翌日，孫越陵力排衆議，再次帶人前往熱蘭遮堡和宋克舉行會談。
這一次，荷蘭人沒有了以往那種嚣張至極的神色，态度極爲謙恭友善，宋克更是對着孫越陵行了俯身半跪的大禮，隆重款待了使節團一行。
孫越陵此次的态度比任何一次商談都要強硬，接連提出了許多令荷蘭人感到難以接受的條件。宋克不敢頂撞，而是小心翼翼地提出了反對意見，對明方的苛刻條件進行了抗争。
經過半日的商談，雙方終于達成初步協議，由雙方書辦寫成文字記錄在冊，簽字蓋印，各執一份。
在這份文書裏，明方主要提出了三大條件：一是往後荷蘭人必須按照明國的海貿政策來進行貿易，不得私自勾連海商走私；二是從此熱蘭遮鎮要實行高度自治，不再依附荷蘭人的管理。本來這第二條孫越陵打算讓明國來對熱蘭遮鎮行使主權，但宋克等堅決不答應，無奈之下隻好折中如此。這樣一來，雖說熱蘭遮鎮仍要處在荷蘭人的影響之下，但畢竟名義上不受其統轄，萬一有變大明随時能夠派員介入；三是荷蘭人必須交出被明國通緝的海盜許心素，并且保證從此以後不再包庇任何被明國官府通緝的要犯，不得與明國官府作對。
除此三大協定之外，還有一些附屬的小條件，經過雙方的反複商談，也都取得了一緻的看法。
商談完畢之後，孫越陵向宋克提出了要其歸停留在港灣内的使節團商船，宋克自然是一口應允，并懇求孫越陵一行在熱蘭遮堡共進午餐後才行離開。
到了這個時候，孫越陵不擔心荷蘭人心口不一，就算是他們心中不服又怎樣？在現今的情勢下，台灣的漢人勢力在他的幹預之下已經得到了大幅的整合，北港的顔思齊部和熱蘭遮鎮的李旦部已經徹底效忠于明朝，就連台南大肚王國的勢力也和明朝交好。
荷蘭人的兵力并就不多，在熱蘭遮鎮一戰當中又損耗過半，實力大傷。作爲一個遠涉海洋而來的他國勢力，荷蘭人如今能在台灣站住腳已經非常不錯，更遑論用武力征服整個台灣了，要是荷蘭人繼續對台灣的其他勢力采取打壓态度的話，消耗戰一旦打起來，他們能夠從台灣全身而退都是問題。
孫越陵不知道他這麽橫插一腳，會不會對将來台灣被荷蘭人所統治的曆史産生影響，但他知道的是，按照目前的局勢發展下去，隻要台灣的漢人勢力能夠繼續保持團結一緻，少出一些像許心素那樣的賣國賊的話，那麽荷蘭人要想完全掌控台灣永遠不可能變成現實。
達成協議後，孫越陵将命令交代下去，各方盡快處理完善後事宜，并且往後要按照大明的政策來行事，務必恪守大明和荷蘭達成的協議，不能違背，更不能挑起紛争。
接下來的十數日孫越陵都留在熱蘭遮鎮，一邊指導他們成立商會聯盟進行自治，一邊命令手下準備各式物資用具以備返程事宜。豈料，顔思齊說什麽也不答應孫越陵回閩，強烈要求他一定要前往北港巡視，看一看在他手中達成的“跨海開台”之事的落實情況。孫越陵無法，隻得答應了顔思齊的這個請求，決定先去北港巡查一番後，再返航回福建。
這日，傲天門的門主傲福永帶着手下前來向孫越陵作别。因爲孫越陵要去北港，而傲福永等人諸事完畢，不能在台灣久留，所以要先行一步返航。
孫越陵明白傲福永的心情，傲天門本就每況愈下，如今又有傲天行這等重将隕亡，他心中豈會快樂，不由拉着他的手寬慰道：“傲天行不僅是你的叔父，更是孫某的故交，如今他罹難台灣，也算是爲國捐軀，官府一定不會忘記你們的奮勇之功。門主盡可放心，隻要有我孫越陵一天在，定爲你們傲天門保駕護航，讓你們早複往日榮光！”
