在1863年3月3日，北方聯邦國會通過了《征兵法》，規定政府将直接征召士兵，隻要是身體健康、四肢健全、年齡在20歲到45歲之間的成年男子都要服兵役。但是，如果你貪生怕死不想上戰場的話，也好商量，隻要你有錢，隻要繳納300美元，就可以不用服兵役，或者你能找到一個願意頂替你服兵役的。所以，這實際上是隻征召窮人，而放過富人。《征兵法》的頒布，是美國軍事曆史上的一次重大改革，把志願兵役?改成了義務兵役制。《征兵法》得到了北方人民的熱烈支持，在1863年底的時候，北方聯邦的總兵力達到了918000人。
内戰促進了北方的經濟，但是對南部同盟而言卻恰恰相反，内戰期間，南部同盟的經濟陷入了困境，并逐漸走向崩潰。因爲南部以農業爲主，是一個巨大的農業區，主要靠生産棉花、煙草等大宗商品農作物，然後用這些農作物和北方以及歐洲進行貿易，交換他們所需的工業品，甚至連糧食也需要從北方獲取。戰争開始之後，北方聯邦強大的海軍實力變成了嚴密的絞索，基本上封死了南部同盟棉花等大宗農産品的出路，從而使之得不到想要的工業品。南部同盟的工業基礎本來就薄弱，還不得不優先生産軍工，從而使南部同盟的經濟更加的萎靡。
戰時南部同盟最大的困難是财力不足，爲了應付龐大的戰争開支，從1861年3月發行了小額的有息紙币和公債，至此之後，就一發不可收拾，僅在1861年一年，就發行了2億美元。到了1864年底，南部同盟的紙币流通量已經達到了20多億美元。當超過貨物價值的貨币在市場流通的時候，就會産生通貨膨脹，使币值貶值，反應到生活中就是錢不值錢了。在1863年3月的時候，60美元才能兌換1美元的金币。經濟的不景氣使得南部同盟的債券根本就沒人買，再加上稅收也少得可憐，南部同盟沒辦法，隻得實行強硬的重稅政策，巧立名目，開證新稅，對已經有的稅開始加重，在1863年底的時候，對經濟支柱的農産品征收的稅率已經達到了10%。南部同盟還低價強行征購人民的糧食、馬匹、車輛等物資。南部同盟爲了抵抗可以說是無所不用其極，但是這種做法不但無異于是，而且更使得南部同盟的物資日益枯竭。
糧食困難又是南部同盟的一大困難，由于糧食進口的通道被北方聯邦給掐死了，南部同盟要想有糧食吃的話，就隻能靠“自己動手，豐衣足食”了。南部同盟政府下令，同盟各州大量限制棉花的生産而擴大糧食的種植面積，如果有人敢種植超過政府允許的量的話，就征收超産稅。雖然出台了相應的政策，但是奈何種植的主力大軍黑人奴隸們實在是提不起興趣來，勞動效率非常低下，再加上北軍不斷向南推進，南部同盟的糧食生産水平始終上不去。同時，再加上運輸工具的短缺和破舊，使得原本就不多的糧食根本不能進行合理分配，甚至連南軍都不能得到充足的口糧，南軍在前線往往由于糧食供應不足而贻誤戰機，從而影響了戰局的發展。
南部同盟經濟不行，糧食不足，還沒錢，這還不算完，連兵員都不夠。南部同盟爲了得到充足的兵員補充，在1862年4月頒布了征兵法，規定在南部實行義務兵役制。如果每個人的責任都是一樣的，那也行，但是在同年的9月份又出台了一個補充條款，條款中說道奴隸主有豁免權。有句俗話說的話，不患寡而患不均，這種做法引起了南部同盟人民的普遍不滿，普通人民普遍逃脫兵役，而且已經在南軍中的士兵開小差的也逐漸增多，還多次發生了抗征兵役的中途。爲了保證兵員，南部同門決定給這些“刁民”一點顔色看看，他們悍然停止了《人身保護法》，但是南部同盟舞了一圈大棒之後，發現并沒有什麽卵用。僅在密西西比河以東地區，有将近15萬人逃兵役，在整個内戰期間，南軍士兵開小差的達到了20萬人。
南部同盟不斷衰弱，黑人奴隸的反抗鬥争也成了南部同盟的一個心腹大患。戰争爆發之後，奴隸主将更重的生産負擔壓在了奴隸們身上，激起了黑人奴隸們的激烈反抗，在林肯發表了著名的《解放黑人奴隸宣言》之後，反抗鬥争更加風起雲湧。據統計，内戰期間，至少發生了25起黑人起義或密謀，大約有50萬的黑人奴隸逃往北部。爲了鎮壓黑人奴隸的反抗，南部同盟采取恐怖手段進行殘酷鎮壓。他們燒死、絞死起義奴隸，槍斃或者砍殺逃往奴隸，還把奴隸們趕進了“安全區”嚴加控制。
