小智：

刺刺耳皮丘：小智的初始神奇寶貝，是由大木博士給的蛋裏孵出來的，左耳上有三個刺刺，不可以進化，可以學會許多普通皮丘無法學會的技能。

綠毛蟲——鐵甲蛹——巴大蝴：在常磐森林收服到綠毛蟲，随後迅速的進化爲鐵甲蛹，在常磐森林爲救小智和小霞而進化而巴大蝴，吐絲技能使用的非常出色，對氣流的掌握非常好，進而躲避技術一流。

波波——比比鳥——比雕：在常磐森林收服到波波，赢得灰色徽章後進化爲比比鳥，打敗彩虹道館後進化爲比雕，着重速度的鍛煉。

穿山鼠——穿山王：在月見山收服到因燈照射而脫水的穿山鼠，随後打敗電系道館後進化爲穿山王，能掌握滾動的方向。

妙蛙種子——妙蛙草：在神奇寶貝療養場收服到妙蛙種子，随後在不思議花園進化爲妙蛙草，藤鞭的使用出神入化，特别是藤鞭跳躍尤爲突出。

小火龍——火恐龍——噴火龍：被抛棄的小火龍，在嘉年華阻止椰蛋樹軍團而進化爲火恐龍，而後在大傻谷與化石翼龍的對決中進化爲噴火龍，加強了絕招威力的鍛煉，絕招能熟練的組合。

傑尼龜——卡咪龜：傑尼龜軍團中老大，赢得深紅徽章後進化爲卡咪龜，擅長高速回轉的使用。

大鉗蟹——巨鉗蟹：在正輝燈塔旁的海域裏收服，随後在藍普爾其市打敗火箭隊進化爲巨鉗蟹，特性元氣，經常能出乎意料。

呆呆獸——河馬王：巨大神奇寶貝之島收服，後來通過攜帶王者之證通信進化爲河馬王，智慧較高，能舉一反三，學習力較強。

寶石海星——寶石海星：巨大神奇寶貝之島，由小霞釣起後收服，在伊布四兄弟那裏用水之石進化，熟練的使用高速回轉應對決鬥。

墨海馬——海刺龍——刺龍王：在藍普爾其市釣起後收服，打敗深紅道館後進化爲海刺龍，後攜帶龍鱗通信進化爲刺龍王，龍卷風的威力強勁。

鬼斯——鬼斯通——耿鬼：在少女峽收服，打敗黃金道館後進化爲鬼斯通，後通信進化爲耿鬼，擅長變身，且絕招威力強大。

火爆猴：在通往彩虹市的道路上收服，擅長近身戰，且不服輸。

3D龍——3D龍II——3D龍Z：彩虹市的遊戲廳兌換而來，後攜帶升級卡片通信進化爲3D龍II，又攜帶怪異補丁通信進化爲3D龍Z。

伊布——水精靈：彩虹市遊戲廳兌換而來，在伊布四兄弟那裏用水之石進化。

伊布——火精靈：彩虹市遊戲廳兌換而來，在伊布四兄弟那裏用火之石進化。

伊布——雷精靈：彩虹市遊戲廳兌換而來，在伊布四兄弟那裏用雷之石進化。

凱西——勇吉拉——胡地：彩虹市遊戲廳兌換而來，在打地鼠中打敗火箭隊後進化爲勇吉拉，後通信進化爲胡地，瞬間移動使用熟練。

臭臭泥：在黑雲市收服，屬性黏着，愛黏人。

肯泰羅：野生原野區收服。

電擊怪——電擊獸——電擊魔獸：野生原野區收服，兒童節打敗喵喵後進化爲電擊獸，後攜帶電力發動機通信進化爲電擊魔獸。

蚊香蝌蚪——蚊香蛙——快泳蛙：野生原野區收服，在深紅道館進化爲蚊香蛙，後在大木博士研究所用水之石進化爲快泳蛙。

大舌貝——鐵甲貝：野生原野區收服，在伊布四兄弟那裏由水之石進化。

迷你龍：野生原野區收服。

哈克龍：野生原野區收服，角上有十字疤痕。

小皮卡丘：皮卡丘森林收服，擅長影子分身，躲避一流。

胖丁——胖可丁：霓虹市旁的森林收服，在大木博士研究所由月之石進化爲胖可丁，愛唱歌。

多刺菊石獸：大傻谷收服。

化石盔：大傻谷收服。

化石翼龍：大傻谷收服。

喵喵：在兒童節收服，身手敏捷，力量巨大。

九尾：深紅道館的火山旁收服。

風速狗：深紅道館的火山旁收服。

烈焰馬：深紅道館的火山旁收服。

鴨嘴火龍——鴨嘴焰龍：深紅道館的火山旁收服，後攜帶岩漿驅動器通信進化爲鴨嘴焰龍。

大大岩蛇：米亞查山收服的巨大大岩蛇，右臉頰上有十字相疤痕。

小霞：

海星星、寶石海星、角金魚、傑尼龜——卡咪龜、暴鯉龍、大舌貝——鐵甲貝、墨海馬、瑪瑙水母、可達鴨、伊布——水精靈、蚊香蝌蚪、菊石獸、波克比

小剛：

大岩蛇、小拳石、超音蝠、海星星、六尾、小磁怪、尼多力諾、化石盔

武藏：

阿柏蛇——阿柏怪、大舌頭

小次郎：

瓦斯彈——雙彈瓦斯、大食花