在真新鎮休息了一段時間後，小智打算向城都聯盟挑戰了。
“小霞、小剛，我接下來要去城都聯盟挑戰了，不知道你們要不要一起去啊”，這天早上在吃早餐的時候，小智對小霞和小剛說道。
“我當然會去啊”，小霞立刻說道，“對了，城都聯盟在什麽地方啊？”小霞繼續問道。
“城都聯盟在關東地區的西部，那裏有好幾個道館，隻要得到徽章的話就可以參加城都聯盟的白銀大會了”，小智介紹說，“小剛，你呢？”小智随後又問小剛說道。
“你們沒有我是不行的，我也要去”，小剛理所當然的說道。
“好，那我們待會兒去大木博士那裏和博士、小建說一聲再走吧”，小智又說道，“媽，我要繼續旅行了”，小智對着一旁的媽媽說道。
“好，知道了，要加油哦，我會給你加油的，去大木博士那裏記得向博士和小建問好，我會替你準備好東西的”，小智的媽媽笑着說道。
“嗯，我會把城都聯盟的冠軍獎杯帶回來的”，小智自信的說道。
吃過早餐後，小智、小霞和小剛就帶着皮丘和波克基古向大木博士研究所前進了。
“博士，我要去城都聯盟挑戰了，來和你說一聲”，到了研究所後，小智就對一直忙着研究GS球的大木博士說道。
“哦，小智啊”，大木博士看到小智後說道，“你要去城都聯盟啊，那要繼續加油了，小茂前幾天已經去了”。
“對了，GS球的事有沒有查出什麽？”小霞這時看着GS球問道。
“還早的很呢”，這時小建指着電腦屏幕上的一連串問号說道。
“對了，小智你要去城都聯盟，那麽麻煩你一件事，你到桧皮鎮的時候，把GS球交給神奇寶貝球的制作大師鋼鐵先生，相信以他的才華也許會知道GS球的事”，大木博士在電腦上找出一張照片對小智說道。
“好，我知道了”，小智接過GS球後說道。
“小智，我會在研究所看你傳來什麽樣的神奇寶貝”，小建這時說道。
“嗯，我會加油的”，小智說道。
“小智，你這次要帶什麽神奇寶貝啊”，大木博士這時問道。
“皮丘、哈克龍和吉利蛋吧”，小智想了想後說道，而哈克龍是從迷你龍進化的那隻小的，不是角上有十字形痕迹的母親哈克龍。
“小智，給，這是哈克龍和吉利蛋的寶貝球”，小建拿出兩個神奇寶貝球遞給了小智。
“謝謝”，小智收下了寶貝球後說道。
“小智，這是給你的餞别禮”，大木博士拿出一個紅色的圖鑒說道。
“是新的圖鑒啊”，雖然小智不用圖鑒查神奇寶貝的資料，但是作爲身份證明還是很有用的，小智接過了圖鑒，并把它翻開了，“确認ID，擁有者，真新鎮的小智”，圖鑒立刻就顯示了小智的頭像，并且傳來電子的聲音。
“小智，我們也準備好了”，剛才小霞和小剛去打電話了，現在回來說道，小霞把刺龍王傳回了華藍道館，現在帶的是波克基古、瑪瑙水母、可達鴨、蚊香蛙和菊石獸，而小剛也把三合一磁怪和海星星傳回了尼比道館，隻帶着超音蝠、六尾和化石盔。
“小智，你們要參加城都聯盟，必須要先到若葉鎮辦理參加的手續才行，那裏被稱爲開始之風吹拂的城市”，大木博士又對小智他們說道。
“嗯，我知道了”，小智當然知道，“好了，我們回家拿東西就要走了”，小智随後說道。
“加油啊”，大木博士和小建對小智說道。
“媽，我要出發了”，回到家後，小智的媽媽也把小智的背包準備好了，小智拿好東西後，在門口對媽媽說道。
“小智，睡覺前一定要記得刷牙喔”，而小智的媽媽又說出了一直叮囑小智的話。
“好了，知道了，那我們出發了”，小智回答說。
“伯母再見了”，小霞和小剛也對着小智的媽媽說道。
“皮丘~”，“叫尅古~”，當然還有皮丘和波克基古了。
“要加油哦”，小智的媽媽對着小智他們說道，而小智他們也和媽媽揮手告别向第一個城鎮若葉鎮前進了。
“啊，這棵樹剛剛才見過的”，就在小智他們快到若葉鎮的時候，樹林裏出現了濃霧，而小剛這時指着前面的一棵樹說道。
“啊，真的嗎？”小霞聽到後，立刻說道，“我們又迷路啊，要怎麽辦啊？”小霞抱怨的說。
