但是南軍依然負隅頑抗，羅伯特李和約翰斯頓的部隊集合在一起，準備繼續作戰，但是他們已經被北軍團團包圍，到處都是北軍，4月8日，羅伯特李率領僅僅3萬人的參軍被北軍包圍在了距離裏士滿80英裏的阿波馬托克斯的小村子，包圍他們的北軍達到了7萬之衆。在兩倍敵人的包圍下的南軍，彈盡糧絕，士氣低落,完全喪失了抵抗的力量。南軍大勢已去，羅伯特李不得已，遂在1865年的4月9日向格蘭特投降。羅伯特李的投降，标志着南北戰争的軍事對抗基本結束。在羅伯特李的示範下，剩餘南軍紛紛投降，到了5月末，南軍最後一支部隊在新奧爾良投下你給，内戰終于以北方聯邦的徹底勝利而告終。
曆史4年的美國内戰以北方工業資産階級的完全勝利而結束，從而鞏固了政權，美利堅合衆國的完整性得以保存，資本主義發展的最大障礙奴隸制度被掃除，社會生産力也取得了迅速發展。這些因素使得美國在30年内就居于世界領先地位。
當然，南部同盟的失敗是不可避免的，因爲他們違背了曆史的發展潮流，無論是在人心所向，還是在物質基礎方面，南部同盟都遠遠不是北方聯邦的對手。
羅伯特李投降後的第三天，林肯發表了他一生的最後一次演講。他重申了對南部重建問題的意見和政策，因爲在打碎了南部的社會制度和政治制度之後，需要在廢墟上進行重建，就好像二戰之後，日本的重建，美軍攻占了阿富汗和伊拉克之後，也進行了戰後重建。林肯對于南部重建的主要思想就是寬容，他提出，隻要原先參加南部同盟各州隻要有10%的白人舉行了宣誓效忠并且成立了州政府，那這些州就可以重入聯邦，再一次加入到大家庭之中。戰争結束之後一般都是要審判戰犯的，比較著名的比如東京審判。但是林肯甚至拒絕逮捕導緻内戰的元兇、也是南部同盟的總統戴維斯以及他的内閣成員，并主張不要去迫害過去的敵人。林肯一直不是一個激進派，他是一個溫和派，廢奴如此，戰後重建亦如此，而且從他的主張中，可以看出他似乎或多或少也帶有一些種族歧視的意味。
但是，失敗了南部同盟的奴隸主們并沒有對林肯抛出的橄榄枝表示出感激，而是恰恰相反，他們因爲失敗而更加仇恨。1865年4月14日，林肯總統召開了他最後一次内閣會議，會議決定解除對南部的封鎖。當天晚上，林肯帶着他的夫人來到了福特劇院，參加慶祝勝利的晚會。但是，他所不知道的是，他的人生也在此進入到了倒計時。
就在林肯觀看演出時，一個支持南部的頑固分子雨涵威爾克斯布斯混進了林肯總統的包廂，在背後射出了罪惡的子彈。偉大的總統就此倒了下去，在他的威望正如日中天的時候，他與世長辭，美國失去了他們偉大的總統，世界失去了一個高傷的人格。其實，林肯在這時倒下也未嘗不是最好的結果，如果在之後的執政過程中，出現了問題，可能會對他的形象造成影響，如同二戰期間的麥克阿瑟，他最好的結局可能就是在仁川登陸的時候倒在登陸的陣地上。
林肯的逝世引起了巨大的震動，舉國皆哀。有150人懷着崇敬的心情瞻仰了林肯的遺容，自動出來緻哀的達到了700多萬人。許多國家都舉行了哀悼儀式，就連提出了科學社會主義這一資本主義大敵的馬克思都在國際工人協會的吊唁中對林肯進行了崇高的評價。林肯的同僚陸軍部長以及其悲痛的心情說道：“現在他是屬于所有時代的人物了。”
林肯受到如此多的贊美和崇敬，确實當之無愧。他在美國自由勞動制度與奴隸制度生死決戰的關鍵時刻，領導美國人民進行一場維護進步與統一的鬥争，平息了奴隸主的叛亂，消滅了奴隸制度，從而推動了美國社會的發展。
林肯堅持一切人生而平等的原則，倡導“民有、民治、民享”。堅定不移地反對奴隸制度，《解放黑人奴隸宣言》這一廢除奴隸制的曆史文獻，已經永遠同林肯的名字連在一起了。他以傑出的曆史貢獻，在美國曆史上，直與開國元勳喬治華盛頓齊名。
内戰摧毀了奴隸制，曆史從而進入到了重建時期。其實在内戰後期，在北方聯邦已經建立起了相當大的優勢之後，就開始讨論對戰後南部各州的處理和改造問題上。當時，美國的南部重建面臨着兩大難題，第一個問題，曾經宣布退出聯邦的南部同盟各州，該如何重新加入聯邦，如果沒能重歸聯邦的話，那重建誰阿。第二個問題，就是剛剛獲得了解放的黑人的權利和地位到底是什麽。
