夫妻倆雖然計議已定，真正實施還有許多關竅。

爲了避免狹隘民族主義情緒影響未來的研究工作，需要先在上海注冊一家中華工業機械公司，由莉莉絲控股，聘華人買辦爲經理。由華人經理出面，來和學校商談組建研究室的事宜。對于這個舉措，張之洞的态度是樂觀其成、靜觀其變。孫元起則認爲，隻要他不反對，那就是肯定。

在孫元起的斡旋下，實驗室在光緒三十二年（1908）九月在湖北工藝學堂内成立，研究人員除了學堂汽機、車床等科目的高年級學生，還包括經世大學剛畢業的幾位學生。協議規定，公司負責采買設備和儀器，學堂負責研發。研究出結果後，公司出資一次性買斷專利權和使用權。

籌建實驗室的同時，孫元起他也沒有放松對師範學校改革的積極關注。

接到學部的批複後，他迅速組織劉師培、楊度、潘鹹等人在内的師資考察組，先對各師範院校的老師進行篩選，把那些昏聩迂腐不更時變的老古董、胡言亂語大放厥詞的洋教習全部掃地出門，換上有文化有素質的新老師。經過這一輪整頓，學校面貌爲之一新。

随後，孫元起、劉師培等人又會同各科老師出題，考核所有在校學生，根據成績優劣，重新劃分年級，再根據愛好和特長分出專業。師範學校老師多，學生更多，這一番折騰，足足花費了近兩個月時間。

新官上任三把火，孫元起這把火不僅燒得學生們哭爹喊娘，原先的老師也是怨聲載道。作爲罪魁禍首，自己同樣被折騰得形銷骨立：能進學堂當老師的老迂腐，至少都是舉人，身後少不了這樣的同年、那樣的朋友，一被裁員，立馬有無數親朋好友上門求情說項，希望網開一面；能進學堂又不好好學習的後進學子，多半是官宦子弟，就等着拿資曆去混官途，好不容易熬到快畢業，結果突然被降成一年級，二十大幾歲又要從頭學起，還時刻有被勸退的可能，你讓那群纨绔情何以堪？

好在清末講究尊卑有序、師命如山，學生們隻敢嘴上哭喊幾聲，還真沒人敢去總督府衙門口去靜坐；孫元起的靠山也夠硬，被辭退的老師沒人去告黑狀、使絆子。

到了九月底，孫元起最後一次來到兩湖總師範學堂門口的那個小菜館，給李仲揆等幾個學生們講述物理，又告訴他們一些關于學習物理的方法技巧。臨末了才說道：“聽說，你們學堂已經改革完畢，換上了新的物理、化學老師，想來他們說得會比我好許多，你們跟着老師好好學習就可以。我還有事，以後就不來了。”

學生早先聽孫元起的口風，已經知道他最近會和大家說再見，如今忽然聽見，仍覺得頗爲傷感：“任兄，你這就要走麽？”

“是啊！千裏搭長棚，沒有不散的宴席。我在這裏也盤桓了數月，應該走了！”和這群學生前後見面之後隻有六七次，現在說要分别，孫元起依然覺得有些不舍。

李仲揆問道：“任兄，你以前不說來湖北是考我們學堂的麽？這段時間，我們學堂沒有招生，是因爲提學使孫大人正在整頓教務，所以耽擱了。不過不要緊，孫大人是國際上有名的大科學家、大教育家，他的改革隻會讓學校變得比以前更好，我們大家都很期待呢！爲何你現在反而說要離去？”

孫元起如今已是而立之年，但面相顯得很年青，尤其是在清末這個大環境裏，别人頂多認爲他二十四五歲。二十四五歲考學堂，在這個時候是一件再正常不過的事情。所以這群學生對孫元起編造的理由笃信不疑。

