4月25日，劉飛揚與日本首相大畏重信簽訂《京師協定》。協定規定：一、日本賠償南洋聯合艦隊和北洋水師的損失三千萬兩，賠款由英美法三國擔保，在7月份前付清。

二、日本不再支持清國的逆後，廢除與逆後簽訂的所有條約。

三、清國的商品在日本免稅，清國在日本的公司稅率爲日本本國公司的百分七十。

四、清國人在日本有領事裁判權。

《京師協定》雖然并不能讓劉飛揚滿意，但這已經是中國第一個對外國簽的有利于自己的條約。

同時，六國調停團也承諾督促俄國不得支持逆後，在6月前，俄國從中國撤走所以的軍隊，并廢除與逆後簽定的條約。

4月27日，朝庭批準了《京師協定》。

此後，慈禧逃往俄國，國内的慈禧勢力在劉飛揚和李鴻章的打擊下，紛紛或潰敗、或請降，觀望的官僚也終于隻能唯一的選擇。

這個時候，光緒好像看到他可以号令天下，改良派渴望一施胸中抱負的日子好像也到了。

從6月起，光緒在改良派的計劃和建議下開始進行“新政”。

“新政”的主要内容有四項，第一就是籌措軍饷，訓練新軍。

編練“新軍”是光緒和改良派“新政”的主要内容之一。朝庭對此要投入了巨大财力，花費了很大力氣。1899年6月29日，光緒下谕全國停止武科科舉考試；7月11日命令各省仿北洋、兩江籌建武備學堂；9月12日下谕全國各省裁汰舊軍，編練“常備新軍”。編練“新軍”的工神作書吧在全國鋪開。

爲了在全國推行編練“新軍”計劃，朝庭于1899年10月4日設立練兵處，任軍機大臣、政務督辦兼任兩江總督劉飛揚，總理練兵事務，李鴻章爲會辦練兵大臣，載沣襄同辦理。練兵處的實權爲劉飛揚所掌握，淮軍的控地的練兵事務由李鴻章掌握，而朝庭實際對“新軍”并沒有控制權。

劉飛揚下令各省設立督練“新軍”公所，爲各省領導編練“新軍”的機構。劉飛揚計劃在1901年9月前，包括南洋新軍在内，全國練兵六十萬，替代原有的八旗、綠營等舊軍。同時，頒布了《陸軍學堂辦法》，新建廣州海軍軍官學堂、成都陸軍軍官學堂、長沙陸軍軍官學堂、保定炮兵學堂、大同騎兵學堂，改造天津武備學堂等，并把南京原南京陸軍軍官學堂升級爲陸軍高級軍官學堂。

1900年1月17日，劉飛揚提議把兵部改爲陸軍部，将練兵處并入其中。朝庭同意，并任劉飛揚爲尚書，統一指揮全國“新軍”。

變法的第二個内容就是振興商務、獎勵實業。

1899年6月27日，朝庭設立商部，倡導官商創辦工商企業。接着，頒布了一系列工商業規章和獎勵實業辦法，如：欽定大清商法、商會章程、鐵路簡明章程、獎勵華商公司章程、礦務章程、公司注冊章程、試辦銀行章程等。這些章程規定，允許自由發展實業，獎勵興辦工商企業，鼓勵組織商會團體。這些章程和做法，都有利于民族工商業的發展，有利于社會經濟的繁榮。

變法的第三個内容就是廢除科舉、育才興學。

改良派推行“新政”的另一個重要内容是廢科舉，辦學堂，派留學。1899年9月4日，朝庭命令各省城書院改成大學堂，各府及直隸州改設中學堂，各縣改設小學堂，并多設蒙養學堂。10月5日，頒布學堂科舉獎勵章程，規定學堂畢業生考試後可得進士、舉人、貢生等出身。1900年2月13日公布推廣學堂辦法。3月15日頒布《欽定學堂章程》。1900年6月13日又頒布《重訂學堂章程》，詳細規定了各級學堂章程及管理體制，以法令形式要求在全國推行。與普通學堂并行的還有專業教育，包括師範學堂及各類實業學堂，在學制上自成系統，一套完整的學校制度随之建立。1900年9月2日，光緒皇帝诏準劉飛揚、康有爲奏請停止科舉，興辦學堂的折子，下令“立停科舉以廣學校”，使在中國曆史上延續了1300多年的科舉制度被最終廢除，科舉取士與學校教育實現了徹底的脫鈎。10月6日，清廷下谕設立學部，爲專管全國學堂事務的機構。

朝庭在推行“新政”過程中，把“獎留學”與“改學堂，停科舉”并提，要求各省籌集經費選派學生出洋學習，講求專門學業。對畢業留學生，分别賞給進士、舉人等出身。對自備旅費出洋留學的，與派出學生同等對待。爲統一管理留學生工神作書吧，清政府分别在1900年10月14日和1900年10月22日派出總監督赴歐洲和美國。

變法的第四個内容，也是最難的地方，就是改革官制、整頓吏治。

改革官制是變法“新政”的一項重要内容，其中包括“裁冗衙”、“裁吏役”、“停捐納”，對統治機構神作書吧了一些改變。1900年7月24日，朝庭撤銷總理各國事務衙門，改設外務部，“班列六部之首”，任李鴻章爲部長。1901年2月24日裁河東河道總督，其事務改歸河南巡撫兼辦。3月6日裁詹事府及通司歸設商部管。1900年12月12日裁雲南、湖北兩省巡撫，由雲貴總督、湖廣總督兼管。1901年9月4日裁奉天府尹，由巡撫兼管；裁奉天府丞，改爲學政。10月8日設警察部。12月6日設學部，裁國子監。除裁并增設行政機構外，朝庭還下令“停捐納”、“裁陋規”、“定度支”。1901年9月19日，宣布停止報捐實官。

光緒和改良派推行“新政”，原想緩和國内矛盾，維持和鞏固其統治。但實行的結果卻适得其反。

首先，由于舉辦“新政”，朝庭允許地方自行籌款，而朝庭每年要向各省攤派5300萬兩，這些都以捐稅的名目直接或間接轉嫁到老百姓的身上，百姓不勝負擔，自發鬥争更爲廣泛。有的地方由“抗洋捐”發展到武裝起義，使整個社會動蕩不安。其次，“新政”雖然裁撤了一些中央和地方的衙門，裁汰了一些冗吏，但又出現了新舊機構重疊，如軍機處和督辦政務處、戶部和度支處并存等。1901年7月，光緒的上谕也承認，實施“新政”以來，規模雖俱，而實效未彰。再次，由于“新政”的目的與施行後出現的新生力量的發展要求背道而馳，引起了頑固勢力和改良派之間以及滿人内部對待改良派的種種紛争。這就加劇了改良派與舊勢力和滿人之間的矛盲，也開始引起了朝庭内部各政治派别之間的鬥争。

“新政“推行期間，劉飛揚緊緊抓住練兵、籌饷兩項要政，奏請撥款1000萬兩，編成全國新軍。同時，還擔任參預政務、督辦鐵路等要職，他勢力開始從兩江和華北向全國擴散，羽翼遍布朝廷内外，其黨占據要津，成爲聲勢顯赫，左右朝政，繼曾國藩、李鴻章之後的大清朝的又一個權臣。