緊接着，吳捷開始介紹軍隊改制問題。時局正亂，複興會最大的力量便是軍隊。隻有建強軍隊，複興會才能發展壯大。而要建強軍隊，非改革軍制不可。
一開始，吳捷便論及改革軍制的重要性：
“明末時，滿洲八旗起于東北苦寒之地，卻最終打敗火器先進、人馬充沛的明軍。何也？軍制優良也。我們抛開明軍不足，單講八旗軍制優越性，諸位能講一二嗎？”
李珊元受命幫辦重組複興會，大受鼓舞，有心在衆人面前逞能，搶先說道：
“八旗将士自幼尚武，在馬背上長大，以漁獵爲生，天生便是合格的戰士。他們全民皆兵，平時散居爲民，戰時合而爲兵，雖然人少，但能以一當十，故而能夠戰勝明軍。”
吳捷點點頭，說道：“李珊元所說不假，但依我看，八旗之所以能夠以一當十，主要還在于他們的‘牛錄’制度。牛錄爲八旗基層單位，以血親、家族、村寨爲紐帶。這種血緣上的親密關系，輔之以尚武精神，使得八旗迸發出強大的戰鬥力。
“時至今日，八旗腐懦不堪，以二十萬之衆，散之于全國大城市之中，早年爲兵民合一，如今已經兵民不分，兵弱于民了。綠營更已朽爛，以六十萬之衆，要守衛城池、管理監獄、緝捕盜賊、巡護河堤、保護運河、押運漕船、守護倉庫……
“太平軍之所以能夠屢勝八旗、綠營，很大一方面原因在于軍制優越。我們要想在太平軍中一枝獨秀，就得想辦法創造最先進的軍制，再輔之以複興會，則可天下無敵矣。”
有人對此提出異議：“咱們改革軍制，動作如此大，會不會招惹天京方面猜忌？”
立馬就有好些人反對他：
“太平軍中的天地會部隊，基本都處于半獨立狀态。那個花旗軍，連旗幟都使用天地會的旗幟，洪秀全、楊秀清可曾管過他們？”
“九江天高黃帝遠，怕他作甚！”
“欲建非常之功，必行非常之事。不改革軍制，不足以壯大我軍。”
“隻要将士擁護、百姓擁護，就算洪楊心裏惱火，也管不到咱們！”
“洪楊勢同水火，各地戰事仍頻，他們管着了咱們嗎？”
……
吳捷止住大家，說道：“同志們，改革軍制勢在必行。九江與鎮江不同，離天京很遠，附近敵人不多。現在戰事不急，正是咱們大展拳腳之時。”
大家屏氣凝神，認真聽吳捷介紹此次軍制改革要點：
第一，複興會絕對掌握軍權。軍權不歸個人，歸于複興會。爲确保複興會絕對控制軍隊，要在軍隊各級建立複興會支部，支部要建至基層連一級，要建立軍事主官、複興委員雙首長制。這是此次軍制改革的核心要點，要與改組複興會同步實施。
第二，改行新編制。廢除原太平軍編制，改行新編制，使用軍、師、團、營、連、排、班七級編制。原則上使用三三制，一支部隊下轄三個分隊。
一軍轄三師，一師轄三團，一團轄三營，一營轄三連。
連是部隊的基層單位，是軍隊建設的關鍵，複興會支部要建在連一級。一連下轄三排，每排下轄三班。一班十人，一連可達一百人。
團爲基本作戰單位，可以單獨到一地執行任務。一團轄三個主力營，另外配屬偵察連、騎兵連、通信連、炮兵連、工兵連、特務連等直屬部隊。
師爲戰役級單位，可以單獨組織一場戰役，享有相當大的獨立指揮權。
第三，完善指揮系統。團以上設置指揮機關，分爲參謀部、政工部、保障部，直接爲軍政首長服務。
參謀部負責作戰指揮，下轄偵察科、作戰科、通信機要科、軍務科等，首長稱參謀長。
政工部主抓複興會支部建設，下轄組織科、宣傳科、幹部科、教育科、紀檢科等，首長稱主任。
