得到那個模闆，沒想到裏面竟然是玩具。所以我把它們給割爛了。因爲我聽說他和别墅的主人很熟，所以一直懷疑他還躲在這裏，就跑過來看看。沒想到還有這個秘密房間。謝謝你們這些小孩了！”柯南惱怒，準備反擊。奧田舉槍準備射擊，一道亮光閃過，奧田的手槍一分爲二，奧田被重重擊倒在地上。千鈞出現在身後，右手所持，正是七夕劍。千鈞笑道，“這就叫做螳螂捕蟬黃雀在後！笨蛋匪徒！”
孩子們一起歡呼起來，柯南松了口氣。奧田沒有想殺人，主要擔心開槍打中模闆會造成損壞，當然，他一旦拿到模闆後，絕對會殺人滅口的。奧田掙紮問道，“你什麽時候跟在我身後的？”千鈞道，“從機關觸動後，我一直就跟在你後面，就像你跟在孩子們後面一樣。”奧田震驚，“怎麽可能？我一點也沒有察覺。”千鈞搞怪笑道，“因爲我會隐身術，哈哈……現在報警，然後送他去警視廳吧！”柯南卻知道了這家夥的名字，“奧田倫明先生，你找這個模闆很多年了吧？”奧田驚異，“你怎麽會知道我的名字？”
柯南笑道，“是這位畫家告訴我的。”奧田納悶，“他已經是屍體了，怎麽會呢？”孩子們害怕起來，以爲真有亡靈。博士問道，“你怎麽知道他的真名的？”柯南道，“是畫家那封寫了一半的信，裏面的暗号所寫的。。”千鈞已經用繩子将奧田牢牢捆住，“原來如此。”博士道，“畫家是想把這個假鈔模闆交給姑姑保管，才留下表明自己藏身别墅的暗号。”千鈞問道，“你姑姑現在人呢？”博士有些遺憾，“去年去世了，享年76歲。而且還一直單身呢。”
柯南掀開了畫家身側的畫像，畫面上是個美麗的女子，正是阿笠定子的畫像。千鈞感歎，“說不定不隻是爲了答謝她而已吧！”柯南也贊同，“也許就是在畫像時，他們彼此相愛了吧。這可惜這份愛，他們一直保存在心裏，都沒有講出來。”博士納悶，“啊？”柯南道，“沒什麽了。他們都不在了，這些都無法推測了。千鈞，快報警吧！”
兩個小時後，佐藤、高木警官等人帶隊趕到，逮捕了奧田倫明。簡單做完筆錄後，千鈞和阿笠博士帶着少年偵探團踏上歸途。由于太困了，孩子們都在車上呼呼大睡，柯南也哈欠連連。博士還是不大明白，“你爸爸說的那句話，。之後有一段時間他都叫我太陽博士。”柯南撇嘴，“什麽嘛，原來是這件事。那隻是比喻而已，比喻！好玩罷了。”博士疑惑，“比喻？”柯南拿出那張暗号表，“用它來拼寫博士的名字……你看，全是太陽！”博士哈哈大笑，“原來如此！太好玩了！我是太陽博士！”
尾聲，奧田倫明因強迫他人制作僞鈔、非法持槍等一系列罪行，被法庭判處15年徒刑。少年偵探團因破獲該起假鈔案件，警視廳給以c級獎勵。說起阿笠定子與畫家的純美愛情，靜楊、直子、小雅等人都感動萬分，同時也爲他們最終沒有結合而感到遺憾。
灰原卻對柯南帶回來的日月星暗号有些興趣，還誇獎了柯南幾句，繼而嘲諷博士，“外人住在自家别墅好多年，都沒發現，你可真夠大條的。”阿笠博士尴尬，“我平時又不怎麽去，怎麽能怪我呢？”千鈞笑道，“博士繼承一棟50年不能動的别墅，已經夠郁悶了，怎麽會關注裏面的情況呢？”灰原莞爾，“等50年滿後，别墅卻不得不重建了。”博士郁悶，“誰說不是呢？姑姑讓人住在裏面，卻一直沒有告訴我。”梅琴感慨，“也許她不想博士知道那個秘密吧！而且還把這個秘密隐藏到了過世，那份真情超越了生死時間啊！”