東王府的密室非常隐秘，隻有楊秀清、陳承瑢兩人知道。當初，土營數十人負責建築這個密室。事成之後，楊秀清将那些土營将士全部處死，防止洩密。
正當楊秀清在密室中惴惴不安時，密室的門被打開了。許宗揚臉上露出猙獰的笑容，沖楊秀清喝道：“楊秀清，你也有今天，出來受死吧！”
楊秀清這才知道，是陳承瑢出賣了他。他坦然走出密室，看到門外的太平軍将士，突然仆地，又要使出“天父下凡”的鬼把戲。
“天父下凡”有一個前提：楊秀清周圍必須遍布親信、侍衛，這樣才能威懾其他人。如今，楊秀清孤身陷入敵軍，誰還信他的鬼把戲？
許宗揚一劍刺中楊秀清的肩膀，罵道：“東賊，你死到臨頭，還要裝神弄鬼！”
楊秀清被帶到了韋昌輝面前。
這個一向在楊秀清面前卑躬屈膝、低聲下氣的韋昌輝，這個最被楊秀清看不起的韋昌輝，在楊秀清最想不到的時候，殺楊秀清一個措手不及。又以迅雷不及掩耳之勢，殺得東殿毫無招架之力。
楊秀清忍住巨痛，對韋昌輝說道：“我要見天王，隻有天王能夠殺我。”
韋昌輝手提長劍，獰笑道：“我奉天王密诏，特來誅殺你這個亂臣賊子！”
說罷，韋昌輝瞄準楊秀清心髒，一劍刺了進去。
按照洪秀全的設想，誅楊行動隻殺楊秀清、楊元清、楊潤清、楊轉清四人，不得株連太廣。
但從9月3日淩晨起，韋昌輝的北殿、秦日綱的燕殿部隊就殺紅了眼。東王府、參護府内，屍橫滿地。東王府内文武官吏、男女老幼，參護府内的刀牌手們，死難的有數千人。
天亮後，洪秀全發布诏令，誅貶楊秀清爲“東孽”，對外宣布他“竊據神器，妄稱萬歲，已遭天殛”。
按，這個诏書出自洪秀全本人，被傳統史學界認作是楊秀清逼封萬歲的關鍵證據。其實，傳統史學界受曆史價值觀影響，難免要尊洪貶楊。洪秀全說楊秀清“妄稱萬歲”，多半是爲了撇清自己在天京事變中的責任。
同理，石達開兵敗被俘後，其口供有三個版本：《三略彙編》、《駱文忠公奏議》和《蜀燹述略》，《三略彙編》相對更加詳細可信。據《三略彙編》，石達開口供中稱“洪秀全本欲殺楊，口中不肯，且故意加楊秀清爲萬歲”。
這便是“洪秀全加封萬歲說”的來源。但石達開遠在湖北，顯然不可能詳知天京事變的内幕。石達開這樣說，要麽是撇清自己在天京事變中的責任，要麽就是根據洪秀全的說辭。
可見，楊秀清謀反、逼封萬歲之說并不成立。天京事變的導火索，正是陳承瑢誣告楊秀清謀反，其根源還在于太平天國的神權、政權沖突。
洪秀全下達诏書，聲稱既往不咎，隻株首惡，進一步麻痹了殘存的東殿黨羽。他們逐漸停止抵抗，放下了武器。
實際上，楊秀清刻薄寡恩，部下離心離德。史載，天京事變第二天，東王府附近的軍民紛紛闖入王府，搶奪府内的珠寶财物，根本沒人關心東王是死是活。
同樣的，殘餘的東殿刀牌手抵抗亦不激烈。除了韋昌輝兵馬強大外，洪秀全的诏書亦有力地瓦解了他們的抵抗意志。
韋昌輝陰狠毒辣，對放下武器的東王府文武官吏、東殿刀牌手，全都殺殺殺，不留一個活口。