“是啊、是啊！任兄你的英語、物理、化學、數學都這麽好，随便輔導幾回，我們就能在學堂考試位列前茅，如果你考我們學堂，一定沒問題的！”其他學生也應和道。

孫元起擺擺手：“我還有别的事，就不打算考學堂了。隻是這次師範學堂改革，你們真心覺得如何？”

“很好呀，我們都很支持改革呢。”其中一位叫董賢琮的學生說道，“現在的學堂，才真是學堂。以前的學堂就是放牛班！”

“改革之後，老師更好！大家更想學習！最近，大家嘴裏最常念叨一句詩就是‘提學來，十字街頭無秀才；提學去，滿城群彥盡沉醉’，哈哈哈。”

“據說新老師是孫大人從經世大學請來的，連工藝學堂的老師都一塊兒換了！”

聽了學生們七嘴八舌的議論，孫元起覺得此次改革的精力沒有白費，大爲欣慰：“既然這樣，大家要更加努力地學校，争取學業早日有成。”

李仲揆見孫元起去意已決，便問：“不知任兄此次一别，何日才能再見？”

“這可說不好。如果大家有緣，相信還會再碰面的。”孫元起答道，“對了，未來你們學成之後，都有何打算？”

幾位學生對視一眼，才由李仲揆說道：“我們要用自己所學，去構建一個自由、民主、平等、博愛之新中華。”說罷，雙目緊盯孫元起。

孫元起素知湖北在張之洞的積極推動下，社會風氣開化，以至于編練的新軍、學堂的新學生成爲後來辛亥革命的主力軍。聽聞李仲揆所言，自然絲毫不覺吃驚，隻是點點頭：這小子和其他新學生沒啥兩樣，腦袋後邊都有反骨。

見孫元起臉色沒有絲毫異常，董賢琮又補充道：“我們應該爲國爲民，反***、求民主，反封建、求***！”

不就是要造反麽？

孫元起心中了然，當下點點頭，“嗯”了一聲。

其餘幾個學生見孫元起如此，仿佛找到知音，接着齊聲說道：“我們要驅除鞑虜，恢複中華！”

話音剛落，包廂的門簾被人粗暴地掀開，闖進一個衣裝不整、滿臉橫肉的家夥：“幾個小兔崽子居然敢造反？跟爺見官去！”說着就要上來抓人。

董賢琮有些吃驚，連忙站起身，喝問道：“你幹什麽的？”

“爺是武昌縣衙巡警！”那人一臉匪氣，“識相的，趕緊乖乖地跟爺去衙門。否則，哼哼！”

孫元起這時候轉過臉，冷冷地看了一眼這個半官半匪的流氓，沉聲斥道：“出去！”

所謂“居移氣，養移體”，孫元起爲官多少有段日子，這麽一呵斥，那人果然膽怯。再看屋裏還有五六個小年輕，大有捋袖子過來群毆的架勢，吓得連忙灰溜溜地逃走了。見此情形，諸人齊聲大笑。

李仲揆怕孫元起擔心，還解釋道：“任兄不必擔心，董兄可是有秀才功名的，便是武昌縣令來了，也不能拿我們怎麽樣！”

“不錯，隻有提學使才能革除秀才功名，他們不能對我們怎麽樣！再說，我們在提學使司衙門裏也有人，才不用怕他們呢！”另外一人補充道。

孫元起大驚：自己衙門裏居然也有革命黨的釘子？當下便問：“你們如何會在學使司衙門裏也有人？”

李仲揆道：“好教任兄知道，我們有個小團體，喚作日知會，會員個個都是些革命志士，遍布湖北軍、政、學各界。如果您有興趣，改日可到高家巷的聖約瑟堂内尋我們！”

幾個人又大緻介紹了一下日知會的情況，諸人正準備起身離去，就聽見門外一陣雞飛狗跳。沒來得及出門看，包廂裏就湧進了七八個擡槍舞刀的混混，齊聲喝道：“不要走了反賊！”