在赢得了橘子聯盟勝利者杯後，小智他們決定在柑橘島休息一晚上，第二天再回真新鎮。
小智回到神奇寶貝中心後把皮丘從小建那裏接了回來，并重新交換了神奇寶貝，現在小智帶的神奇寶貝皮丘、吉利蛋、大比比鳥、大鐵甲暴龍和乘龍，其他的都傳送回大木博士研究所了。
晚上，在小智他們都睡着的時候，突然有人叫醒了小智。
“超夢啊，怎麽了？”小智揉了揉眼睛看着把自己叫醒的超夢問道。
“出來一下，有點事要告訴你”，超夢通過心電感應對小智說道，小智也穿好衣服跟着超夢到了外面的草地上。
“什麽事啊？”小智坐好後就問道。
“我感覺到了有幾個強大的能量在那裏”，超夢指着小智的手表說道。
“強大的能量？”小智一邊問着一邊納悶的點開了手表，出現了虛拟的屏幕，“哪裏啊？”小智一邊翻着一邊不解的繼續說着。
“那裏，我感到有好幾個不比我弱的能量”，超夢指着屏幕上的‘神奇寶貝’一項說道，而超夢平時就住在那裏的。
“這是……”，小智疑惑的點開了‘神奇寶貝’那一項，出現在小智眼前的不再是隻有超夢和問号了，而是有好多的神奇寶貝，“是我曾經在遊戲中收服的神奇寶貝，從1号一直到649号，而且還不乏閃光（因爲XY還沒有公布所有的精靈，所以這裏先暫時寫到649，等XY出來後，會改的，之前的章節也會随着XY公布的時候有所更改的）”，小智看到所有的神奇寶貝後，非常的激動，小智又點開神奇寶貝蛋存儲箱，裏面滿滿的都是神奇寶貝蛋，然後小智小心的選擇了一隻神奇寶貝，出來的是一隻狩獵球，“出來吧，百變怪”，沒錯，小智拿出的是一隻閃光的滿級百變怪，而之所以拿這隻是因爲，小智有好多的神奇寶貝都是通過它來生蛋的。
“你好啊，百變怪”，小智高興的和百變怪打招呼說，而百變怪也高興的爬上了小智的肩膀。
“超夢，可以聽一下我的故事嗎？”小智看着一旁的超夢說道，“我其實不是這個世界的人”，看到超夢點了點頭，小智于是繼續說道，“在我以前的世界，神奇寶貝隻是遊戲和動漫中的，而我現在的身份也隻是動漫中的主人翁，我以前很喜歡神奇寶貝，而這些就是我以前的夥伴”，小智指着百變怪說道，“也許你不太懂是什麽意思，不過現在我已經融入這個世界了，你隻要相信我會更加的喜歡神奇寶貝就行了”，小智最後對超夢說道。
“真是不明白你說的是什麽，不過也不管了，既然已經跟着你了，就隻好支持你了”，超夢随後說道。
“對了，超夢，它們是什麽時候出現的”，這時小智問出了一直困擾他的問題。
“就在你接過勝利者杯的獎杯時，它們就突然出現了”，超夢回答小智說。
“在那個時候啊，難道是我把關東聯盟和橘子聯盟都打赢了後，終于到達可以使用它們的訓練家等級了嗎”，小智突然想到，也隻有這個可能了，反正不管怎樣，這些神奇寶貝可以跟随自己了，不過在這裏對戰還是收服新的神奇寶貝比較好，畢竟滿級的神奇寶貝去和人家打有點太欺負人，而且也沒什麽樂趣了。
“好了，我要回去了”，超夢說完就消失了，而小智也被百變怪收了回去，回房間睡覺了。
“小智，我們要怎麽回去啊”，第二天早上起床後，小霞對小智問道，畢竟一切都結束了，總不能在接着乘着乘龍慢慢的回去吧，那時間也太長了。
“到凸橙島去坐回真新鎮的聯絡船就可以了”，小智随後回答說。
“我們趕緊走吧”，而小建則是急着見大木博士，于是催促說。
