劉飛揚率軍從濟南出發，過德州，奔滄州，一路未再遇抵抗。而二路軍，由劉洪恩率的第四師和**師一部在青島登陸後，幾乎暢通無阻的經濰坊、淄博、濱州，到了滄州的東面。
新軍的兩路大軍，在滄州在南面，東面與駐守在此北洋軍對峙。但是，雙方卻不約而同的隻對峙并未開戰。
在滄州的南洋新軍主力一路坦途，但三路軍第三師此時遇到了麻煩。
第三師從阜陽出兵，進入河南後，河南巡撫裕長下令各地騷擾進入河南的新軍。時不時的有小股清軍，破壞了道路，獲放也槍冷槍，騷擾雖然阻緩了第三師的前進，但是并不能讓第三師停下腳步。
10月3日，裕長率兵來到通許縣，後就駐守在通許縣，但此時的通許隻有兵力五千多人。因此，裕長下令河南各地的軍隊趕住通許縣，在此阻擋住新軍第三師。
此時新軍第三師剛出周口，離通許還近二百裏的路程，依照第三師原有的行軍速度，到達通許還需四天的時間。但第三師得到裕長已經南下通許縣并在通許布防時，已任第三師的參謀官段祺瑞提出，讓第一旅輕裝快速進軍通許，包圍通許縣。把裕長圍在通許，然後圍城打援，一戰而下河南。
第三師師長吳金達考慮後認爲可行，他馬上下令第一旅放棄全部的大炮等重武器，隻帶一些迫擊炮機槍，一天半時間内必需到達通許，并且包圍通許縣城。
4日午後，新軍突然出現在通許縣，這大出裕長所料。此時，通許隻有五千多人，要去對付兵強馬壯的新軍，裕長感到很不安。不過，很快他就得報，到達通許城外的新軍不過三千多人，而且并沒有帶大炮。裕長想了想，決定趁新軍大軍未到，在通許縣殲滅這支新軍先鋒部隊。他馬上命令各地的軍隊加快速度，向通許靠攏，合力剿滅通許城外的新軍。
從洛陽等地趕來的清軍馬上加快速度向通許進軍。
4日下午2時，第三師第一旅進入通許後，立即發起攻擊。這一帶都是平原并無有利的地形可以防守，第一旅雖然沒有帶大炮，但河南的清軍也沒有多少大炮裝備。裕長所帶的六門大炮全都布屬在通許縣城裏，第一旅的迫擊炮對清軍而言不蒂就是大炮。清軍在通許縣城外的防禦并不強，至夜裏7時，第一旅已突破通許守敵外圍防禦陣地，先後占領了劉莊、萬莊村、雙溝村等要點，将敵壓縮于城内。
裕長大感危險，他令人出去呼援求救。各地的增援的清軍得知巡撫裕長被圍在通許後，下令急速前進，争取在新軍大隊到來之前打通通許，救出裕長。
5日，清軍洛陽總兵劉子清率綠營7000人，在尉氏縣與從許昌而來副将索龍圖率領的4000綠營彙合。6日下午4時，清軍先頭部隊進入通許縣内，其先頭部隊抵達通許縣城西面萬莊村。
萬莊村是通許縣通往洛州、許昌的咽喉，距通許縣城隻有約5裏。劉子清率部繼續東進，企圖當日下午即趕到通許縣城，搶在新軍大部到達之前打通許的通路，并重創新軍的先鋒部。
清軍其先頭部隊一入萬莊村，即遭到第一旅一個營的阻擊，前進緩慢。至6時，清軍大部到達，但其先頭部隊被阻于萬莊村寸步未進。劉子清判斷新軍阻援部隊兵力不大，不能阻其前進，更無力吃掉他的一萬多的清軍，故于當晚令其全軍就地宿營，收縮部隊，形成環形防禦，準備次日繼續東進。
入夜，第三師各部隐蔽向清軍接近，7日拂曉發起進攻。第三師第二旅第一團從側後方插入清軍的側背猛攻，殲滅清軍的後衛警戒部隊後，7時許攻占小高林街、小廟溝，切斷清軍退路。接着，第三師第二旅第二團正由南向北開進，帶來了大炮，援增萬莊村。劉子清發覺前進道路被堵死，後路被截斷，全軍已陷人包圍之中，企圖集結兵力突圍。
此時，第三師第三旅尚未到北面的清水口村，而清軍軍已占領此地，且正向該地集結。如不迅速堵住這一缺口，将給敵留下向北逃竄道路。在此緊要關頭，第三師第一旅的一個連立即占領了清水口村外一片小樹林，以切斷敵北逃退路。劉子清命令清軍猛攻這片小樹林，一個連面對着兩千餘的清軍，堅守了一個多小時。11時，第一旅三團團長任世鴻迅速率部接替小樹林陣地，沿田間小路向南攻擊清水口村，殲滅清軍一部後攻占清水口村。清軍爲奪回已失清水口村，先以投入近三千人連續猛烈反撲。但此時隻是徒增傷亡罷了，在新軍強大的裝備面對，隻有一半多拿着洋槍的清軍對面着迫擊炮，機槍，步槍的新軍激戰了3個小時，在不到20000平方米陣地上，斃傷敵近千名，在午後将清軍擊退，控制清水口村，封住了清軍北逃唯一缺口，爲全殲援敵創造了條件。
此時，增援通許的清軍已全部鑽進了新軍設置的“口袋”，劉子清決定分路突圍，但新軍各部已經封住所有道路。
雖然這時，通許縣城内的裕長多次派兵出城夾擊萬莊村的新軍，但已挽救不了劉子清全軍覆滅命運。劉子清見突圍無望，敗局已成，絕望哀鳴，用手槍自殺身亡。戰至下午4時，萬莊村西面的清軍陣地全部被攻占。殘存的清軍龜縮田地中，狼奔豕突，紛紛投降。下午5時許，被圍清軍全部就殲，戰鬥勝利結束。
在萬莊村圍殲援敵的清軍同時，第三師也開始攻擊通許縣城，下午3時，通許縣城外的陣地全部清軍，或被擊殺，或退入了城中。
5時，第三師開始炮擊通許縣城，并攻城。僅20分鍾第三師第一旅第二團從東門突入城内，迅速奪取東城城牆，并架起迫擊炮。河南巡撫裕長跳城逃命，被第三師第三旅的士兵活捉，随即城内的清軍投降。至此，河南的清軍被消滅殆盡。
8日，河南布政使嚴修平下令河南全省不許抵抗新軍，河南聽從皇帝的诏命，支持南洋新軍進京勤王。9日，新軍第三師未戰進入開封。