這時候，官兵都殺紅了眼，早就把洪秀全“不得濫殺無辜”的禁令忘得一幹二淨。
洪秀全下達诏書後，東殿反抗寥寥，大多放下武器，放棄抵抗。隻有東殿禮部一尚書、扶天侯傅學賢不甘引頸就戮，繼續率領東殿殘部，與韋昌輝展開巷戰。
巷戰競日，傅學賢寡不敵衆，兵敗被殺。傅學賢一死，東王府殘存的屬吏、參護府刀牌手隻得投降。韋昌輝大開殺戒，将已經投降的東殿殘餘全部誅殺。
楊秀清有親族二十七人、東王娘娘五十四員。包括東王府中已有身孕的侍女，東王府大小屬吏三千餘名、參護府兩千餘名刀牌手，全部死于韋昌輝屠刀之下。
韋昌輝還不解恨。楊秀清柄權已久，天京衛戍部隊大多是東殿部隊，東王親信遍布天京内外大小關隘。
楊秀清暴卒，局勢陷入混亂，這些人群龍無首，未能組織起有效的反抗。萬一讓他們緩過神來，推舉出個領袖出來，韋昌輝、秦日綱等人可就危險了。
這時候，天京城内外已有流言，說韋昌輝并非奉有洪秀全的密诏，而是矯诏擅自誅楊。又說洪秀全下诏誅貶楊秀清爲“東孽”，也是出于韋昌輝的脅迫。
韋昌輝惱羞成怒，晉見洪秀全，要求誅殺楊秀清餘黨，以絕後患。
事情的發展已經大大超出洪秀全的預料，他原本隻想殺楊秀清兄弟四人。可韋昌輝卻說，不僅要殺盡天京城内外的東殿黨羽，還要誅殺前線的東殿大将，如楊輔清等。
要殺前線大将，豈不是自毀長城？洪秀全不答應，韋昌輝卻目露兇光，賴在天王府不走。洪秀全十分不快，他隐隐感覺到：韋昌輝就是另一個楊秀清，他才能不如楊，兇狠惡毒卻遠過之。
最後，陳承瑢出來和稀泥，勸說洪秀全誅殺天京衛戍部隊中的東殿黨羽，前線東殿大将暫不波及。陳承瑢足智多謀，獻了一條毒計：
洪秀全公開頒布诏書，就說韋昌輝、秦日綱矯诏誅楊，濫殺無辜。天王下令對這兩個亂臣賊子鞭刑五百，請東殿黨羽前來觀刑。
按，太平天國刑罰殘酷，犯人絕對撐不過五百鞭刑。
洪秀全勉強同意，轉身就下令親信蒙得恩加強天王府防務，從此緊閉天王府。他自己躲在幕後，讓韋昌輝等人在前面上蹿下跳。
在太平天國，承宣天王诏旨程序極爲繁瑣，需用女官宣诏、诏書專用黃綢、印玺、文書專用格式等，極難僞造。陳承瑢一向負責承宣天王诏旨，對其非常熟悉，東王黨羽對此并無懷疑。
刑場就設在天王府旁兩間大房子裏，六千多名東殿将士前來觀刑。他們不名就裏，在門外被守衛解除了武器。韋昌輝、秦日綱兩人被鐵鏈捆住，被綁在行刑台上。
然而，等東殿将士來得差不多了，一隊荷槍實彈的親兵擁上行刑台，護衛韋昌輝、秦日綱從後門離開。
緊接着，各門緊閉，從牆外扔進無數炸彈。東殿将士完全想不到，堂堂天王竟會做出如此卑劣的行徑。他們猝不及防，手無寸鐵，隻能扒房牆磚頭抵抗。
這是一場慘絕人寰的屠殺。屠殺者使用槍、炮猛轟東殿将士，後來，他們幹脆赤裸右臂，沖入了房内，把剩下的抵抗者統統殺死。
屠殺足足持續了六個小時。
緊接着，韋昌輝要求斬草除根，搜殺老弱婦孺。
傅善祥母子是東王餘孽，也是韋昌輝重點捕殺對象。當北殿兵馬撲入傅善祥寄身的女營時，傅善祥母子早已不見了蹤影。