保障部負責後勤裝備保障，下轄後勤科、軍械科等，首長稱部長。
第四，陸軍、水師分立。陸軍番号爲左七軍、水師番号爲右二軍，對外仍稱太平軍左七軍、右二軍。
左七軍、右二軍受複興會總部直接領導。
左七軍轄三個主力步兵師，另有炮兵團、騎兵團、工兵團、偵察營、特務營、通信營等直屬部隊。
馮桂芳任軍長，鄒世安任複興委員，參謀長爲盧波克。一師師長爲徐琛，二師師長爲倪雲鵬，三師師長爲雷振邦，各自兼任複興委員。
倪雲鵬是九江本地人，之前任左七軍斥候總管，此次吳捷特别把他超拔爲師長，成爲一方大員。
水師這邊，右二軍軍長爲史潘西，複興委員爲張允華，參謀長爲崔克。崔克爲米國人，海軍軍官出身，與史潘西相熟，四十歲，參加過歐洲海戰。
右二軍下轄三師，一師以崔克兼任師長，主水戰。二師以楊易峰爲師長，主登陸作戰。三師以晏仲武爲師長，主船運。
晏仲武船民出身，在湖南嶽州加入了左七軍。
右二軍另有九江碼頭、修船廠、姑塘造船廠等附屬機構。
第五，軍隊要履行多種職能。複興會抵達九江，并非隻是爲了單純防守九江，而是要以九江爲基地，長期經營九江。因此，軍隊既是戰鬥隊，也是工作隊，也是宣傳隊。
軍隊是戰鬥隊，不言而喻，就是爲了打仗，爲了保衛九江。爲了守衛九江，必須向南占據南康府，向西占據瑞昌府，向北渡江，占據黃梅，向東直抵湖口。
除了湖口由周庭森守衛，其他南昌、瑞昌、黃梅，三府縣，必須盡快占領之。
軍隊是工作隊，是指軍隊除了打仗，還要執行其他功能。譬如，軍隊占了城池，就要組織軍政府。爲了提高效率，政府應由軍隊接管，采取軍政府的形式。
要把地主的土地平分給農民，這就要統計人口，測量土地，設計分地方案。這些工作，隻能由軍隊來承擔。
要開礦辦廠，就得派軍隊過去保衛礦山，組織培訓礦工，執行突擊任務。
要大辦學校，但一時招募不到許多合格教師，就要組織教學培訓，從軍中選拔教學骨幹，從民間遴選優秀知識分子，把民間知識分子培養成合格教師。
軍隊是宣傳隊，是指軍隊要大力宣傳複興會的路線方針政策，不斷吸收優秀人才加入複興會，壯大複興會的組織，團結一切可以團結的力量。
第六，要建立民兵組織，牢固農村根據地。平分土地給農民，可以赢得農民支持，可以把九江建成一塊牢不可破的根據地。但要想鞏固農村分田成果，要想打消農民顧慮，必須在農村建立民兵組織，将政權末梢延伸至農村。
在軍隊，複興會要把支部建在連一級。在地方，複興會要把支部建在村莊一級。爲了建強支部，必須依賴民兵組織，從而把基層政權從地主、保長手裏奪回來。
紅錢會會長朱啓明是複興會員，在九江農村經營已久。這方面，可以找朱啓明幫忙。
第七，要擴大遊擊區域。九江、瑞昌、南康、黃梅諸地，是九江根據地的核心地域，吳捷志在必得。對于其他地方，特别是江西地區，應派出遊擊部隊，深入敵後，占領廣大農村，擴大複興會影響。
大家對軍制改革并無異議，反而十分踴躍。譬如，按照新編制，一師可編一萬人，徐琛做一師師長，就可招募一萬兵馬，這是多好的事！
吳捷告誡大家，說道：“改革軍制要力求穩健，不求一步到位，凡事都要一步步按實際來。譬如姑塘造船廠，至今仍在清軍手裏。等水師拿下姑塘，才能算作你們水師的。否則，一切都是白談。這項工作，由執委會軍事部主導。”
改革軍制沒有什麽阻力。接下來，便是研究平均地權問題。