“出來吧，乘龍”，随後小智就派出了乘龍，“乘龍，拜托你載我們去凸橙島”，小智随後說道，而乘龍也非常高興的回應的叫着，大家就乘着乘龍出發了。
不過當大家到達凸橙島的時候，認識了強哥，并且知道這個島已經到處都是頑皮彈了，而強哥則是被聘請來的地鼠訓練家，在知道了聯絡船隻能在頑皮彈事情解決之後才能開之後，小智他們隻好幫忙了，而這個過程中火箭隊照樣來搗蛋了，不過在強哥的三地鼠和小智的大鐵甲暴龍的幫忙下再次無功而返了，傍晚時分，頑皮彈們終于在地鼠的工作下全部轉移到了凸橙島後方的草原，去好好的生活了，而這座島上的人也回來了，小智他們告别了強哥，順利的搭上了會真新鎮的聯絡船。
“是真新鎮耶，我們終于回來了”，第二天，下了聯絡船後小智一行人終于走到了真新鎮，看着前方的真新鎮，小智激動的說。
“皮丘~”，而皮丘也非常高興的叫着。
“你看，波克基古，是不是很懷念啊”，小霞也對飛走旁邊的波克基古說道。
“叫尅古~”，波克基古也開心的叫道。
“大木研究所就在這個地方啊，可以見到大木博士了，我好期待啊”，而小建則是興奮的說道，“我得把這些要請他看的報告先準備一下，要選那一本呢，又不能請他全部看”，小建突然坐在地上，拿出一摞又一摞的筆記本翻着說道。
“我想，到家裏以後再選吧”，小智看着忙着的小建非常不好意思的打斷他說道。
“就是啊，小智的媽媽也在家裏等不及了”，小霞這時也說道，不過她好像還沒意識到這次是見家長耶，雖然上次在亞細亞島見過，不過那次因爲大木博士走的急，沒有說上什麽話。
“對啊，真是抱歉”，小建抱歉的說道，随後大家就一起向小智的家走去了。
“我回來了”，小智推開自己家的們喊道。
“歡迎回來”，不過從裏面傳來的不是小智媽媽的聲音，而是一個男生的聲音，小智當然知道是小剛回來了。
“啊，小剛？”小智他們走進裏屋後，小霞就看到小剛正穿着圍裙幹活呢。
“小智、小霞啊，好久不見了”，小剛回答小霞說道，“波克基古好嗎？乖啊”，小剛又對着波克基古說道。
“說什麽乖乖啊，你爲什麽會出現在這個地方？”小霞繼續問道。
“你就是小建啊”，不過小剛對着一旁的小建說道。
“你好，請多指教”，小建禮貌的打招呼說。
“小剛，最近過的還好嗎？”小智這時和小剛打招呼說。
“還可以吧，你看，我的小磁怪已經進化成三合一磁怪了”，小剛這時指着飛走一旁的三合一磁怪說道。
“小剛，你還沒有回答我你爲什麽會在這裏？”小霞顯然還是沒有知道小剛爲什麽在這裏，于是繼續問道，“還有内木博士怎麽樣了？”小霞終于問到了小剛的痛處了，然後就看到小剛毫無元氣的躺在地上蜷縮着一直重複說“拜托你不要再問了”。
“看來是被甩了”，小霞看到小剛這個情況就知道了結果，于是說道。
“啊？”而小建則是不解。
“他常常這樣子”，小霞無奈的說道。
“啊，你們回來了”，“帕裏”，這時從門口傳來了小智的媽媽和吸盤魔偶的聲音。
“我回來了”，小智高興的說道。
“歡迎回家”，小智的媽媽開心的說道。
“小霞，你好不好”，小智的媽媽繼續說道。
“我很好”，小霞開心的回答說。
“哦，這是……”，小智的媽媽指着波克基古問道。
“這是波克基古，是波克比進化了”，小霞回答說。
“啊，原來進化了，波克基古，好不好啊”，小智的媽媽繼續說道，“對了，小霞，小智已經告訴我你們的事了，以後小智就拜托你了”，這時小智的媽媽對小霞說道。
“哪裏，是小智在照顧我了”，小霞聽完後，紅着臉不好意思的說道。