傲福永瘦弱臉龐上的悲傷神情化作了一片感動神色，對着孫越陵連聲緻謝，道：“大人真乃仁義之君子……”
送别傲天門商隊三日後，李旦又來向孫越陵作别，說是身體有恙，要返回日本靜養一段時間。
孫越陵對此表示理解，李旦被他兒子李國助囚禁之後，雖然被他救了下來，可郁怒攻心下竟然染上了肺病，咳的越來越嚴重，服了好幾副湯藥都于事無補，所以想要返回日本尋覓良醫診斷。
眼前的李旦臉色一片蒼白，毫無血色，對着他喘息道：“大人……在下實在是有心爲大人效力，奈何身子衰弱，隻能等到……等到病好了，再來伺候大人……”
孫越陵見他臨走都不忘向自己表忠心，心中多少湧起了感動，看着他道：“李老闆有心了，你且去日本安心養病吧，等到病好了再來福建便是，本官随時恭候大駕！”
李旦勉強笑了笑，喘了一陣，又道：“隻是……隻是劣子國助給大人添麻煩了，在下想帶他返回日本，從此對他……對他嚴加管教，好生看束，還請……還請大人應允……”
看來李旦還是擔心自己會治他兒子李國助之罪，所以才提出這個請求。孫越陵見他病重至此，心中一軟，道：“這個自然，令郎隻是受了奸人蒙蔽罷了，相信經過你的苦口相勸，一定會明白爲國效力的道理。”緊接着，話鋒一轉道，“不過，你李家商行在台灣乃至福建的所有生意，往後要交給鄭一官來打理，畢竟他是你的義子，也是本官值得信賴之人，未知老闆意下如何？”
李旦忙不疊點頭，道：“好好，全憑……全憑大人做主。”他的兒子李國助助纣爲虐，與明國使節團作對，差一點毀了他的生意根基，這讓他心中忐忑不安，唯恐自己建立的龐大生意網受到影響。既然孫越陵囑意讓他的義子鄭一官來主掌台灣乃至大陸貿易，他自然是求之不得，好歹鄭一官也是他的義子，總比換了别人來強上百倍。
與李旦談完之後，這個身染重病的大海商終于放下心來，押着他的兒子李國助，登上了前往日本的海船而去。
送走李旦後，整個使節團在熱蘭遮又停留了半月，等到鄭一官已經徹底掌控了李旦留在台灣的生意後，終于登船起航，随着顔思齊船隊前往北港。
船行似箭，整個船隊在北港碼頭登陸後，一行人簇擁着孫越陵，順着新近修好的道路，來到了福建戍民的安紮之地。
豔陽高照之下，隻見這一片水道縱橫的土地上，建立起了一座座寮寨，整然有序，呈“井”字形分布，中間還建有高大的望台，外圍用木欄栅圍着，仿佛一個中小型軍事營寨。在整個營寨的外圍，已經開墾出了大片的田地，無數墾民趕着耕牛、使着犁具勞作期間，場面熱火朝天，充滿活力。
顔思齊看孫越陵露驚訝的神色，說道：“大人，思齊将這第一批赴台的墾民分爲十寨進行管理，發放了銀兩和農具，每一寨都撥劃了土地讓他們進行耕種，并鼓勵他們到海上捕魚和山間狩獵，全力發展山海營生。如今不到半年，這些人已經在台灣徹底紮下根來，完全實現了自足自給，且還有産出剩餘用來進行貿易之用。”
“不錯不錯。”孫越陵心懷大暢，道，“顔兄果然厲害，不愧爲跨海開台之先驅。”
顔思齊道：“哪裏哪裏，大人謬贊了。若不是大人鼎力扶持，也沒有眼下這等盛況。所以說，大人才真的是治國輔民、跨海開台之第一人呐！”
孫越陵搖頭笑道：“顔兄，想不到你也來打趣于我。”
顔思齊哈哈大笑，道：“大人太謙虛了，反倒不像朝廷中的官員。”
孫越陵道：“這樣不好嗎？難道非得本官闆起臉來，打着官腔訓示于你，顔兄才肯欣然笑納？”
此話一落，兩人同聲大笑，惹得随行人員竟相側目。