“叫尅古~”，這時波克基古突然叫了一聲就向一個方向飛去了，而皮丘也跟了上去。
“波克基古你要去哪裏啊？”小霞立刻問道，然後跟了上去，而小智和小剛也在後面跟着。
“怎麽了？”到了一個湖邊後，小剛就對前面的小霞問道。
“好漂亮啊”，而小霞則是陶醉的看着前面湖中的藍色神奇寶貝說道。
“那個是水君，極光神奇寶貝，是小霞最喜歡的水系的神奇寶貝，擁有連肮髒的濁水也能一瞬間淨化的力量，據說是北風的化身，是傳說中的神奇寶貝”，這時小智走過來說道。
“是傳說中的神奇寶貝啊”，小剛感慨的說道。
“是水系的”，而小霞則是因爲水系更加的興奮。
“等一下”，這時水君跳躍着離開了，而小霞則是趕緊喊道，并且向前走去，沒有想到，前面是一個滑坡，小霞滑了下去。
“小霞”，而小智則是想也沒想的跟了下去，當然小剛也不會例外的。
“小霞，沒事吧”，到了下面後，小智立刻問道。
“沒事了，一切還好”，小霞站起來回答說。
“那就好”，小智放下心來說道。
“你們看是城市”，這時小剛突然喊道。
“這裏有一塊木牌”，小霞也走過去發現了一塊木牌說道，“若葉鎮，開始之風吹拂的城鎮”，小霞念道，“太好了，我們終于到了”，小霞高興的說道。
“是啊，我們的城都聯盟之旅就要從這裏開始了”，小智也高興的說，“我們去神奇寶貝中心登記吧”，小智繼續說道。
“這個城鎮也應該有一個喬伊小姐吧”，小霞抱着波克基古說道。
“那我們快走吧”，小剛聽到喬伊小姐頓時來了精神，第一個向城鎮走去，小智和小霞也跟了上去。
“午安”，剛到神奇寶貝中心，小剛就跑到前面說道。
“lucky”，不過出來的不是喬伊小姐，而是吉利蛋。
“喬伊小姐呢？”小剛失望的問道。
“我是神奇寶貝中心的喬伊”，吉利蛋按了一個按鈕後，就出現了一個屏幕，而在屏幕上，喬伊小姐說道。
“啊，喬伊小姐”，小剛看到喬伊小姐立刻犯花癡了。
“果然長的一模一樣耶”，小霞也看到後說道。
“現在我正要到空木研究所去，大概兩個小時就會回來了，請你們大家暫時等一下吧”，屏幕上的喬伊小姐繼續說道。
“現在已經三點半了，有點晚了耶”，小霞看着鍾上的時間說道。
“我們去空木博士的研究所拜訪看看吧”，小智這時說道。
“好耶，我們趕緊去吧”，花癡剛則是因爲能見到喬伊小姐立刻說道，然後大家就找準了空木研究所的方向後出發了。
“到底發生了什麽事？”剛到空木博士的研究所就看到好多的警車停在前面，小霞不解的問。
“君莎小姐，你工作辛苦了，我叫做小剛，請您多多指教”，小剛則是發現了前面的君莎小姐，跑上去搭讪去了，“我是爲了要見你才特地到這裏來的”。
“哎哎哎，我們的目的不是這個啦”，小霞則是把小剛拽走了。
“你好，我們是來拜訪空木博士的”，小智走上去對君莎小姐說道。
“空木博士就在裏面了”，君莎小姐微笑着回答說，然後小智他們就進了研究所。
“都是我太大意了，才惹出這種事來”，一進到研究所裏，就看到一個穿着研究服的成年人低着頭說道。
“就是說啊，真是的，你要專心于研究沒有關系，可是你至少也應該爲新人訓練家們考慮一下才對吧”，而喬伊小姐則是對那個人說道。
“你們好，這裏發生什麽事了嗎？”雖然知道是小鋸鳄被火箭隊偷走了，但小智還是問道。
“這個地方遭小偷了”，喬伊小姐回答說。
“神奇寶貝小偷”，而小霞和小剛則是吃驚的說。
“明天會有新人訓練家從這裏出發，可是打算給那個人的小鋸鳄卻被偷了”，君莎小姐也走進了說道。
“小鋸鳄？”小霞好奇的問。
“哦，那是明天要跟這個火球鼠一起送給新人訓練家的神奇寶貝”，空木博士抱着一隻火球鼠說道。
“好可愛啊”，小霞見到後說道。
“我是真新鎮的小智，要向城都聯盟挑戰，所以來這裏拜訪一下空木博士”，小智對空木博士說道。