“啊，小建啊”，這時小智的媽媽看到了小建，對小建說道。
“伯母，請多指教”，小建說道。
“伯母，爲什麽小剛會在這裏啊”，這時小霞小聲的問道。
“那是在一個悶熱的傍晚，我和吸盤魔偶去買菜，回來的時候碰到了消瘦的小剛，每次問他怎麽了，就會出現剛才那個樣子，不過在家裏和吸盤魔偶做家務後，他逐漸的恢複了”，小智的媽媽解釋說。
“原來還發生過那種事”，小霞恍然大悟的說道。
“庭院一定要交給我打掃”，這時小剛跑到庭院和吸盤魔偶強掃帚說道。
“小剛他老是和吸盤魔偶吵架”，小智的媽媽看着他們說道。
“小剛，我們去大木博士研究所吧”，小智這時趕緊對小剛說道。
“好啊，我們快去吧”，而小建聽到要去研究所了，激動的說道，小剛也停下了和吸盤魔偶争掃帚了，走了過來。
“媽，這是我打赢橘子聯盟勝利者杯獲得的獎杯”，小智拿出獎杯遞給了媽媽說道。
“太厲害了，媽媽好高興啊”，小智的媽媽高興的接過了獎杯，“家裏剛好少了一個啞鈴，這下子湊成一對了”，不過下一句就讓所有的人都摔倒了。
“媽媽”，小智無奈的說道。
“好了，開玩笑的，我會好好保管的”，小智的媽媽一邊說道一邊把獎杯放到了櫥窗了，旁邊是小智得到的石英大會冠軍的獎杯和八個徽章及神奇寶貝鑒定考的徽章。
“這是徽章”，小智把橘子聯盟的四個徽章又遞給了媽媽說道。
“好好好”，小智的媽媽很開心的把徽章擺在了勝利者杯獎杯的周圍。
“媽，我要去大木博士那裏把GS球交給他”，小智随後又拿出GS球對媽媽說道。
“那我要做一大桌的大餐，好好的慶祝一下”，小智的媽媽這時說道。
“那我們走了”，小智他們四人和媽媽說再見後就向大木博士研究所前進了。
“博士，在嗎？”進了大木博士研究所後小智喊道。
“是小智回來了啊”，大木博士從裏屋出來後看到小智說道，“這是？”看出了飛着的波克基古後，大木博士來精神的說道。
“是波克比進化後的波克基古”，小霞解釋說。
“原來進化後會飛了”，大木博士立刻說道。
“大木博士，很高興見到你”，而小建則是激動的說道。
“博士，這是GS球”，小智拿出GS球遞給了大木博士。
“哦，就是這個啊，今天晚上我就拿它研究看看”，大木博士一邊把GS球放到架子上一邊說道。
“博士收藏的寶貝球好多啊”，看到滿滿架子的神奇寶貝球，小建說道。
“這些都是真新鎮出去旅行的訓練家所寄放的，好了帶他們參觀參觀吧”，大木博士随後說道。
“啊，怎麽了，地震了嗎？”到了後院後地面突然開始震動了起來，小霞立刻問道。
“那些是……”，小建這時指着遠方跑過來的大量的神奇寶貝問道。
“那些都是我的神奇寶貝”，小智則是高興的說道，“大家也出來吧”，随後小智放出了攜帶的吉利蛋，大比比鳥、大鐵甲暴龍和乘龍。
“大家過的還好嗎？”小智高興的跑上去和所有的神奇寶貝打招呼說。
“小智的神奇寶貝好多啊”，小建看着小智和神奇寶貝說道，“那是……”，小建這時指着其中的一些神奇寶貝問道。
“哦，那是刺龍王、3D龍Z、電擊魔獸和鴨嘴焰龍，都是關東沒有的神奇寶貝哦”，大木博士走過來介紹說，而且頗爲自豪。
“原來小智有兩隻哈克龍啊，好厲害啊”，小建看到了哈克龍後說道，“那是……”，這時小建又指着那邊說道。
“是化石翼龍、鐮刀盔和多刺菊石獸，是已經滅絕的化石神奇寶貝”，這次是小剛說道。