這些就是南部同盟在戰争期間所遇到的、根本就無法克服的危機，生産落後，經濟衰退，階級矛盾日益尖銳，财力、物力、人力的日益枯竭，這些内部因素也決定了南部同盟的最終失敗。
林肯是在1860年赢得了美國總統大選，美國總統四年一個任期，下一次總統選舉則是在四年之後的1864年，隻不過這次總統選舉有些特殊，是在戰争中進行的。而且參加選舉的還不是所有的美國人，而隻是北方聯邦的人。這次戰争狀态下進行的選舉，受到了戰争的非常強烈的影響，從而爆發了激烈的政治鬥争。
在1864年6月，林肯所在的共和黨繼續提名林肯爲總統候選人，但是，這時前線的戰績有些不妙，東部的格蘭特沒能打敗羅伯特李，而西部的謝爾曼也在亞特蘭大止步不前。而且，林肯這個人并不是一個激進主義者，而采取了相對溫和的措施來對待參見南部同盟的各州。但是，林肯的政策使得聯邦中的激進派們非常不滿，從而使得共和黨産生了分裂，這些激進者們覺得林肯是一個“衰弱的總統，他缺乏活力、決心、果敢，由于這些原因，國家受了苦難”。這些人決定推舉薩蒙蔡斯來當總統候選人。
共和黨内部的分裂給了民主黨可趁之機，他們開始大肆進行反戰宣傳，煽動對黑人的種族仇視和對戰時物價上漲的不滿，并以此爲借口，對林肯大加诋毀，甚至還提名讓麥克萊倫當總統候選人，對，這個麥克萊倫就是之前有着“美國趙括”之稱的那個麥克萊倫。
現在的形勢就對林肯非常不利，是外有強敵，内有掣肘。就連一些最堅定支持林肯的人都開始勸林肯來和南部同盟議和，進行妥協，一遍能夠在當總統。但是，林肯十分堅決的否定了這一建議，他覺得這種行動無異于是投降。
林肯的堅持得到了彙報，戰局開始對北方聯邦有利起來，謝爾曼的大軍在南部同盟的腹地一路狂奔。而且，南部同盟的總統戴維斯也非常配合地給林肯加了油，可能是總統的位子坐上瘾了，他堅持要分裂美國，并且拒絕議和。凡是都怕豬隊友，戴維斯的立場一亮出來，使得共和黨内部的反對派和民主黨的反戰宣傳成了一場笑話。9月10日，謝爾曼在亞特蘭大前線取得了大捷，這進一步增強了林肯在競選中的地位。11月8日，林肯終于戰勝了麥克萊倫，再度當選爲美國總統。
林肯當選之後，立刻呼籲國會考慮通過憲法第十三條憲法修正案，把解放黑奴的措施以憲法形式确定下來。他在12月的國會咨文中，明确地表示了他本人在解放奴隸制度的問題上的堅定态度：在我繼續留在目前的地位上時，我不打算撤回或修改《解放黑人奴隸宣言》，也不會把根據這個宣言或國會的任何法案而獲得自由的任何人送回去重新當奴隸。爲了使修正案在國會獲得三分之二的多數票，林肯做了大量的工作。林肯的努力最終獲得了成功，在1865年1月1日，衆議院進行最後的表決中，以票獲得了通過。年末，第十三條修正案獲得四分之三以上州的批準而正式生效。萬惡的奴隸制度終于被埋葬了，國會還在1865年2月通過了成立自由民局的法案，由該局承擔安置管理已經獲得解放的黑人的職責。
内戰的進程證實了林肯的預言：戴維斯不可能自願地重新接受聯邦，我們也不可能自願地放棄聯邦。盡管南部同盟在戰場上頑強抵抗，企圖獲得在談判中讨價還價的地位，但是形勢對于南軍越來越不利，。1865年2月，謝爾曼的大軍又發動了新的攻勢，從薩凡納北上，準備如同佐治亞一樣橫掃南、卡萊羅那州，并最終和格蘭特在弗吉尼亞會師。謝爾曼的恐怖政策，是南部的奴隸主們膽戰心驚，望風披靡。17日，謝爾曼占領了南卡羅萊納州的首府哥倫比亞，第二天又兵不血刃地占領了重鎮查爾斯頓。南軍也做了最後的努力，在3月15日，南軍約翰斯頓試圖在北卡羅來納州進行阻擊，但是兩次受挫。至此之後，再也無力阻攔謝爾曼的大軍，4月中旬，謝爾曼攻克了北卡羅來納州首府羅利，勝利完成了第三次大進軍。
與此同時，格蘭特的大軍在東部戰區也不斷取得新的戰果，1865年3月中旬，格蘭特的115000大軍将羅伯特李的54000人圍困在了彼得斯堡。南軍在做最後的抵抗，但是這已經是回天乏力，南軍最終在4月2日不得不撤出了彼得斯堡。彼得斯堡的陷落标志着南部聯盟首都裏士滿即将陷落，裏士滿陷入了一片混亂，奴隸主們紛紛逃亡。4月3日，聯邦軍隊終于開進了被叛亂集團占據了4年之久的裏士滿。