“啊，你就是小智啊”，聽到小智的話，空木博士激動的說道，“作爲我的師傅的大木博士經常向我提起你呢，而且你拍的那張傳說中的神奇寶貝照片也爲我們提供了很好的研究素材呢”，空木博士繼續說道。
“還好了”，小智回答說。
“君莎小姐”，這時一位工作人員抱着一塊石闆過來說道，“君莎小姐，沒有采集到可疑人的指紋，不過找到了他們的腳印”，那個人一邊展示有腳印的石闆一邊說道。
“那個應該是喵喵的腳印，一個女人和一個男人的腳印”，小智提醒說。
“啊，是火箭隊”，小霞立刻想到了說道。
“君莎小姐，請讓我們也去尋找他們吧”，小剛這時說道。
“卡蒂狗可以從足迹的殘留味道上找出對方在什麽地方”，小智他們和君莎小姐一邊跟着卡蒂狗向前跑，君莎小姐一邊說道。
“火箭隊，真的是你們耶”，卡蒂狗終于找到了火箭隊他們，而火箭隊三人正扭作一團，小鋸鳄還咬在武藏的頭發上，小霞立刻說道。
“小鬼頭？”而火箭隊看出小智他們後也吃驚的說。
“火箭隊，你們被逮捕了，立刻把那隻小鋸鳄給交出來”，君莎小姐拿出手铐說道。
“既然你讓我們叫出來”，“我們就偏偏不交出了”，“…………（火箭隊經典台詞）”。
“你們在說什麽？”在火箭隊說完後君莎小姐問道，然後火箭隊就撲街了。
“少羅嗦，這個家夥我們要帶走就對了，我要把它培育成最強的壞蛋”，武藏這時說道。
“你們想的美，哈克龍，決定是你了”，小智派出了哈克龍。
“雙蛋瓦斯，看你的了”，小次郎也派出了雙蛋瓦斯，“用煙幕”，而小次郎派出了雙蛋瓦斯使用了煙幕。
“超音蝠，你去，把煙幕吹散”，小剛看到煙幕後立刻派出了超音蝠讓超音蝠把煙幕吹散。
“哈克龍，使用沖浪”，小智看準時機讓哈克龍使用了沖浪，然後就看到哈克龍帶着海浪向火箭隊那邊沖了過去，火箭隊變成了落湯雞，而小鋸鳄則是因爲有水松開了口，開始順着水流到了這邊，而君莎小姐則是立刻上去抱住了小鋸鳄。
“可惡，去吧，大食花”，小次郎又派出了大食花，“哎呀，好痛啊，不是我啊”，命苦的小次郎又被吞了，“那邊了，使用藤鞭”，小次郎從大食花的口裏逃脫後下令說。
“去吧，吉利蛋，抓住藤鞭，把它甩出去”，小智則是派出了吉利蛋，對于大力的吉利蛋來說，輕松的抓住了藤鞭，把大食花甩了出去，撞到了雙蛋瓦斯。
“大舌頭，去把小鋸鳄給我搶過來”，武藏看到小次郎敗了後就派出了大舌頭。
“吉利蛋，拉住大舌頭，使用連環巴掌”，吉利蛋抓住了大舌頭的舌頭，并把它拉了過來，然後就使用了連環巴掌，打的大舌頭暈頭轉向。
“阿伯怪，你去，使用捆綁”，武藏派出了最後的神奇寶貝。
“哈克龍，使用破壞死光”，小智對哈克龍下令說。
“好讨厭的感覺啊”，火箭隊又再一次的飛走了。
“喬伊小姐，我要參加城都聯盟”，事情都結束後，小智他們回到了神奇寶貝中心，小智對着喬伊小姐說道。
“好，現在開始登記參加城都聯盟”，喬伊小姐對小智說道，然後小智把圖鑒遞給了喬伊小姐，喬伊小姐把圖鑒塞到了一個機器中，然後機器的大屏幕上就出現了小智的頭像，喬伊小姐又開始在機器前敲打鍵盤，在一個進度條讀完後，就聽到“真新鎮的小智，在此正式承認你參加城都聯盟大會”。
“好了，這樣神奇寶貝聯盟的主電腦就有你的記錄在上面了，一切都完成了”，喬伊小姐把圖鑒還給小智說道。
“謝謝”，小智收回了圖鑒說道。
“然後這個呢，是指南書，不要搞丢了哦”，喬伊小姐又拿出一本書說道。
“當然不會搞丢了，我會好好珍惜的”，不過小剛突然出現把書拿走了，并且說道，小智也就随他去了。
“要收集幾個徽章呢”，小霞問道。
“隻要收集八個以上就可以得到向大會挑戰的資格，最靠近這裏的道館是桔梗市的桔梗道館”，喬伊小姐繼續說道。
在告别了空木博士、喬伊小姐和君莎小姐後小智他們就向着桔梗市前進了，新的挑戰終于開始了。
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