“小智的那條大岩蛇好大啊”，小建看到了和巨大暴鯉龍比肩的大岩蛇說道。
“是啊”，小霞也很自豪的說道。
“這是神奇寶貝和訓練家的友好相處，一定要畫下了”，小建随後拿出畫闆說道，然後就開始畫小智和小智的神奇寶貝們。
“啊”，就在小建認真的畫畫的時候，大木博士過去了，小建看到大木博士後緊張的說。
“你畫的不錯”，大木博士則是說道。
“我有些報告，想請博士看看，大木博士，無論如何，你一定要看那些報告啊”，小建對大木博士說道。
“當然可以，我很樂意的”，大木博士笑着說道。
“以後會有很多的時間的，小建，也不用急在這一時吧”，小智和神奇寶貝們交流完感情後走過來說道。
“是啊”，小剛也随後說道。
“說的也對，你可以住在這裏哦”，大木博士也對小建說道。
“真的，這真是太好了”，小建立刻高興的說道。
“對了，小智，我想讓我的海刺龍進化成刺龍王，看到你的刺龍王，我覺得好帥啊”，這時小霞對小智說道。
“那正好，我的鐵甲暴龍也需要進化”，小智也對小霞說道，“我們去通信機器那裏吧”，小智說完就和大家一起回到了屋子了。
“出來吧，鐵甲暴龍”，小智把大鐵甲暴龍放了出來，“小霞，把海刺龍也放出來吧”，小智又對小霞說道。
“好，海刺龍，出來吧”，小霞也派出了海刺龍。
小智拿出保護甲給鐵甲暴龍攜帶了，又給海刺龍攜帶了龍鱗，随後收回了他們，把寶貝球放到了機器上，按了按鈕後，兩隻寶貝球就交換了。
“小霞，這是你的寶貝球”，小智拿起了兩隻寶貝球，并把裝着海刺龍的寶貝球遞給了小霞。
“出來吧，海刺龍”，小霞高興的把海刺龍放了出來，然後海刺龍就開始發出白光，進化成了刺龍王，“刺龍王，太好了”，然後小霞就興奮地抱着刺龍王說道。
“鐵甲暴龍，你也出來吧”，小智這邊也放出了通信了的鐵甲暴龍，也順利的進化成了超鐵暴龍。
“啊，又是關東沒有的神奇寶貝”，大木博士看到超鐵暴龍後立刻說道。
“怎麽回事？”就在這時地面又開始晃動了，小建問道。
“你們快看外面”，小剛指着窗戶說道，然後大家就看到了研究所被帳篷包圍了起來。
“這裏到底發生什麽事了？”出了屋子後，大木博士不解的說道。
“哈哈哈哈，…………（火箭隊經典台詞）”。
“火箭隊，你們好啊”，小智友好的打招呼說。
“哇，太懷念了他們那套登場台詞”，小剛這時感慨的說。
“研究所的所有神奇寶貝我們都要帶走了（喵）”，武藏和喵喵同時說道。
“你們剛好可以和我剛進化的神奇寶貝打一架，超鐵暴龍決定是你了”，小智派出了剛進化的大超鐵暴龍。
“好，我也來，去吧，蚊香蛙”，小霞也想參戰，“可達鴨，我不是叫你了”，可達鴨又自己登場了，小霞無奈的說，“那就你去吧”。
“大舌頭，你上吧”，武藏派出了大舌頭。
“去吧，大食花”，小次郎也派出了大食花，“啊，不是我，不是我”，小次郎又被大食花給吃了。
“大舌頭，給我舔到它”，武藏指着超鐵暴龍說道。
“超鐵暴龍，岩石封閉”，小智則是樣超鐵暴龍使用了岩石封閉，大量的岩石向大舌頭砸了過去，大舌頭的舌頭也被擋了下來。
“大食花給我去咬它”，小次郎這邊也下令攻擊可達鴨。
“快出來了，快出來了”，小霞看着大食花咬着可達鴨的頭，而可達鴨開始出現頭痛的表情後說道，“可達鴨，使用石化功”，小霞對可達鴨下令說，而可達鴨閉上了眼睛後，突然睜了開來，并且發出藍色的光芒，大食花不能動了。
