前來拜訪尹峰的，是号稱天主教中國傳教三大支柱：徐光啓、楊廷筠、李之藻三人中的楊廷筠與李之藻，此二人是應中華軍總統領尹峰的邀請，前來接收一批被關押在南京大獄内的天主教徒，這些教徒都是前一年、萬曆四十四年南京教難中的受害者。

南京教案是天主教在明朝中國傳播時，第一次遭遇到的政治上直接打擊，主使者是南京禮部侍朗沈榷，他分别三次上書朝廷“參遠夷”，指控耶稣會傳教士潛入中國，行蹤可疑，圖謀不軌，列舉的罪狀有二：一是西方傳教士參預修曆，違背了尚書堯舜以來的中國傳統曆法；二是不讓教徒祭祀祖宗，乃是大逆不道，沈槯要求朝廷将傳教士驅逐出境。

萬曆皇帝對他的奏章不置可否，但是沈槯有司禮監太監的支持和内閣大學士方從哲的支持，不待朝廷明旨，就将王豐肅(後改名爲高一志)與謝務祿(後改名爲曾德昭)等十三名傳教士、教徒抓了起來。

王豐肅在獄中被獄卒打得體無完膚、半死不活，随着沈槯的又一道上疏直接指控天主教謀反：“據其所稱天主，乃彼國第一罪人……矯巫稱尊，欺诳視聽，亦不足辯也，但使止行異教，非有陰謀，何故于洪武崗王氣所鍾，辄私盤據；又何故于孝陵衛寝前，擅造花園，……據查，台灣海寇俱奉其教，肆孽海上，大逆不道……”神宗荒于政，沈榷勾結太監，矯诏驅夷，南北兩京傳教士紛紛被捕入獄，他們的住所被拆、教堂大多被毀。

說起來，中華公司反抗海禁一事，也影響了這次教難，由于台灣公開允許天主教傳教，因此這也成了天主教謀反的一項罪證。

尹峰的軍隊攻入南京城時，這夥傳教士和教徒剛剛被移解到了都察院，當官員衙役都逃跑之後，這些特殊的犯人就落入了中華軍之手。

這些教難受害者不僅有王豐肅與謝務祿等西洋傳教士，還有中國籍教徒鍾鳴禮與鍾鳴仁兩兄弟，已經被判押往關外爲奴，鍾鳴仁，是第一個入耶稣會的中國人，他的号叫念江，廣東新會人，通曉葡萄牙語等多種西方語言，曾任利瑪窦的翻譯，從行數年，另外還有十多名中國籍教徒，其中有耶稣會的實習修士，他們受到了中華軍很好的對待，由中華軍中的天主教徒照顧。

在朝廷拒絕和談之後，尹峰一方面決定再次擴大對朝廷的軍事攻擊力度，另一方面向在朝野之間尋找能夠上下斡旋的人。

這時他想到了這群教難受害者，立刻向在杭州的楊廷筠、李之藻發出信件，信中說：久仰二位是努力弘揚西學的大家，我中華公司也是一向緻力于融合東西學問的，我軍發現了南京大獄中的天主教徒，想把這些受難傳教士救出大獄帶往台灣；在兩位家中避難的傳教士和教徒，我們也可以幫忙轉移，不知意下如何。

南京教難一起，北京城就留下了耶稣會中國傳教會會長龍華民和日耳曼人鄧玉函兩個傳教士，其餘的傳教士不是被抓捕入獄、驅逐出境就是躲藏到了信徒家中被保護起來，其中，龐迪我、郭居靜、畢方濟、艾儒略、史惟真等傳教士安全隐藏於杭州的楊廷筠、李之藻兩人家中傳教。

本來，楊、李這兩位科舉出身的中國天主教徒是絕對不會和叛逆賊寇交往的，無奈，他們正好在此時接到了龍華民從北京傳來的信：要求他們想辦法搭救南京的教友，并且千方百計和台灣中華公司結好。

楊李二位在教會中的地位，使他們知道台灣在耶稣會中國教區中的重要地位，中華公司統治區有近4000名中國受洗教徒，比整個中國内地的教徒數量還多，出于同教情誼，他們想了解結識一下中華軍中的教徒，順便搭救出那些獄中的教友，因此才會有兩人的南京之行。

他們二人在澳門教徒石宏基陪同下來到中華軍在南京的老營。

石宏基，字厚齊，澳門華人天主教徒，今年43歲，石宏基是明朝第一批華人天主教徒之一，1596年聖保祿學院美術課程班的第一期學員，畢業後即赴内地教區擔任“畫師”，當時僅13歲，1603年又到北京會院協助利瑪窦工作，1610年後在中國各地傳教，和尤文輝非常熟悉，同樣是最早學習西洋油畫技法的中國畫家。

楊廷筠和李之藻聽說了尹峰身邊随行人員中，有一位是石宏基的同鄉教友，因此才讓他陪同的。

他倆進入南京城時，非常吃驚地發現南京城内秩序井然，各行各業興旺發達，甚至還有不少金發碧眼的西洋人來往在街道上；中華公司抓緊時機，把台灣港的外商也帶到了南京，大肆做買賣。