負責管理戍墾隊伍的大明官員聞得按察使前來巡視，早就迎了出來。使節團在當地官員的迎接下進入寮寨，開始了對這第一批開赴台灣的戍民隊伍的了解和查看。
在寮寨内，孫越陵從随戍的官員口中得知了他們來到台灣後的所有情況，他們剛剛來到台灣之時，還不時受到當地村社土民的騷擾，但顔思齊孤身赴會，親自面見了當地村社的首領，并和他們談妥了一切條件，所以他們才真正在北港立下了腳。
如今第一批的戍墾隊伍已經成功在台灣安頓下來，完全把這裏當做了自己的另外一個家，許多人紛紛叫嚷着要回内陸把自己的親朋好友都接了過來一起生活。從眼前情況來看，他們很快就可以發動第二批戍墾隊伍赴台，加入到這熱火朝天的建設家園中來。
“一土之故，百姓安居若斯！”孫越陵心中感歎，要是大明朝的百姓都有着屬于自己的一方土地，又不被官府層層盤剝的話，大明朝何至于流賊四起，天下大亂啊。
這裏簡直就是避開亂世的“世外桃源”，孫越陵信步來到村寨外，看着外面辛勤勞作的人們，頓感一陣放松和惬意，多年來的辛苦奔波仿佛在這一瞬間得到釋放，不由長舒了一口氣，對着身邊的人說道：“這裏太美了，我真想在這裏多住些日子。”
……
在北港呆了三、四日後，孫越陵終于決定返程。畢竟他們這一次出來的時間不短了，諸般事務也已經辦妥，該是時候回去向朱欽相複命了。
豈料，就在使節團準備出發的時候，鄭一官竟然帶着人趕了過來，說是要與使節團一起前往福建。
顔思齊對着他這個小老弟笑了起來，語帶雙關地說道：“怎麽？一官你也舍不得大人，要和我一樣護送他回福建？”這一次使節團返航，恰好顔思齊久未歸閩，所以順帶着女兒一起回去，并打算再次和福建十二家商會談些事情，打理一下他們在福建的生意。
鄭一官聽了這話後臉色微微發紅，讪笑道：“大哥别拿我尋開心了，我這不從義父手上接過了很多生意麽，就連福建也有許多事務要急着處理，所以才匆忙趕了過來，準備與大人一道回去。大哥你也知道，我能夠掌握這熱蘭遮鎮，全虧大人爲我做主，所以還有很多具體事情得請教大人！”
顔思齊哈哈大笑道：“你的理由還真是夠多，大哥被你說服了。”
鄭一官皺起眉頭道：“大哥……”
顔思齊收斂笑容，正色道：“好吧，大哥不笑你了。不過你既然接過你義父肩上的擔子，這可不是什麽輕松的事情，往後你可要打起十二分的精神來經營，不能再像以前一樣馬馬虎虎了。”
鄭一官點頭道：“大哥說的是，一官初次擔當重擔，恐怕很多事情都處理不來，還希望大哥多多相幫。”
顔思齊拍了拍他肩膀，道：“你是我顔思齊的結拜兄弟，又是我二十八義中的老幺，我不幫你幫誰，你放心去做便是！”
鄭一官滿臉喜色，道：“多謝大哥。”
既然顔思齊和鄭一官執意要與使節團同航，孫越陵不好強人所難，隻得答應與他們一同返回福建。顔思齊和鄭一官爲了能跟孫越陵就近說話，所以登上了使節團的官船，另外一艘載着貨物的海船則由他們的手下掌舵。
兩艘海船破風斬浪，朝着西北方向而去。
孫越陵心中充滿感慨，當初使節團一行人前來台灣時共有六十多人，如今隻剩下了三十多人，死亡過半，真是令人意想不到。好在他們總算是不虛此行，不僅将巡撫大人的重托辦妥，更是大大遏制住了荷蘭人，取得了對沿海貿易的控制權。
往後大明在這東南沿海一帶勢必成爲主導，任何外邦之人若想在這裏分上一杯羹，不得不征求大明的意見，看大明的臉色行事。