“可達鴨，使用念力”，小霞繼續對可達鴨下令說，然後大食花就被扔飛了出去。
“可達鴨，你還是可以的”，小霞看到大食花飛走後過去高興的對恢複的可達鴨說道，可是可達鴨隻是歪着頭。
“超鐵暴龍，使用尖石攻擊”，而小智這邊也對超鐵暴龍下令攻擊了，被封住的大舌頭被尖石攻擊打飛了。
“今天的戰鬥不止有神奇寶貝還有秘密武器啊喵”，這時喵喵說道。
“說的對，去吧，去吧”，武藏和小次郎拿出了好多的圓環向小智他們這邊扔了過來。
“比比鳥，使用龍卷風”，而小智當然知道這些圓環是綁人的，所以對着在外面的大比比鳥說道，比比鳥的一個龍卷風就把圓環都吹跑了，而火箭隊也沒有幸免，乘着龍卷風飛走了，“好讨厭的感覺啊”。
“大家都沒事吧”，火箭隊飛走後，小智問道。
“沒事”，大家回答說。
“小智，你還是這麽的厲害啊”，就在這時一個穿着遮住臉和身體的鬥篷的男生帶着一隻尼多後出現了。
“你是……”，小剛好奇的問道。
“小茂”，男生把鬥篷甩掉後，小霞說道。
“這隻尼多後的發育狀态很好耶”，而小建則是跑過去觀察尼多後說道。
“那是因爲小茂在這段時間内進行了很多的特訓，并且很用心的培養神奇寶貝啊”，大木博士解釋說。
“小智，我一直以趕超你爲目标而努力的訓練着，現在我要向你挑戰”，這時小茂對着小智說道。
“那好吧”，小智答應了比賽，“我的神奇寶貝是比比鳥”，小智派出了大比比鳥。
“原來如此啊，是一隻大的比比鳥啊，去吧，我的好搭檔”，小茂派出的是伊布。
“比比鳥，使用羽毛舞”，小智還是使用了現在關東的訓練家不知道的羽毛舞絕招。
“這是……”，小茂也不懂，“伊布，使用減半反射”，不過他以爲這是攻擊絕招，所以就讓伊布使用了減半反射，不過很顯然沒有用。
“羽毛舞不是攻擊絕招，減半反射是沒有用的”，小智解釋說，“比比鳥，使用飛沙腳”，小智繼續使用輔助技能。
“伊布，使用影子分身”，而小茂則是讓伊布使用了影子分身，飛沙腳隻是攻擊到了一個影子。
“比比鳥，使用龍卷風”，這個時候當時是使用大範圍攻擊全體了，巨大的龍卷風把所有的伊布都卷了進去，影子都消失了，真的伊布被甩了出去。
“伊布，加油啊，使用猛撞”，小茂繼續下令說。
“比比鳥，使用高速移動躲開”，看着向這邊沖過來的伊布，小智下令說，而比比鳥也很迅速的躲開了伊布的攻擊。
“比比鳥，使用龍卷風”，小智下令攻擊了，伊布嬌小的身軀怎麽可能躲開大比比鳥使用的巨大龍卷風呢，又被擊中了。
“伊布，不能輸，使用火箭頭槌”，小茂看起來要一招定勝負了。
“比比鳥，使用龍卷風”，而小智繼續使用龍卷風攻擊，伊布這次撞進了龍卷風裏面，被轉的昏了過去。
“伊布無法戰鬥，比比鳥獲勝，這場比賽是小智獲勝”，臨時充當裁判的小剛宣布了結果。
“伊布，回來吧”，小茂收回了伊布，“沒想到，我修行了這麽久還是沒有打赢你，不過我是不會放棄的，下次我會更強，來打敗你的”，小茂說完就離開了。
“比~”，就在這時比比鳥叫了一聲，開始發出白光，進化成了大比雕。
“太好了，比雕”，小智高興的說道。
在告别了大木博士後，小智、小霞和小剛就向小智的家去了，而小建則是留在了研究所，小智的橘子群島旅行結束了，接下來是一段時間的休息了，小智的下一個聯盟将會很快的進行了。
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