蘇州戰役後，顔思齊的第五旅攻占了蘇州及嘉定、金山等地，基本上整個南直隸的南半部地區都已在中華軍占領下，這一帶是江南的主要蠶桑養殖區，每年的四月到十一月都是江南收購蠶繭的季節，此時正是蠶絲收購時節的尾聲，江南的蠶桑養殖業并未被戰争打斷發展，随着中華軍的迅速獲勝，戰争破壞範圍很小，而且中華公司這個海外絲綢貿易的最大主顧直接前來收貨，這一行業還達到了高潮，南京城滿大街來往的都是蠶農和絲商，已經有人在問中華軍臨時設立的市場主管說：“……你們明年還來吧，或者，你們要在這裏住多久，”

楊、李二人目睹堂堂的帝國南京城成了大集市，不由地哭笑不得，他們來到北城一帶官紳勳貴居住區，發現個各個家族的宅院門口都有黑衣兵士把守，但是看得出這些官僚貴族之家并未受到破壞。

他們還發現除了少數幾處府庫、官衙、兵營被中華軍征用以外，其餘南京城内民居基本沒有受到中華軍的影響，而且，老百姓和街頭巷尾巡邏執勤的中華軍戰士相處甚歡，似乎毫無抵觸情緒。

他倆驚疑不定，中華軍的軍紀之好他們原先有聽說，現在真的看見了，卻又是憂心忡忡：無論如何，海寇如此表現的象是一支“王者之師”，在他們而言并非好事，而是大明朝的危機。

他倆來到老營求見尹峰，以自己的教名通報，尹峰早就在等他們了，立刻派尤文輝出來迎接。

他們一見面就明确自己天主教徒和丁憂在家的身份，強調自己來此是私人性質的會見，爲了解救教友而來，在場的陸若漢是耶稣會中國教區巡視員，和兩人劃着十字、拱着手鞠躬見禮，這種中西合璧式的禮節在尹峰看來非常滑稽，好容易才憋住笑，他沒有計較二位名人的矯情，親自帶他們去和那些南京大獄中出來教友見了面。

尹峰然後在自己住處請他們參觀了中華聯合公司出版的書籍：《幾何原本》全部15卷翻譯本、《天體運行論》等西方科技書籍，還有李之藻參考《幾何原本》寫出《圓容較義》一書，還有五年前出版的《幾何體論》和《幾何要法》兩書，這是上海嘉定人孫元化的著作，孫本人是徐光啓的好友、學生，也是一位天主教徒。

李之藻和楊廷筠都很吃驚：李之藻對自己的書被盜版并無意見，隻是對這些講實學、西學的書籍居然在台灣能大量出版非常吃驚。

尹峰乘機對他們做工作，請求他們在中華公司和朝廷之間斡旋。

“……我們是大明的希望，我大明如今百病叢生，西學是拯救之道，也是徐大學士與諸位先生說的‘補儒’之道，我公司并非像改朝換代，而是想要開海裕國、大明百姓安居樂業，海禁必須取消，這樣諸位所信仰的天主教才能傳播在中華大地……”

李、楊二人并未做出任何承諾，他倆走的時候把自己的弟子留下了，随後，在他們家中躲藏的一些傳教士也由水路來到了南京，龐迪我、郭居靜、畢方濟、艾儒略、史惟真等傳教士中，郭居靜不願離開内地，留在了杭州李之藻家中。

楊廷筠曾任職監察禦史，李之藻任南京太仆寺少卿，官職都不算高，在朝中影響力不夠，這一點尹峰也已經考慮到了，不久，南京大獄中的傳教士王豐肅以及杭州逃難來的龐迪我、畢方濟、艾儒略等啓程去台灣避難時，聯名寫了一封信給在天津衛的徐光啓，請他出面主張招撫中華公司。

同一時期，李之藻和楊廷筠去信給前任内閣首輔葉向高，葉向高于萬曆四十二年八月晉少師兼太子太師，緻仕之後，一直在福建福州府福清縣老家閑居，對利瑪窦及西洋傳教士很有好感的葉向高接信後，立刻動身前往杭州。

楊、李兩人的信件中并未直接提出招撫一事，而是把兩人在中華軍控制區的見聞說了一遍，然後提到尹峰提出開海禁通商後就願意撤離南京、北京。

葉向高畢竟是政治人物，他從信中叙述的事情中看出了大明朝說面臨的重大危機。

他急急忙忙地來到杭州，他首先去拜訪了浙江副總兵羅慶，請他說說中華軍的戰鬥力，羅慶以爲這位前任閣老是要重回朝廷，因而出來找事，自然是添油加醋地說了一通，從羅慶這裏出來後，葉向高去李之藻家會見了楊李二位。

一見面他就說：“這場仗不能打了，再打下去，大明朝危亦，”