1420年8月，足利義滿下令嚴禁邊民騷擾明朝，得悉此消息的明朝建文帝朱允炆派使臣前往宣诏撫慰。在給足利義滿的诏書裏，建文帝稱其爲“日本國王”。足利義滿對“日本國王”這一稱号坦然接受，并沒有覺得不妥。事實上，這個足利尊氏的孫子早已是日本國家權力的最高代表了。在他執政時期，他将幕府遷到了京都的室町，足利幕府由此改稱爲室町幕府。

公元1367年，足利幕府第二代将軍，38歲的足利義诠病逝，其子足利義滿在細川賴之的輔佐下，于次年坐上幕府将軍的寶座。公元1378年，20歲的足利義滿在京都的室町營建了富麗堂皇的府邸，并在庭院内廣植各種奇花異草，稱“花之禦所”，并在此處執行政務，足利幕府的稱謂由此被室町幕府所取代。

足利義滿當政時期，将前兩代幕府将軍設置的“執事”改稱爲“管領”，并賦予其極大的權限。管領統轄政所、侍所等中央機構，而将軍對地方守護的命令，也必須通過管領傳達。在室町幕府前期，“管領”職位由足利氏門下的有力守護細川氏、斯波氏、田三氏三大家族輪流擔任，稱爲“三管領”，直至室町幕府末期，“管領”職位才出現了私相授受的情況。

管領統轄下的侍所由赤松氏、一色氏、山名氏、京極氏四個家族的人出任，主要負責統領禦家人、負責幕府警備任務，其權力僅次于管領，被稱爲“四職”。

室町幕府還編制了直接聽命于将軍的直轄軍隊，稱爲“奉公衆”。編制“奉公衆”，是足利義滿看到自己雖然身爲将軍，卻沒有直接統領的軍隊，有鑒于此，他特意從地方守護的武士中剝離出一部分，改編爲自己的武裝力量。人數約在3000人左右。

“奉公衆”平時負責護衛将軍的安全，同時也兼有負責管理“禦料所”，即分布于諸分國的将軍直轄領上的守護動向的職責。足利義滿希望強化幕府體制，統制和監督各地方的守護階層，并借此削減其勢力。

除了政所、侍所、問住所等等這樣的中央機構外，室町幕府在地方上還設置了“關東禦所”。“關東禦所”又被稱爲鐮倉公方或鐮倉殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孫世襲。除守護由幕府将軍直接任免外，其他事物均由關東禦所的輔臣“關東管領”處理。随着關東禦所實力的不斷加強，它與室町幕府的關系也日漸對立，至幕府中後期，關東禦所已經成了室町幕府最大的威脅之一。

除了關東禦所，幕府還在各地設置了“守護”和“地頭”，其名稱雖與鐮倉幕府相同，但是性質卻各異。鐮倉幕府的守護與地頭都是将軍的禦家人，兩者之間是主仆關系，而室町幕府的“守護”和“地頭”多數由将軍的直系族人和有力家臣擔任。爲了保護這些守護、地頭的利益，室町幕府授予了其裁判訴訟、處理無主田地、征收稅款的特權。這些守護、地頭利用特權在地方大肆侵吞莊園，将管轄地的武士變成自己的家臣，培植自己的私人武裝，逐漸發展爲守護領國的守護大名。

這些守護大名在自己領國内肆意妄爲，不奉幕府诏命，截留本應上繳給幕府的年貢，尤其是其日漸壯大起來的武裝力量，對幕府構成了最直接的威脅。1391年，足利氏的同族、最大的守護大名，領有11國守護的山名氏清反叛，舉兵向京都進攻。足利義滿隧起兵讨平山名氏清，山名氏清戰死，山名家勢力急劇衰落，史稱“明德之亂”。

在削弱了山名氏清家族的勢力後，足利義滿将下一個目标鎖定在了大内義弘的身上。大内義弘擁有6國領地，是關西地區最有實力的守護大名。1399年，大内義弘宣布反叛幕府，足利義滿親任總大将，派遣細川氏、京極氏和赤松氏爲前鋒，以總兵力3.6萬人攻打大内義弘。兩軍交戰，大内義弘戰死，幕府軍隊大獲全勝。此役發生于應永六年，故史稱“應永之亂”。

在削弱了各地守護大名的實力後，室町幕府加強了對财政方面的管理。除了分散各地的約200處的直轄領“禦料所”爲其主要經濟來源外，幕府還增加了向各地大名征收年貢米和年貢錢的數量。幕府還在畿内的交通要道設“關所”，征收“關錢”，在渡口收取“津料”，并且對京都内的當鋪業和釀酒業課征稅收。

除此之外，與明朝進行的“勘合貿易”，也是室町幕府重要的财政收入來源。所謂“勘合貿易”，是明朝對外國來華進行朝貢貿易的一種稱呼，也稱“貢舶貿易”。“勘合貿易”必須在特定時間、特定地點進行。由于這期間倭寇猖獗，爲了對倭寇和幕府官方船隻加以區别，明朝發給室町幕府勘合符以示區分。幕府的貿易船隻到港後，需出示勘合符，經明朝官員查驗無誤後，方能進行交易。

随着對外貿易的發展，一些港口城市日益顯現出繁榮的景象，手工業和紡織業快速發展，不同産品之間的交換也日趨頻繁，城市的商業形式也變得日趨多樣。每月三次的定期市場“三齋市”從室町中期開始，改爲每月六次的“六齋市”。随着市場的繁榮和貨品種類的增加，還出現了類似于今天行業協會的組織——座。越是經濟發達的地方，“座”越多。由于“座”的普及與發達，行業種類也随之增多，分工越來越細，促進了商品質量的提高。

随着商業活動的蓬勃發展，貨物運輸業也興盛起來。在一些工商業發達地區，出現了“馬借”、“車借”等運輸組織。海上運輸出現了駁船，容積達千石的也爲數不少。