董宣武沒想到他就任大明天下兵馬大元帥的首戰，竟然這般順利，根本沒有要他動手，在大明大軍還沒抵達前，吳襄就已經說服了祖大壽、祖大弼兄弟，聯絡營中的關甯軍衆将，忽然起兵，一舉拿下了以袁崇煥爲首的一幹叛逆，掌握了關甯軍大營。
明軍抵達後，發現關甯軍的大營中已經重新挂起了大明的日月旗，關甯軍衆将打着大明的旗幟，在吳襄、祖大壽的率領下，在營外跪迎官軍。袁崇煥和他的一幹心腹将領、官員被打入囚車排放在路邊。
證實關甯軍全體将士的确已經起義，棄暗投明，重歸大明麾下，董宣武大喜，親自來見祖大壽等關甯軍衆将。
安撫好祖大壽等人，董宣武來到袁崇煥的囚車前，董宣武托起袁崇煥的下巴，隻見袁崇煥披頭散發，眼中布滿血絲，臉色更是憔悴不堪，一邊臉高高地腫起，顯然是挨過揍。董宣武哈哈笑道：“袁大人，數年不見，别來無恙乎？
當年平遼坡上，你暗算、追殺董某和一幹将士之時，可曾料到有今日？
當初你不顧遼東大局，收受範文程賄賂，與女真人議和之時，可曾料到有今日？
當初你設下陰謀詭計，殺害毛帥，趙率教、尤世祿等将軍，向皇太極投降獻媚，引清兵入關，屠戮、劫掠我大明百姓，圍攻大明京師時可曾料到有今日？
人在做，天在看，善惡到頭終有報，天道好輪回。不信擡頭看，蒼天饒過誰？天有眼啊！”
袁崇煥避開董宣武的目光，垂下頭去，一語不發。
“太保大人，跟這種人有什麽好說的，這種人就活該千刀萬剮！”一邊的祖大壽讨好道。
袁崇煥轉頭怒目望向祖大壽，厲聲罵道：“祖大壽，你這人面獸心的賊骨頭，誰都可以說我袁崇煥，唯獨你不能說我！
我袁崇煥落到今日境地是因爲誰？還不是因爲你？可恨我袁崇煥居然瞎了眼，居然還将你當成忠臣良将，如此信任你。
當初廣甯兵敗，你爲了貪生怕死，不肯與皇太極、張寶死戰，親手斬殺了一心死戰的何可綱，隻想向鞑子投降，這才導緻錦甯兵力短缺，無法與清兵抗衡。
我袁崇煥投降大清，的确是聽了範文程的話，但那時，你何嘗不是百般勸說袁某降清，你這見利忘義的反複小人，有什麽資格來說我袁崇煥？
今夕吾軀歸故土它朝君體也相同！祖大壽，我會在黃泉之下看你祖大壽會落個什麽下場！”
祖大壽被袁崇煥這番話噎得滿臉通紅，說不出話來，拔出鋼刀，怒喝一聲：“老子現在就先殺了你這個妄言欺君，卻無半點真材實料的叛逆！”
董宣武攔住祖大壽，勸道：“祖将軍，何必跟這種人計較？董某保證，祖将軍過去的事就過去了，朝廷不會再追究。袁賊注定是要押往菜市口的，受衆人唾罵、千刀萬剮的，祖将軍若是一刀殺了他，豈不是便宜了他？”
祖大壽見董宣武如此說，急忙收了鋼刀，拜倒在地：“末将見到袁賊這厮，便想起他往日在關甯倒行逆施、隻手遮天的所做所爲，怒不可遏，一時魯莽、沖動，還請太保大人見諒！”
董宣武安慰了祖大壽幾句，招呼人将袁崇煥等一幹要犯押解下去，即日送往京城，并交代一定要保證他們的安全，不能出什麽意外。他要讓天下百姓看看這個賣國求榮的賊子最後的下場，以警戒後來者！
祖大壽等一幹将領也随之一起進京面聖，接受天子的赦免。在此之前，董宣武早已經說服崇祯皇帝赦免這些将領，以安重心。
雖然董宣武心裏面讨厭透了祖大壽這些關甯将領，但是他們的投誠畢竟減少了一場殺戮，也避免了朝廷官兵的傷亡損失。而且，此舉也有助于日後勸降清軍中的漢軍。在皇太極的部隊中，漢軍的數量可不少，占大多數。
天啓七年十二月，經都察院、刑部、大理寺三司會審，厘清袁崇煥等人的罪行，經過公審，袁崇煥叛國罪、欺君罪、擅殺功臣罪、勾結叛逆罪……等十八項罪名成立，被判斬首之刑，株連九族，查抄所有家财。
大明崇祯皇帝仁慈，聽從了董宣武的建議，赦免了袁崇煥九族誅殺之刑，改輕判爲發配瓊州（海南島），遇赦不赦，但對袁崇煥本人，崇祯皇帝恨之入骨，非但沒有減刑，反而禦筆欽定，改斬首之刑爲淩遲處死。
崇祯元年秋，袁崇煥等一幹人犯在菜市口被正法，其時萬人空巷，轟動一時，京城百姓紛紛趕來觀看，袁崇煥三天被淩遲了三千多刀，不少百姓出重金，求購袁崇煥被剮下來的肉絲，隻爲生啖之以洩心頭之恨。
祖大壽棄暗投明後，崇祯皇帝下旨赦免其之前的一切罪行，不再追究，但因爲他有起義、抓捕袁崇煥等大功，經朝廷議功後，仍任命他爲總兵，調往應天府養起來，不再委以重任，雖郁郁不得志，但終得善終，老死江甯。
關甯軍的其他将領，除了幾個不開眼的，橫行慣了，到了應天府後依然橫行霸道，貪贓枉法，被董宣武找到機會，趁機嚴懲，誅殺之，其他将領結果大多跟祖大壽差不多，後半生活得小心翼翼，不敢有半點過錯，讓董宣武歎息找不到機會，不能還蒼生一個公道。
七萬關甯軍仍留在原地，接受董宣武的改編。
董宣武以自願爲原則，擇素無大惡者進行收編，收其健壯者兩萬多人編入五行衛，接受五行衛的正規訓練。
另有四萬多人編入其他兵馬隻中，剩下的近萬人，或者因爲不願繼續當兵，或者身體條件，或者因爲行爲不檢，或者因爲其他原因，在收了遣散銀子後，被被董宣武盡數遣散。
在密雲耽擱了三天，安頓好投誠的關甯軍一幹事務，董宣武留下關甯軍和一部兵馬駐守密雲，作爲後衛，率領其他兵馬拔營，繼續向山海關殺去。