保守派認爲，不用趕盡殺絕，隻要南部同盟各州停止分裂和叛亂，廢除奴隸制，服從聯邦憲法，承認聯邦統一之後，就可以恢複其在聯邦中的地位。但是，激進派認爲，南部各州宣布脫離聯邦建立所謂的南部同盟并且還掀起了叛亂，已經和自絕于聯邦，喪失了它們原本有的“州”的地位，現在應該作爲被征服的省份加以管制，對他們的領導分子和骨幹分子應該嚴加懲辦，還要徹底剝奪叛亂分子的選舉權，要保證黑人的選舉權，隻有在這些的基礎上，才能夠重新加入聯邦。
林肯總統遇刺之後，他的繼任者安德魯約翰遜推行了更爲寬大的重建綱領，在1865年5月29日公開發表的《大赦宣言》，幾乎赦免了絕大部分的叛亂者。除德克薩斯州之外的南部各州據此在剝奪了黑人的選舉權的基礎上建立起由南部同盟舊官員控制的州政府，掌權的那部分人還是原先那一部分人。事實上，約翰遜的重建計劃幾乎是按照前南部同盟各州所堅持的條件重新加入聯邦。
約翰遜的重建綱領在南部各州的實施，一度造成了南部政治出現倒退和反動，逃亡的種植園主們紛紛回到了故地，已經被黑人們分掉的土地重新又被奪了回去，并且還向政府所要那些被沒收的财産。南部各州以戰前的奴隸法典爲藍本制定了《黑人法典》。《黑人法典》限制了黑人的自由和權利，在政治、經濟、人身自由、種族歧視等等方面都限制了。
當時，身爲執政黨的共和黨内部分成了三派，分别是保守派、溫和派和激進派，約翰遜是保守派的代表，因爲保守派的大多數是那些與南部種植園經濟有着千絲萬縷聯系，他們害怕自己在南部的經濟利益受到損害，因爲支持約翰遜的重建綱領，謀求與南部種植園主的和解。
而激進派的利益與南部種植園主的利益相反，種植園主希望低關稅，這樣他們在進口所需的工業品的時候，就會便宜很多，而激進派則要求實行高關稅，保護本國的工業。而溫和派則是一個介于保守派和激進派之間的一個不穩定集團，他們既不想南部種植園主們重新獲得領導地位，又不希望惡化同約翰遜總統的關系。溫和派，也就是騎牆的這群人，是三個派别中人數最多的。
本來溫和派還打算和稀泥的，但是有句話說的好，天作孽，猶可恕，自作孽，不可活；又有一句網絡流行語說得好：不作死就不會死，南部各州的種種行爲将溫和派推向了激進派。無論是南部各州的《黑人法典》，還是迫害黑人的百人恐怖組織“3k黨”，都讓溫和派看不下去了，他們認識到，重新執政的南部各州的民主黨人，根本不肯承認内戰的結局和黑人的解放，，而約翰遜的重建綱領隻能助長南部的形勢更爲的惡化，再加上約翰遜的狹隘估值，剛愎自用，也引起了溫和派的反感。至此，約翰遜和保守派被空前的孤立了起來，在1866年的國會選舉中，激進派取得了決定性的勝利，穩固地掌握了兩院的三分之二的多數票。因爲在美國三權分立的政治格局中，國會是有着制約總統的權力的，但是需要一定的席位作爲支撐，這三分之二的多數票，保證了國會可以做自己任何想做的事。
在1866年1月，參議員特朗布爾提出了公民權利法案，法案規定，除了不納稅的印第安人之外，合衆國所有的合法居住者，都享有平等的公民權利，不論其種族、膚色、之前是否爲奴隸。任何州和個人都不能用任何借口來剝奪公民應該享有的權利，凡是違反的，都是犯罪，都要抓起來，如果情況實在惡化的厲害，那麽美利堅合衆國的武裝力量則是最後的保障。雖然保守黨們極力反對，但是國會還是通過了該法案，但是在讓總統簽字的時候，約翰遜總統卻借口“偏袒”黑人、“侵犯州權”和幹涉勞資關系爲借口給否決了，總統是有這個權力的，但是随後國會又以三分之二的多數票駁回了總統的否決，這下約翰遜總統也沒轍了，因爲總統隻能否決一次。
在公民權利法案的基礎上，4月30日，史蒂文提出了第十四條憲法修正案，國會雖然經過了1月多月的讨論，但是隻要激進派能達成共識，那麽就肯定會通過，最終在6月13日，該憲法修正案獲得了通過。第十四條憲法修正案規定，凡是美利堅合衆國的所有合法居住者都是美國公民，各州不得制定或者施行剝奪合衆國公民的特權與豁免權的法律，也不得剝奪公民的生命、自由和财産的權利，各州在國會的衆議員名額按照其人口進行分配，剝奪部分叛亂者的參政權，宣布南部同盟和各州的戰争債務無效，也不得因喪失奴隸而給奴隸主任何的補償。
第十四條憲法修正案，也是南部政治重建的總的政策的規定。